Abstract
Nous nous intéressons à l’extraction de relations, dans des articles scientifiques, portant sur le microbiome humain. Afin de construire un corpus annoté, nous avons évalué l’utilisation de l’ontologie OHMI pour détecter les relations présentes dans les phrases des articles scientifiques, en calculant la similarité sémantique entre les relations définies dans l’ontologie et les phrases des articles. Le modèle BERT et trois variantes biomédicales sont utilisés pour obtenir les représentations des relations et des phrases. Ces modèles sont comparés sur un corpus construit à partir d’articles scientifiques complets issus de la plateforme ISTEX, dont une sous-partie a été annotée manuellement.- Anthology ID:
- 2023.jeptalnrecital-arts.4
- Volume:
- Actes de CORIA-TALN 2023. Actes de l'atelier "Analyse et Recherche de Textes Scientifiques" (ARTS)@TALN 2023
- Month:
- 6
- Year:
- 2023
- Address:
- Paris, France
- Editors:
- Florian Boudin, Béatrice Daille, Richard Dufour, Oumaima El, Maël Houbre, Léane Jourdan, Nihel Kooli
- Venue:
- JEP/TALN/RECITAL
- SIG:
- Publisher:
- ATALA
- Note:
- Pages:
- 21–26
- Language:
- French
- URL:
- https://aclanthology.org/2023.jeptalnrecital-arts.4
- DOI:
- Cite (ACL):
- Oumaima El Khettari, Solen Quiniou, and Samuel Chaffron. 2023. Annotation d’interactions hôte-microbiote dans des articles scientifiques par similarité sémantique avec une ontologie. In Actes de CORIA-TALN 2023. Actes de l'atelier "Analyse et Recherche de Textes Scientifiques" (ARTS)@TALN 2023, pages 21–26, Paris, France. ATALA.
- Cite (Informal):
- Annotation d’interactions hôte-microbiote dans des articles scientifiques par similarité sémantique avec une ontologie (El Khettari et al., JEP/TALN/RECITAL 2023)
- PDF:
- https://preview.aclanthology.org/nschneid-patch-4/2023.jeptalnrecital-arts.4.pdf