Vào ngày 21 tháng 11 năm 1918, các con tàu sẽ bị lưu giữ, dưới quyền chỉ huy của Chuẩn Đô đốc Ludwig von Reuter, lên đường lần cuối cùng từ căn cứ của chúng, để gặp gỡ tàu tuần dương hạng nhẹ Anh Cardiff, vốn đã dẫn đầu các con tàu Đức đi đến điểm gặp gỡ hạm đội Đồng Minh, một lực lượng khổng lồ bao gồm 370 tàu chiến của Anh, Mỹ và Pháp, vốn sẽ hộ tống hạm đội Đức đến Scapa Flow.
Ngày 18 tháng 9, mệnh lệnh được đưa ra cho một chiến dịch phối hợp Lục-Hải quân nhằm chiếm các đảo Ösel và Moon; lực lượng hải quân chủ yếu bao gồm soái hạm Moltke cùng với Hải đội Chiến trận 3 của Hạm đội Biển khơi, gồm có thiết giáp hạm mới Bayern vào lúc này được bổ sung vào Đội 5 vốn còn bao gồm bốn chiếc lớp König, và Đội 6 bao gồm năm chiếc lớp Kaiser.
Các khẩu pháo này được dự định để phòng thủ chống lại tàu phóng lôi đối phương, và được cung cấp tổng cộng 2.240 quả đạn pháo.
Đối đầu với lực lượng Đức là các thiết giáp hạm tiền-dreadnought cũ của Nga Slava và Tsarevitch, các tàu tuần dương bọc thép Bayan, Admiral Makarov và Diana, 26 tàu khu trục, nhiều tàu phóng lôi và pháo hạm, cùng một lực lượng đồn trú tại Ösel với khoảng 14.000 người cùng các khẩu đội pháo phòng thủ duyên hải.
Luật Hải quân thứ tư cung cấp kinh phí cho việc đóng mới ba thiết giáp hạm dreadnought, hai tàu tuần dương hạng nhẹ cùng việc tăng thêm biên chế 15.000 sĩ quan và thủy thủ cho Hải quân vào năm 1912.
Bayern và Baden được dự định để tham gia hoạt động cuối cùng của hạm đội vào cuối tháng 10 năm 1918, nhiều ngày trước khi Hiệp định Đình chiến với Đức có hiệu lực.
Khi bị lưu giữ trong suốt thời gian diễn ra các cuộc đàm phán hòa bình, mà sau này cuối cùng sẽ dẫn đến Hiệp ước Versailles, các khẩu pháo của chúng bị bất hoạt bằng cách tháo bỏ khóa nòng, và con tàu được bảo trì bởi một thủy thủ đoàn tối thiểu gồm 200 sĩ quan và thủy thủ.
