Pada tahun 2007, Honda mula memasang sistem suntikan bahan api PGM-FI pada Honda Cub bagi pasaran Jepun untuk pelepasan asap yang lebih bersih.
Pada penghujung 1990-an, Honda memperkenalkan motosikal siri NF yang lebih dikenali sebagai Honda Wave yang menggunakan kerangka tiub keluli, brek cakera hadapan dan set penutup plastik dalam pelbagai pilihan enjin - 100cc, 110cc dan 125cc.
Pada tahun berikutnya Honda menunjukkan satu model olok-olok kepada Fujisawa yang akhirnya memenuhi kriteria yang terlintas dalam kepalanya, dan Fujisawa mengisytiharkan jumlah jualan bakal mencecah 30,000 unit sebulan, separuh daripada jumlah jualan pasaran motosikal Jepun.
Pada tahun 2006, dalam siri The Greatest Ever di saluran Discovery Channel, satu episod mengenai motosikal menempatkan motosikal Honda Cub 49 cc model tahun 1958 di tempat pertama.
