Wallace répondit à Darwin que « comme la mite blanche est aussi remarquable au crépuscule qu'un papillon en plein jour » il semblait probable que la combinaison de couleurs voyantes servait d'avertissement pour les prédateurs et pouvait ainsi s'être développée à travers la sélection naturelle.
Wallace fit confiance à Darwin sur ce point et lui fit parvenir son essai de février 1858 « On the Tendency of Species to form Varieties » en lui demandant de le lire et de le transmettre à Lyell s'il pensait que cela avait de la valeur .
Wallace accepta ces dispositions après les faits, reconnaissant d'avoir été inclus à cette présentation malgré tout.
Wallace s’écarte résolument de Darwin sur un point essentiel : pour lui, les espèces sauvages sont en permanence soumisses à la pression de la lutte pour l’existence, elles travaillent donc tout le temps à assurer leur subsistance et leur sécurité face aux concurrents, prédateurs et contre les conditions défavorables.
Dans Darwinism, livre expliquant et défendant l'idée de sélection naturelle, il émit l'hypothèse que la sélection naturelle pouvait entraîner l'isolement reproducteur de deux variétés en encourageant le développement de barrières contre l'hybridation, contribuant ainsi au développement de nouvelles espèces.
Wallace collecta plus de 125 000 spécimens dans l’archipel Malais (dont quelque 80 000 coléoptères) ; plus d'un millier étaient des espèces inconnues jusqu'alors .
Wallace revint en Angleterre en 1862 et emménagea chez sa sœur Fanny Sims et son mari Thomas.
Charles Lyell adopta les idées de Wallace sur l'évolution humaine plutôt que celles de Darwin , mais beaucoup, dont Huxley, Hooker et Darwin lui-même, se montrèrent critiques vis-à-vis de Wallace .
