2024
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abs
Generating Synthetic Documents with Clinical Keywords: A Privacy-Sensitive Methodology
Simon Meoni
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Éric De la Clergerie
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Théo Ryffel
Proceedings of the First Workshop on Patient-Oriented Language Processing (CL4Health) @ LREC-COLING 2024
Electronic Health Records store valuable patient-staff interaction data. These notes, often unstructured to save healthcare personnel time, can be challenging to analyze manually. Proprietary online Large Language Models have demonstrated impressive results in analyzing EHR notes. However, Clinical NLP faces unique challenges due to the sensitive and specialized nature of the data. Sending patient information via external APIs poses privacy risks, and hospitals require customized NLP systems to align with their unique practices. To address these challenges, developing customized LLMs using specific training datasets is crucial. To address this, we propose generating synthetic training data using keywords extracted without confidential information. Furthermore, we introduce a reward mechanism that iteratively refines the quality of synthetic documents. This involves scoring synthetic candidates against real clinical reports using a semantic textual similarity score and performing an aligment step to align the model with its best-scored utterances.
2023
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abs
Large Language Models as Instructors: A Study on Multilingual Clinical Entity Extraction
Simon Meoni
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Eric De la Clergerie
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Theo Ryffel
The 22nd Workshop on Biomedical Natural Language Processing and BioNLP Shared Tasks
In clinical and other specialized domains, data are scarce due to their confidential nature. This lack of data is a major problem when fine-tuning language models. Nevertheless, very large language models (LLMs) are promising for the medical domain but cannot be used directly in healthcare facilities due to data confidentiality issues. We explore an approach of annotating training data with LLMs to train smaller models more adapted to our problem. We show that this method yields promising results for information extraction tasks.
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abs
Annotation d’entités cliniques en utilisant les Larges Modèles de Langue
Simon Meoni
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Théo Ryffel
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Eric De La Clergerie
Actes de CORIA-TALN 2023. Actes de la 30e Conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles (TALN), volume 1 : travaux de recherche originaux -- articles longs
Dans le domaine clinique et dans d’autres domaines spécialisés, les données sont rares du fait de leur caractère confidentiel. Ce manque de données est un problème majeur lors du fine-tuning de modèles de langue.Par ailleurs, les modèles de langue de très grande taille (LLM) ont des performances prometteuses dans le domaine médical. Néanmoins, ils ne peuvent pas être utilisés directement dans les infrastructures des établissements de santé pour des raisons de confidentialité des données. Nous explorons une approche d’annotation des données d’entraînement avec des LLMs pour entraîner des modèles de moins grandes tailles mieux adaptés à notre problématique. Cette méthode donne des résultats prometteurs pour des tâches d’extraction d’information
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abs
CamemBERT-bio : Un modèle de langue français savoureux et meilleur pour la santé
Rian Touchent
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Laurent Romary
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Eric De La Clergerie
Actes de CORIA-TALN 2023. Actes de la 30e Conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles (TALN), volume 1 : travaux de recherche originaux -- articles longs
Les données cliniques dans les hôpitaux sont de plus en plus accessibles pour la recherche à travers les entrepôts de données de santé, cependant ces documents sont non-structurés. Il est donc nécessaire d’extraire les informations des comptes-rendus médicaux. L’utilisation du transfert d’apprentissage grâce à des modèles de type BERT comme CamemBERT ont permis des avancées majeures, notamment pour la reconnaissance d’entités nommées. Cependant, ces modèles sont entraînés pour le langage courant et sont moins performants sur des données biomédicales. C’est pourquoi nous proposons un nouveau jeu de données biomédical public français sur lequel nous avons poursuivi le pré-entraînement de CamemBERT. Ainsi, nous présentons une première version de CamemBERT-bio, un modèle public spécialisé pour le domaine biomédical français qui montre un gain de 2,54 points de F-mesure en moyenne sur différents jeux d’évaluations de reconnaissance d’entités nommées biomédicales.
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abs
Constitution de sous-fils de conversations d’emails
Lionel Tadonfouet Tadjou
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Eric De La Clergerie
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Fabrice Bourge
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Tiphaine Marie
Actes de CORIA-TALN 2023. Actes de la 18e Conférence en Recherche d'Information et Applications (CORIA)
Les conversations d’emails en entreprise sont parfois difficiles à suivre par les collaborateurs car elles peuvent traiter de plusieurs sujets à la fois et impliquer de nombreux interlocuteurs. Pour faciliter la compréhension des messages clés, il est utile de créer des sous-fils de conversations. Dans notre étude, nous proposons un pipeline en deux étapes pour reconnaître les actes de dialogue dans les segments de texte d’une conversation et les relier pour améliorer l’accessibilité de l’information. Ce pipeline construit ainsi des paires de segments de texte transverses sur les emails d’une conversationfacilitant ainsi la compréhension des messages clés inhérents à celle-ci. A notre connaissance, c’est la première fois que cette problématique de constitution de fils de conversations est abordée sur les conversations d’emails. Nous avons annoté le corpus d’emails BC3 en actes de dialogues et mis enrelation les segments de texte de conversation d’emails de BC3.
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bib
abs
MaTOS: Traduction automatique pour la science ouverte
Maud Bénard
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Alexandra Mestivier
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Natalie Kubler
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Lichao Zhu
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Rachel Bawden
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Eric De La Clergerie
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Laurent Romary
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Mathilde Huguin
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Jean-François Nominé
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Ziqian Peng
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François Yvon
Actes de CORIA-TALN 2023. Actes de l'atelier "Analyse et Recherche de Textes Scientifiques" (ARTS)@TALN 2023
Cette contribution présente le projet MaTOS (Machine Translation for Open Science), qui vise à développer de nouvelles méthodes pour la traduction automatique (TA) intégrale de documents scientifiques entre le français et l’anglais, ainsi que des métriques automatiques pour évaluer la qualité des traductions produites. Pour ce faire, MaTOS s’intéresse (a) au recueil de ressources ouvertes pour la TA spécialisée; (b) à la description des marqueurs de cohérence textuelle pour les articles scientifiques; (c) au développement de nouvelles méthodes de traitement multilingue pour les documents; (d) aux métriques mesurant les progrès de la traduction de documents complets.
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abs
Passe ta pharma d’abord !
Simon Meoni
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Rian Touchent
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Eric De La Clergerie
Actes de CORIA-TALN 2023. Actes du Défi Fouille de Textes@TALN2023
Nous présentons les 3 expériences menées par l’équipe ALMAnaCH - Arkhn et leurs résultats pour le DÉfi Fouille de Textes (DEFT) 2023. Les scores sont encourageants mais suggèrent surtout de nouveaux éléments à prendre en compte pour réussir ce défi. Nous avons exploré différentes approches avec des modèles de tailles variables et modélisé la tâche de différentes manières (classification multi-labels, implication textuelle, séquence à séquence). Nous n’avons pas observé des gains de performance significatifs. Nos expériences semblent montrer la nécessité de l’utilisation de bases de connaissances externes pour obtenir de bons résultats sur ce type de tâche.