Porém, mesmo o papa saudando o novo regime, a separação oficial entre os poderes na verdade provocara protestos da Igreja, pois entre outras medidas introduzidas o clero perdeu suas imunidades e teve seu salário cortado, membros de comunidades religiosas que incluíam voto de obediência a Roma tiveram seus direitos políticos cassados, foi instituído o casamento civil e anulados os efeitos civis dos matrimônios religiosos, o ensino religioso foi abolido nas escolas públicas e a escusa por motivo de consciência ou credo para não cumprimento de obrigações civis foi rejeitada, passando a implicar em perda de direitos políticos.
Mas para complicar a situação, neste ínterim Dom Vital já havia interditado outras irmandades, e logo depois afrontou novamente o poder civil publicando o documento papal sem o conhecimento ou autorização do governo, contrariando o artigo 102 da Constituição, tornando-se réu de desobediência.
Dom Macedo, da mesma forma que Dom Vital, em 23 de março de 1873 decretou a expulsão de todos os maçons das irmandades e confrarias, e caso estas resistissem, seriam interditadas.
Por outro lado, seguindo uma linha de interpretação adotada já em 1876 por Rui Barbosa, Vieira disse que há uma tendência recente, que vem se tornando consensual, de concentrar a análise no confronto político entre a Igreja e o Estado, "dramatizada pela presença dos dois bispos brasileiros e suas intransigências em considerar a maçonaria....
A doutrina ultramontana logo encontrou eco em alguns destacados clérigos brasileiros, como os bispos Dom Antônio de Melo, Dom Antônio Viçoso e Dom Pedro Maria de Lacerda, e nos setores mais conservadores da sociedade civil, incluindo algumas escolas superiores.
O Estado não poderia aceitar nem a primeira nem a terceira das razões - a terceira pelo motivo de que as irmandades tinham amparo na lei secular - embora se discutisse ao longo de toda a questão religiosa a procedência da segunda.
