1910년 8월 29일에 한일 병합 조약이 체결되고 조선총독부가 설치되자 일본은 왜성대 통감부 청사를 조선총독부 청사로 사용하였다.
조선총독부는 1907년 2월에 남산 왜성대에 건축한 통감부 청사를 1910년 합병 이후 총독부 청사로 사용하다가 1926년 1월에 경복궁 신청사로 이전하였다.
경복궁 흥례문 구역은 1915년에 경복궁에서 개최된 조선물산공진회의 전시장으로 사용하기 위해서 총독부 청사의 신축이 시작되기 이전에 이미 철거된 상태였다.
1939년에 제7대 조선 총독 미나미 지로(南次郞)가 왜성대 총독 관저를 시정기념관으로 개편하면서 본격적으로 총독 관저로서 사용되기 시작하였다.
1893년에 남산 북쪽(현재 서울특별시 중구 예장동 2-1)에 공사관 건물을 신축하였고, 1906년 2월에 한국 통감부가 설치되면서 통감부 청사로 사용되었다.
1991년 6월에 일본 근대 건축사 연구자로 구성된 〈메이지 건축 연구회〉는 총독부 청사를 아시아 근대 건축사에 있어 가치있는 건축물로 평가하며 경복궁의 복원과 총독부 청사의 보전을 함께 하는 방향으로 철거 계획의 재검토를 대한민국 정부에 요청하였다.
조선총독부 총독 관저가 경복궁 뒤편의 경무대로 옮겨간 이후 왜성대 총독 관저는 역대 통감과 총독의 초상과 관련 유물을 전시하는 시정기념관(始政記念館)으로 개편되어 1940년 11월 22일에 개관식을 거행하였다.
총독부 청사의 신축 공사는 처음에는 5개년 계획과 300만 엔의 예산으로 시작하였지만 완공까지 10년이 걸렸고, 675만 1,982엔의 예산이 소요되었다.
광복 이후 1945년 10월에 국립과학박물관으로 개칭되었고, 1948년에 국립과학관으로 개편되어 청사를 사용하다가 한국전쟁 때 소실되었다.
