올 시즌 121경기에서 0.240 (타율 최하위), 21도루를 기록하며 지금까지 치렀던 시즌 중 가장 부진한 모습을 보였던 이종욱은, "사실 크게 아픈 데는 없었다.
이종욱은 첫 경기 남아공전에서 선두타자로 나와 첫 타석 몸에 맞는 볼로 출루하고 도루에 성공한 뒤 이승엽의 2루타 때 득점을 했다.
하지만 이후 두산은 2차전 승 뒤에 4연패를 당해 한국시리즈 준우승에 그쳤고, 이종욱은 6차전 9회초 2아웃에 삼진을 당해 2007년 한국시리즈의 마지막 타자였다.
이종욱은 해당 시즌 골든 글러브 후보에는 들지 못했고, 외야수 부문의 시상자로서 시상식에 참석했다.
두산은 그 해 정규 순위 3위를 기록했고, 준 플레이오프에서 롯데 자이언츠와 맞붙어 3승 1패로 사상 첫 경기 패전팀이 플레이오프 진출을 하게 된다.
두산은 그 해 다니엘 리오스와 맷 랜들의 원투 펀치로 정규 시즌 2위를 기록해 포스트 시즌에 진출했고, 플레이오프에서 한화 이글스를 3연승으로 가볍게 제압했다.
이종욱은 올 시즌 부진으로 인해서 800만원이 깎인 1억 9700만원에 2013년 시즌 연봉을 계약했다.
이종욱은 시즌 초반 타격 부진에 시달리기도 했으나, 4월 중반부터 상승세를 보이며 타율을 끌어올렸다.
시즌 후 이종욱은 지난 시즌 보다 4200만원(32.3%) 오른 1억 7200만원에 재계약했다.
