Setelah pemilu, kekuatan-kekuatan politik yang bersekutu dengan Museveni mulai mengadakan kampanye untuk mengendurkan batas-batas konstitusional tentang masa jabatan presiden untuk memunginkannya bertarung dalam pemilu kembali pada 2006.
PRA kemudian bergabung dengan kelompok perlawanan yang dipimpin bekas Presiden Yusufu Lule, Pejuang Kemerdekaan Uganda (UFF), untuk membentuk Tentara Perlawanan Nasional (NRA) dengan sayap politiknya, Gerakan Perlawanan Nasional (NRM).
Dukungan yang berlanjut untuk SPLA, yang dipimpin oleh sahahat lama Museveni John Garang, memimpin Sudan untuk mendukung Tentara Perlawanan Tuhan (LRA) dan kelompok-kelompok pemberontak anti-Museveni lainnya pada pertengahan 1990-an.
Pada Agustus 1998, Rwanda dan Uganda berusaha menyerang Kongo kembali, kali ini untuk menggulingkan bekas sekutu Museveni dan Kagame – Kabila (lihat Artikel utama: Perang Kongo II).
Dalam sebuah acara publisitas yang merakyat, Museveni dalam usianya yang 50-an tahun, mengendarai sebuah ojek motor bodaboda untuk menyerahkan formulir nominasinya untuk pemilu itu.
Kekerasan sektarian yang telah membayang-bayangi sejarah Uganda baru-baru ini diajukan sebagai pembenaran untuk membatasi kegiatan-kegiatan partai-partai politik dan basis-basis pendukung mereka yang khas etnis.
