Guiscard 1057-ben szerezte meg a város feletti uralmat, de csak rövid ideig sikerült megtartania, Molfetta 1058-ban visszakerült a Di Amico családhoz.
A város mikroklímáját befolyásolják az Adriai-tenger felől érkező szelek is.
1220-ban Molfetta megkapta a szabad királyi város címet, ami azt jelentette, hogy lakossága szabadon választhatott elöljárókat: 12 nemesi származásút és 24 plebejust.
A kórházban kifejtett gyógyító tevékenysége miatt a város lakossága, szentté avatása után, Molfetta védőszentjévé választotta Konrádot, ereklyéit a dómban helyezték el.
században fellendült a város gazdasági élete, ekkor épült fel az impozáns dóm és a püspöki palota.
1148-ban Molfetta kereskedelmi egyezményeket kötött Raguzával, majd Ortonával és Amalfival is, de jelentős kapcsolatokat ápolt Velencével és Alexandriával is.
A város könyvtárát 1922-ben alapították, miután névadója, Giovanni Panunzio a városnak adományozta könyvgyűjteményét.
század végi súlyos gazdasági válságot, amelynek eredményeként a lakosság jelentős része kivándorolt Olaszország északi régióiba, Európába, sőt az Egyesült Államokba is.
Az első emberek a vidéken a Molfetta határában fekvő, 150 méter átmérőjű töbör, a Pulo di Molfetta falában lévő karsztbarlangokban telepedtek le.
2004-ben épült fel a város második sportcsarnoka a (Palazzetto dello Sport „Giosuè Poli”).
