Izuzetak je činila Vojna Hrvatska, u kojoj je ostala netaknuta bivša krajiška uprava, tek joj je na čelo postavljen viši časnik s naslovom vojnog intendanta sa sjedištem u Karlovcu, uz kojeg je postojalo središnje ravnateljstvo (direction centrale) kao vijeće za upravne, a naročito za financijske poslove.
Uza sve to ipak su Dalmatinci, a naročito puk i niže svećenstvo s franjevcima na čelu, žestoko mrzili Francuze i njihovu upravu, gledajući u njima "bezvjerce i jakobince", a kad su ukinuti srednjovjekovni privilegiji, oni se, a poglavito Poljičani, nahuškani i poduprti Rusima u lipnju 1807.
U Zadru i Splitu, a kasnije i u Dubrovniku, postojali su sudbeni stolovi (tribunali), kao prizivni za lokalne i kao prvostupanjski u svim građanskim i kaznenim parnicama.
Ova trojica ta još dva suca prizivnog sudišta u Ljubljani činili su Malo vijeće (petit conseil) Ilirskih pokrajina, kojemu je predsjedavao guverner, a koje je u svojim rukama koncentriralo sve pravosudne i upravne poslove.
Nadalje osnovano je u Zadru prizivno sudište (corte d' appello) za sudbene stolove, dok je kao vrhovno prizivno i ukidno određeno ono u Milanu (tribunale di cassazione).
