במרץ 2004 סווגו ארבעה תת-מינים של שועל האיים האפור כמינים בסכנת הכחדה המוגנים פדרלית: שועל האי סנטה קרוז, שועל האי סנטה רוזה, שועל האי סן מיגל ושועל האי סנטה קטלינה.
על סמך ממצאי המאובנים המצומצמים והריחוק הגנטי מאבותיהם הקדמונים השועלים האפורים המצויים, שועלי האיים הצפוניים הם ככל הנראה תת-המינים העתיקים יותר, בעוד ששועלי האיים האפורים של סן קלמנטה התיישבו באי שלהם לפני כ־3,400-4,300 שנים, ושועלי האיים האפורים של סן ניקולס החלו להתקיים כקבוצה נפרדת לפני כ־2,200 שנה.
כדי להבטיח את הישרדותו של שועל האיים האפור, מועברים עיטים זהובים מהאיים הצפוניים ליבשת.
שועלי האיים האפורים של סנטה קטלינה הם כנראה תת-המין האחרון שהתפתח, והם חיים על האי שלהם במשך כ־3,800-800 שנה.
לשועל האיים האפור שישה תת-מינים, שכל אחד מהם ייחודי לאי מסוים והתפתח ללא תלות באחרים.
שועל האיים האפור, שגודלו בערך כשל חתול ביתי, קטן בהרבה מהשועל האפור המצוי והוא השני בקוטנו מבין השועלים אחרי הפנק.
