Morelos llegó a la Ciudad de México el 13 de noviembre de 1815.
El Congreso ordenó a Morelos capturar a Cos, mientras éste ordenó a su tropa que lo defendiese, pero en lugar de hacerlo, lo entregaron a Morelos, quien ordenó su ejecución.
A pesar de que Manuel de la Concha pidió que el juicio se realizara en Puebla, Calleja ordenó que fuera en la capital.
Fue presentado ante Calleja, quien se dirigía a México, y que tomó la decisión de que se le enjuiciaría en la capital.
Morelos se encargó de fortificar el Cerro del Cóporo, donde años más tarde Ramón Rayón derrotaría a Iturbide.
En una ocasión, Calleja envió a Morelos un ofrecimiento de indulto, aplicable a él y a todos los soldados insurgentes que hubiesen participado en el Sitio de Cuautla.
Acto seguido, Morelos y 200 prisioneros insurgentes más, fueron conducidos ante Manuel de la Concha, quien procedió a dictar el comunicado que se envió al Ministerio de Guerra, en Valencia, España, y a la Ciudad de México.
Su relación con la Junta Nacional de Zitácuaro fue respetuosa, ya que Morelos siempre colaboró con los lineamientos establecidos por la Junta, a pesar de las diferencias habidas entre los miembros del organismo regulador insurgente.
El Congreso ordenó a Morelos marchar con su ejército hasta Acapulco para efectuar la ejecución de los prisioneros realistas ofrecidos en canje al gobierno virreinal.
Morelos escribió a la Junta, "Que se le quite la máscara a la independencia, eliminemos la mención del Rey".
Morelos expidió una convocatoria para la designación de los diputados que habrían de concurrir al Congreso, cuya sede se había fijado en la ciudad de Chilpancingo.
El sacerdote, Miguel Salazar, fue comisionado por Manuel de la Concha para confesar a Morelos y preparar su sepultura.
De acuerdo al juicio seguido un año después, los conspiradores tenían apoyo en San Luis Potosí, e incluso en la Ciudad de México.
