غالبا ما يتم توجيه الانتقادات في هذا الخصوص إلى الكنيسة الكاثوليكية، إذ يرى عدد من المؤرخين والفلاسفة ان الكنيسة الكاثوليكية دخلت في صراع مع العلم، وأنها ضيقت على العلماء والبحوث العلمية، ولعل أبرز قضية في صراع الكنيسة والعلم هي قضية محاكمة جاليليو جاليلي ونظرية التطور، وكان كل من العالم جون وليام دابر والمفكر البروتستانتي أندرو ديكسون وايت الدعاة الأكثر تأثيرا في أطروحة الصراع بين الدين والعلم، ودعي داربر سنة 1870 لكتابة كتاب عن تاريخ صراع الدين والعلم، في كتابه أنتقد داربر العصمة البابوية ووجدها الفكرة الأكثر معاداة للفكر في التقليد الكاثوليكي، واعتبر الكنيسة الكاثوليكية مؤسسة تحارب العلم والفكر، كذلك وبحسبه فالبروتستانتية كانت عكس الكنيسة الكاثوليكية، إذ لم تدخل البروتستانتية في صراع مع العلوم.
عدد من هذه الجامعات يعتبر من أفضل جامعات العالم مثل جامعة لوفان في بلجيكا، والتي حسب التصنيف الأكاديمي تحتل المرتبة 58 بين أفضل 500 جامعة في العالم، وجامعة جورجتاون وجامعة النوتردام وكلية بوسطن في الولايات المتحدة والجامعة الكاثوليكية في البرتغال المصنّفة حسب التصنيف الأكاديمي بين أفضل 500 جامعة في العالم، وجامعة سانتو توماس البابوية في الفلبين التي تحوي على مراكز علمية وطبيّة متطورة، والجامعة الكاثوليكية البابوية في التشيلي والتي تحتل مقدمة الجامعات في أمريكا اللاتينية وجامعة نافارا في اسبانيا ويملكها الأوبوس داي وتعتبر من أفضل جامعات أوروبا، وغيرها من الجامعات التي تديرها الكنيسة الكاثوليكية.
ومن أهم الأمثلة على رجال دين مسيحيين لهم اهمية في العلوم جريجور ميندل من أهم علماء الجينات والوراثة، نيكولاس ستينو أب علم وصف طبقات الأرض وله اسهامات في علم التشريح، رينه جوت هواي مؤسس علم البلورات، وجان-بابتيست كاروني مؤسس علم الأحياء الخلوي، وروجر باكون الراهب الفرنسيسكاني الذي كان واحدا من أوائل دعاة المنهج العلمي، مارين ميرسين أبو علم الصوت والبلجيكي جورج لومتر أول من اقترح نظرية الانفجار العظيم.
هناك عدد من المؤرخين من يفند أنّ علاقة الكنيسة الكاثوليكية بالعلم علاقة صراع وأنها ضد العلم، فاستنادا إلى وتوماس أي وودز، كانت علاقة الكنيسة الكاثوليكية بالعلم إيجابية وشجعت على العلوم.
