W 2000 w Jerozolimie uczestniczył w soborze z okazji 2000.
Pobyt w Jugosławii i bliższe zapoznanie się z tradycją Serbskiego Kościoła Prawosławnego, w tym z pracami mnicha i teologa Justyna (Popovicia), ostatecznie utwierdziły Michała Hrycuniaka w zamiarze złożenia ślubów mniszych , który pojawił się u niego po raz pierwszy w 1957, w czasie pielgrzymki do Ławry Poczajowskiej .
W 1992, rok po odzyskaniu pierwszych budynków monasterskich w Supraślu, doprowadził do powstania żeńskiego monasteru Narodzenia Matki Bożej w Białymstoku-Dojlidach (obecnie działający w miejscowości Zwierki).
W maju roku następnego został skierowany do Belgradu na studia doktoranckie w dziedzinie teologii prawosławnej na tamtejszym uniwersytecie.
W wymienionym okresie kontynuował pracę naukową na ChAT, wziął znaczący udział w przeprowadzeniu remontu soboru św.
Od 25 czerwca do 15 lipca 2008 metropolita przebywał w szpitalu w związku z niewydolnością oddechową i nie pełnił w tym czasie swoich obowiązków .
Znacząco przyczynił się do reaktywacji życia monastycznego w męskim monasterze Zwiastowania w Supraślu, stopniowego odzyskiwania przez PAKP jego kolejnych zabudowań oraz do rozpoczęcia ich remontu.
