Nakon samo jedne sezone u Serie B, Napoli je dobio promociju u Serie A, iza Juventusa, ali ispred Genoe koja je također dobila promociju.
Napoli je u sezoni 2007./08., prvi put nastupio u Serie A od njihovog ispadanja 2001.
Međutim, klub je bio neuspješan u Europskom kupu u sljedećoj sezoni i završili su na drugom mjestu u Serie A.
Napolijeva forma u ligi je značajno pala, i ispali su u Serie B, sa svega dvije pobijede u cijeloj sezoni.
Napoli je u Intertoto kupu igrao protiv Panionisa kojeg su dva puta dobili po 1:0, u gostima i kod kuće za svoj prvi europski trofej nakon 20 godina, i svoj prvi trofej nakon ulaska u Serie A, 2006 godine.
U kupu su se natjecali Napoli i Palermo FBC, a Napoli je osvojio tri finala.
osvojili su sve što su mogli i to je bila najbolja sezona Napolija u povijesti; osvojili su dvostruku krunu, Serie A, a zatim su u finalu Coppa Italia razbili Atalantu sa 4:0.
Napoli je uzdrmao svijet rekordnim transferom, kada je doveo Diega Maradonu za 6,9 milijuna £ iz Barcelone u ljeto 1984.
Kako se je nastavilo igrati i dalje, Napoli zaradio prava da se natječu u Serie A, ali su ispali već nakon dvije sezone.
