وفي عام 1005 م، تم بناء كنيسة جديدة جنوب كنيسة الأنبا بنيامين، وسميت باسم كنيسة الأنبا مقار الجنوبية، وكان من الضروري وقتها بناء هيكل أو كنيسة جديدة باسم الأنبا مقار، لأن الكنيسة السابقة سميت باسم الأنبا بنيامين.
وفي عهد البابا يوساب الأول عام 847 م، بنيت كنيسة باسم الآباء التلاميذ شمال كنيسة الأنبا مقار.
وأيضا أثناء بطريركية الأنبا بنيامين الأول، تم تكريس كنيسة الأنبا مقار [معلومة 8] الذي عرف باسم هيكل بنيامين عام 655 م تقريبا.
وكان بالدير حينذاك أيضا جسد الأنبا مقار السكندري، وانضم إليهم لاحقا جسد الأنبا مقار أسقف إدقاو في عصر البابا خائيل الثالث.
وفي عهد البابا يعقوب الأول، تم البدء في إنشاء كنيسة باسم القديس شنودة جنوب هيكل الأنبا مقار.
وفي القرن الثامن الميلادي، تمّ نقل جسد الأنبا مقار الكبير إلى الدير في تابوت عام 793 م في عهد البابا يوحنا الرابع.
وقد تسمّى الهيكل الشمالي في كنيسة الأنبا مقار بهيكل يوحنا المعمدان، وذلك في الفترة التي عاد فيها رأس مرقس الرسول إلى الإسكندرية.
وفي العام 866 م في عهد البابا شنودة الأول، أغار البدو على الأديرة ونهبوا الحجاج الذين كانوا مجتمعين في دير الأنبا مقار.
وتوجد بالدير قلالي تم الإبقاء عليها كنموذج لقلايات القرن الثامن عشر، وتقع جنوب كنيسة الأنبا مقار.
وقد تم نقل جسد الأنبا مقار الأسقف في عصر البابا ميخائيل الأول إلى دير الأنبا مقار عام 907 م، وبذلك يفهم أن رفات النبيين قد نقلا معه من الإسكندرية إلى وادي النطرون، حيث توقفت الصلاة في كنيسة يوحنا المعمدان لظروف غير معروفة.
وفي حوالي عام 1413 م، تم نقل جسد الأنبا يوحنا القصير من ديره إلى دير الأنبا مقار، وذلك إثر تداعي سقفه وسقوطه بسبب النمل الأبيض.
فظهرت أبراج الحصون والكنائس والمنشوبيات [معلومة 7] والمباني ذات الأعمدة الرخامية، وقد أمر الإمبراطور بإعادة بناء كنيسة الأنبا مقار.
ويحد الجانبين الشرقي والشمالي للفناء صفان من القلالي وكنيسة الأنبا مقار، كذلك أقيم قصر الضيافة إلى الشرق مع صف حديث من القلالي.
