تضرر النظام الإقطاعي بشكل كبير خلال الحرب الأهلية بالامبراطورية المغولية التي امتدت بين عاميّ 1260 و1304، إلا أن النظام بقي مستمرا لبعد هذه الفترة على الرغم من ذلك، فقد سمح أباقا حاكم الإلخانات لمونكو تيمور حاكم القبيلة الذهبية، أن يقوم بجباية أرباح مصانع الحرير بشمال بلاد فارس عام 1270، كما قام "برقة"، حاكم خانة قيتاي، بإرسال وزيره المسلم إلى الإلخانات ليتفقد أحوال إقطاعاته هناك ظاهريّا، عام 1269، إلا أن مهمته الأساسية كانت التجسس على تلك الخانة.
يقال بأن جنكيز خان وخليفته أوقطاي شقا العديد من الطرق، وإن إحدى الطرق التي شقها الأخير عبرت سلسة جبال ألتاي، كما قام بعد تتويجه بتظيم شبكات الطرق وأمر خانة قيتاي والقبيلة الذهبية بوصل الطرق ببعضها في القسم الغربي من الإمبراطورية المغولية، وكي يخفف الضغط على الأسر التي كان السعاة ينزلون عندهم للراحة، قام بإنشاء عدد من المراكز الخاصة لهذا الغرض تبعد عن بعضها 40 كم (25 ميل).
الإجابة الواقعية لسبب توقف المغول بعد معركة موهي وتحطيمهم الجيش المجري هو عدم رغبتهم للذهاب أبعد من ذلك، فباتو خان قد كون مملكته في روسيا وأمنها لعشر أجيال لاحقة، وعند موت الخان رجع بسرعة إلى العاصمة ليطالب بالحكم، مما سبب بتدهور العلاقة مع ابن عمه جيوك خان ووصلت إلى مرحلة النزاع المسلح بينهما، بعد عام 1260 لم يستطع المغول توحيد جيوشهم للتوجه لأوروبا أو مصر، فباتو خان كان يخطط للوصول للمحيط أطلسي أو بحر الظلمات ولكنه مات عام 1255 وورث ابنه حكم القبيلة الذهبية ولكن لم يدم طويلا حتى مات ثم أتى بركة خان أخو باتو خان فقضى أكثر وقته بقتال ابن عمه هولاكو فهدأت الأحوال بأوروبا بعد ذلك.
من المغول المعروفين الذين تحولوا إلى الطائفة السنية الإسلامية: مبارك شاه حاكم خانة قيتاي، تودا منغو حاكم القبيلة الذهبية، ومحمود غازان حاكم الإلخانات.
في عام 1277، قامت مجموعة من الأمراء المتحدرين من جنكيز خان والعاملين في خدمة ابن مونكو خان "شيريقاي"، بالثورة على الخان الكبير قوبلاي، فخطفوا ابنيه الاثنين، وأحد قواده المدعو "أنتونغ"، وقاموا بتسليمهم إلى قايدو ومونكو تيمور.
