จิตรกรรมฝาผนังภายในชาเปลซิสตินได้รับการบูรณะมาก่อนหน้าการบูรณะครั้งล่าสุดหลายครั้ง ที่เริ่มในปี ค.ศ. 1625 ความเสื่อมโทรมของภาพเขียนบนเพดานดูเหมือนว่าจะเกิดจากน้ำที่ซึมลงมาจากเพดานเหนือภาพเขียน ราวปี ค.ศ. 1547 ปาโอโล โจวีโอ เขียนบรรยายว่าเพดานได้รับความเสียหายจากดินประสิวและรอยร้าว ดินประสิวทิ้งผลึกขาว (efflorescence) บนผิวภาพ จานลุยจิ โคลาลุชชิ (Gianluigi Colalucci) ผู้อำนวยการเขียนใน “ห้องทดลองเพื่อการปฏิสังขรณ์จิตรกรรมสำหรับอนุสาวรีย์, พิพิธภัณฑ์ และหอศิลป์ของพระสันตะปาปา” (Laboratory for the Restoration of Paintings for Papal Monuments, Museums and Galleries) บรรยายในบทความ “การพบสีใหม่ของไมเคิล แอนเจโล” (Michelangelo's colours rediscovered) ว่าผู้อนุรักษ์ในสมัยแรกพยายามอนุรักษ์โดยการใช้น้ำมันเมล็ดฝ้าย หรือ น้ำมันวอลนัตซึ่งยิ่งทำให้เกร็ดที่เกิดขึ้นจากสารต่างๆ เห็นชัดยิ่งขึ้น ในปี ค.ศ. 1625 ก็มีการปฏิสังขรณ์ที่นำโดยซิโมเน ลาจิผู้มีหน้าที่เป็น “ช่างปิดทองประจำชาเปล” (Gilder) ผู้เช็ดเพดานด้วยผ้าลินนินก่อนที่จะทำความสะอาดโดยการเช็ดด้วยขนมปัง 
แอนเจโลต้องทำในปี ค.ศ. 1506 การค้นคว้าในปี ค.ศ. 1979 พบว่าพื้นผิวผนังและเพดานทั้งหมดของชาเปลเคลือบด้วยสิ่งสกปรกที่เกิดจากควันเทียนที่ประกอบด้วยขี้ผึ้งและเขม่าไฟ (Amorphous carbon) ส่วนเหนือหน้าต่างที่เป็นที่ถ่ายเทอากาศและโค้งพระจันทร์ครึ่งซีกเป็นบริเวณที่ได้รับความเสียหายจากควันและไอเสียจากการจราจรในตัวเมืองโรมที่สกปรกยิ่งไปกว่าเพดาน ตัวสิ่งก่อสร้างเองก็ไม่มั่นคงและเคลื่อนตัวไปบ้างแล้วมาตั้งแต่ก่อนหน้าที่ไมเคิล แอนเจโลจะเริ่มเขียนภาพในปี ค.ศ. 1508 ที่เป็นผลทำให้เกิดรอยร้าวบนเพดาน เช่นรอยร้าวในช่อง “จูดิธ” ที่กว้างจนต้องอัดด้วยอิฐและปูนก่อนที่จะเขียนภาพได้ ด้านบนของเพดานที่ไมเคิล แอนเจโลเขียนเป็นผิวที่ไม่ราบเรียบเพราะเกิดจากรอยร้าวและรอยน้ำซึม ทางเข้าของน้ำมาจากหลังคาและจากบริเวณทางเดินด้านนอกเหนือเพดานที่ไม่มีหลังคาทำให้น้ำซึมเข้ามาในตัวสิ่งก่อสร้างและชะเกลือจากปูนที่ใช้ในการก่อสร้าง เมื่อแห้งก็ทิ้งรอยไว้ 
