Менора, по его же толкованию, находящаяся близ Ковчега, осеняет Скинию и знаменует собой семь светлостей Духа (Ис.11:2) В Апокалипсисе Иоанна Богослова имеется представление о возвращении Ковчега Завета в Храм во время Второго Пришествия Иисуса Христа (либо о его вневременном и внепространственном пребывании на небесах, которое открывается в конце мира): В православной гимнографии Ковчег Завета выступает как один из символов Богородицы.
Представляется, что, располагаясь на крышке Ковчега Завета, херувимы одновременно символизировали престол невидимого Бога (с капорет в качестве подножия Всевышнего) и служили защитой Ковчега.
Ковчег Завета не упоминается и в списке утвари, возвращённой в Иерусалим Киром Великим (Езд.1:9-11).
Ефрем Сирин видит непосредственно в самой конструкции Ковчега Завета прообразовательный смысл Боговоплощения: золото вокруг деревянного остова Ковчега предотвращает его от гниения, что преподобный уподобляет человеческой плоти Христа, нетленной по причине соединения её с Божественным естеством : Также Мессию (Эммануила), по мнению Ефрема Сирина, прообразует крышка капорет, осеняемая херувимами.
Ковчег Завета служил зримым напоминанием о Завете между Всевышним и сынами Израиля, о присутствии Всевышнего среди еврейского народа.
