Kisahnya bertumpu kepada pengembaraan Aeris di dalam Lifestream, diikuti oleh kematiannya di tangan Sephiroth, mengambil tempat pada waktu yang sama dengan bahagian kedua Final Fantasy VII.
Latar belakang permainan ini mengikut jejak langkah Final Fantasy VI dengan mempersembahkan dunia dengan teknologi yang lebih maju daripada lima permainan pertama dalam siri Final Fantasy.
