2004 წელს კლუბში მწვრთნელად მოვიდა ფელიქს მაგათი, ვისი ხელმძღვანელობითაც კლუბი ორჯერ გახდა გერმანიის ჩემპიონი და ორჯერ დაეუფლა გერმანიის თასს, მაგრამ 2007 წლის იანვარში წარუმატებლობების გამო იგი გაანთავისუფლეს და მის ადგილას დააბრუნეს ოტმარ ჰიცფელდი.
უკვე ორი წლის შემდეგ ჰიცფელდმა და ბაიერნმა დაამტკიცეს, რომ 1999 წლის დამარცხება მხოლოდ და მხოლოდ შემთხვევითობა იყო.
მაგრამ გერმანიის თასისა და ჩემპიონთა ლიგის ფინალებში მარცხი ძალზედ მტკივნეული აღმოჩნდა გუნდისთვის.
ჰიცფელდის ხელმძღვანელობით ბაიერნმა (1998-2004 წლებში) მოიპოვა გერმანიის ჩემპიონობა ოთხჯერ, ორჯერ დაეუფლა გერმანიის თასს და გერმანიის ლიგის თასს, ასევე გაიმარჯვა ჩემპიონთა ლიგის გათამაშებასა და საკონტინენტთაშორისო თასზე.
ბორუსიამ გერმანიის ჩემპიონობა ორჯერ 1970–71 წლებში მოიგო და უკან ჩამოიტოვა ბაიერნი.
