Itt helyezték el a Múzeum-sziget többi, még jobban tönkrement épülete megmenekült értékeinek egy részét is, így az Egyiptomi Múzeum anyagát a papiruszgyűjteménnyel a szinte teljesen elpusztult Neues Museumból, az őstörténeti múzeumot, egy festménygalériát, egy szoborválogatást és a híres érmegyűjteményt.
október 19-ei megnyitás óta a múzeum gyűjteményei, – szervezeti egységek szerint: a Szoborgyűjtemény és a Bizánci Művészet Múzeuma, a Numizmatikai Gyűjtemény és a Gemäldegalerie – Régi Mesterek Festményei – újra teljes fényükben láthatók.
Ennek sorsa azonban később elvált a múzeumétól, terjedelme miatt ugyanis a gyűjtemény már a második világháború előtt a Múzeum-sziget más intézményeibe (a mai Pergamon Múzeum helyén álló Német Múzeum egyik szárnyába) került át.
A múzeum épülete és gyűjteményei a második világháborúban súlyos károkat szenvedtek, de a helyreállítás nem vált lehetetlenné.
A második világháborút a gyűjtemény a Pergamon Múzeum pincéjében vészelte át, ahonnan a szovjet hadsereg a Szovjetunióba vitte.
A későbbi érmékből 160 000 található a múzeumban, valamint mintegy 35 000 keleti és ázsiai veret.
1883-ban Wilhelm von Bode különítette el a keresztény művészet szobrait az antikvitás anyagától, ami később a Pergamon Múzeumba került.
