בהמשך המאה ה-16 עדיין התנהלה מדינת האפיפיור כמדינה עצמאית בנושאי חוץ, אלא שהחלטה של האפיפיור פאולוס הרביעי לכרות שוב ברית עם הצרפתים כנגד הספרדים הובילה לכישלון צבאי נוסף (1555) שבעטיו חדלה מדינת האפיפיור להופיע בזירה הבינלאומית כגורם מדיני עצמאי.
האפיפיורים ראו ברפורמציה הפרוטסטנטית (אמצע המאה ה-16) איום ישיר עליהם וכחלק מתגובת הנגד לרפורמציה הופעלו גם אמצעים נגד היהודים במדינת האפיפיור.
שטחה של מדינת האפיפיור הלך וקטן ובאמצע המאה ה-11 היה שלטון האפיפיורים מוגבל לדוכסות רומא ולשטחים שסביבה בלבד.
שליטי פירנצה עודדו מרידות של הערים בתחומי מדינת האפיפיור ואחר־כך נקלעו למלחמה ישירות מול מדינת האפיפיור - מלחמת שמונת הקדושים (1375-1378).
אלבורנוס היה אחראי לשכלול וייעול המנהל האפיפיורי במדינה והוא גם יזם את אוסף החוקים של מדינת האפיפיור - הקודקס "Constitutiones Agegidianae" - ששימש כבסיס לחוק במדינת האפיפיור עד 1816.
