Didyman temppelin alue (temenos) käsitti itse Apollon Didymaeuksen temppeli (Didymeion) ja useita pienempiä temppelejä muille jumalille, kuten Artemiille ja Zeulle.
Didyman oraakkeli ei ollut toiminnassa seuraavan 160 vuoden aikana, eikä temppeliä jälleenrakennettu tuona aikana.
Lyydian kuningas Kroisos lahjoitti Didyman temppelille yhtä paljon kultaa kuin hän oli lahjoittanut Delfoin temppelille.
Persialaiset kukistivat Miletoksen vuonna 494 eaa., ja Didyman temppeli poltettiin ja sen aarteet vietiin Susaan.
Apollonin temppelin edessä oli myös 125 metriä pitkä terassi, jonka päällä oli temppelille lahjoitettuja patsaita.
Myös Strabon, Pausanias ja Suetonius käsittelevät kirjoissaan Didyman temppeliä.
Julius Caesar laajensi Didyman temppelin aluetta, joka toimi turvapaikkana.
Dio on luultavasti sekoittanut tämän Caligulan haaveisiin saada Didyman temppelin rakennustyöt valmiiksi.
Temppelin länsiosassa sijaitsi katoton adyton, eli temppelin pyhin osa, jossa sijaitsi pieni naos, joka saattoi olla alkuperäinen.
Kiitollinen Seleukos tuki Didyman temppelin jälleenrakennusta.
