Histoire du Japon

Lhistoire du Japon commence avec un peuplement qui remonte à environ av. J.-C.. Les premières traces d'industrie, des pierres polies apparaissent il y a . Des poteries, parmi les plus anciennes de l'humanité, sont produites vers avant notre ère lors de la période Jōmon, et permettent les premières formes de productions artistiques avec les "dogū". 400 avant notre ère sont introduites de nouvelles technologies venant de Chine et de Corée comme la riziculture et la fonte du bronze et du fer.
La période Yamato qui s'étend de 250 à 710 voit l'émergence de la première forme d'État structuré. Lors de la première partie de cette période, de grands tertres funéraires, ou "kofun", sont bâtis. La région du Kansai s'impose comme centre politique. Par la suite, le bouddhisme est introduit au Japon au et marque profondément la vie politique du pays ; une constitution en 17 articles est écrite en 604 pour encadrer le fonctionnement de l'État. Une première tentative d'invasion de la péninsule coréenne est entreprise, mais se solde par un échec lors de la bataille de Hakusukinoe en 663. Ceci n'empêche pas l'arrivée de nombreux immigrés en provenance des royaumes coréens, qui vont marquer la politique et les arts japonais.
Du au , une culture classique portée par une cour vivante se développe. Très influencée par des modèles continentaux dont elle va s'émanciper dès le , elle est à l'origine d'œuvres comme le "Tōdai-ji" ou "Le Dit du Genji". C'est aussi à cette époque que la scène politique se divise entre le pouvoir impérial, et celui de chefs de clans. Les Fujiwara, puis les Taira, et par la suite les Minamoto vont tour à tour accaparer la plupart des rouages de l'administration. Des famines touchent régulièrement le pays lors de cette période, alors que les domaines agricoles voient l'apparition de terres privées, ou "shōen". L'insécurité s'installe dans le pays, ce qui entraîne la création d'une classe sociale de combattants, ou "Bushi".
Le Moyen-Âge japonais s'étend du au . Après la guerre de Genpei, qui s'achève en 1185, le "bakufu", un pouvoir pour la première fois extérieur à la cour et basé dans la région du Kantō, dirige le pays. Un système féodal structure le pays dirigé par le clan Hōjō, puis par les Ashikaga à partir de 1336. L'Époque Sengoku, ou époque des provinces en guerre, clôt ce moyen-Âge, alors marqué par de grandes turbulences sociales et politiques, et un morcellement du pays en plusieurs provinces et potentats. La réunification politique du pays va se faire sous les impulsions successives d'Oda Nobunaga, de Toyotomi Hideyoshi, et de Tokugawa Ieyasu.
L'époque d'Edo est dirigé par le Shogunat Tokugawa de 1603 à 1868. Si le début de la période est marqué par une politique commerciale active à l'étranger, une politique d'isolation progressive est mise en place. Le pays connaît une phase d'essor démographique et économique allant de la fin du au début du . Il est dominé par une conception néo-confucianiste, et une division sociale marquée s'instaure. Des formes artistiques comme le "kabuki" ou les "Haïku" voient le jour, alors que dans le domaine scientifique, les études hollandaises ou "Rangaku" continuent d'introduire dans l'archipel les sciences et techniques occidentales. 
L'Empire du Japon qui est instauré en 1868 voit le retour du pouvoir impérial au centre du système politique. En compétition avec le colonialisme occidental, le pays se lance aussi dans une politique colonialiste, qui aboutit à l'annexion de la Corée en 1910, l'invasion de la Mandchourie en 1931, puis l'occupation d'une partie de la Chine à partir de 1937. Le pays s'engage dans une guerre contre les forces alliées, mais est finalement poussé à la capitulation suite aux bombardements atomiques d'Hiroshima et Nagasaki en . Une occupation par les États-Unis de 1945 à 1952 engage le pays vers une démocratisation de son régime. 
Après la fin de l'occupation, le pays s'est imposé comme un acteur majeur de la Guerre froide et l'une des principales puissances économiques mondiales. Bien que marqué par une certaine instabilité politique, le Japon fait aussi connaître ses productions culturelles grâce à un "soft power" important. 
Le début du peuplement au Japon remonte probablement au début de la dernière période glaciaire il y a , lorsque l'archipel était en contact avec le reste du continent, mais en raison de la nature acide des sols, aucun squelette n'a été conservé. Au plus fort de cette période vers - , le niveau des mers est alors inférieur de 130 à au niveau actuel et le territoire est connecté entre Kyushu et la Corée ainsi qu'entre Hokkaido, Sakhaline, et la Sibérie. Les premiers "homo sapiens" partagent les terres avec de grands animaux, y compris des mammouths. La partie la plus septentrionale du Japon actuel est occupée par la toundra et des forêts, alors qu'une zone comprenant le Tohoku et le Kanto est, elle, couverte de résineux. Plus au sud, les conifères cèdent progressivement la place à des arbres à feuilles caduques.
Les premiers vestiges d'industrie humaine, des pierres polies, remontent à il y a environ , ce qui marque le début du paléolithique postérieur au Japon. Cette période s'étend jusqu'à avant notre ère. Découverte initialement à Iwajuku, mais se retrouvant dans la totalité du territoire japonais, elle se caractérise par des haches, des pointes de lances, et des couteaux. Il y a , la population est estimée à environ , et vit principalement de la chasse. La période suivante s'étale de à avant notre ère et se démarque par l'apparition de lames de pierre plus fines dans deux foyers distincts. Au nord-est de Honshu et à Hokkaido, leurs formes de coin s'apparentent à celles retrouvées autour du lac Baïkal, alors qu'à l'ouest leurs formes arrondies s'apparentent à celles retrouvées dans le sud de la Chine. Les changements climatiques ainsi que la disparition de certains gibiers entraînent un glissement du régime alimentaire de ces premiers habitants vers une alimentation plus riche en végétaux.
Les premières traces de poteries, parmi les plus anciennes de l'Histoire de l'humanité, apparaissent vers 14 500 avant notre ère (vers 16,500 BP), sur le site d' dans la préfecture d'Aomori. Les distinctions régionales apparues au paléolithique entre un Japon occidental et un Japon oriental s'accentuent pour donner finalement entre sept et huit aires culturelles distinctes à la fin de la période, vers 300 avant notre ère. Le développement de cette technologie permet un stockage plus efficace des aliments, mais aussi la cuisson, et donc la consommation, de nouveaux aliments comme les glands, les châtaignes et les marrons. Par ailleurs, des objets en laque comme des peignes ou des bols, ainsi que des étoffes en fibres végétales commencent à apparaître à l'époque. 
Un mouvement de sédentarisation dans des villages, déjà observable lors de la période précédente, s'accentue. Les habitations font de quatre à cinq mètres de diamètre, avec un sol situé à un mètre de profondeur. On trouve par ailleurs des bâtiments plus grands, jusqu'à de long, notamment dans les régions connaissant des épisodes d'enneigement. Les pratiques funéraires font apparaître certains objets comme des "dogu" ainsi que des parures décoratives, mais ne présentent pas de distinctions sociales marquées. L'alimentation continue d'être constituée du produit de la chasse, à laquelle se rajoutent des végétaux en nombre grandissant sur la période, alors que vers la fin de celle-ci l'agriculture commence à se répandre, ainsi qu'une sylviculture du châtaignier, dès les et millénaires avant notre ère. La pêche et la récolte de coquillages se généralisent le long des côtes, et le chien commence à être domestiqué. Les réseaux d'échanges de biens touchent l'ensemble de l'archipel, et traversent parfois la mer. L'abondance de ressource explique sans doute le faible développement de l'agriculture dans le Japon de la période Jōmon, ce qui constitue donc une variante originale de la néolithisation : sédentarité, céramiques précoces, mais processus de domestication des plantes et des animaux (quasi-)inexistant.
La fin de la période est cependant marquée par un effondrement du modèle du chasseur-cueilleur sédentaire, avec une disparition des villages et un retour au nomadisme. À l'apogée de cette période, les estimations les plus hautes chiffrent à le nombre d'habitants, dont dans la plaine de Kantō.
La culture Yayoi, du nom d'un type de poterie propre à cette époque, se développe à partir de 400 avant notre ère dans l'ouest de l'archipel, et coexiste dans un premier temps avec la culture Jōmon. Initialement centrée sur le nord de Kyushu, elle se caractérise par l'usage d'une riziculture inondée, technique importée de Chine via la Corée, et s'étend jusqu'au . L'usage de greniers surélevés pour stocker les récoltes apparaît. Contrairement à d'autres régions du monde, l'essor de l'agriculture ne s'est pas accompagné au Japon d'un développement de l'élevage. Des objets en bronze et en fer apparaissent simultanément à cette époque. La matière première n'est pas extraite sur place, mais est importée sous forme de lingot et est fondue dans des moules. De grande cloches de bronze, des épées et des pointes de lances, ou encore des "tama" sont façonnées et ensevelies dans un but cérémoniel.
La population connaît une croissance importante, aidée par les progrès de l'agriculture alors que la cueillette, la chasse, et la pêche sont toujours pratiquées. Cette hausse est surtout sensible au sud et dans l'ouest, bien que le centre et le sud de la région continuent de représenter la plus grosse partie des habitants de l'archipel. Ceux-ci seraient environ au début du , et un million vers l'an 200. Par ailleurs, les troubles politiques sur le continent, plus particulièrement en Chine avec la chute des Han, ont probablement entraîné l'arrivée de populations venant de l'autre côté de la mer, et avec eux de certaines technologies. L'habitat n'évolue que peu par rapport à la période Jōmon, mais les villes se fortifient et de nouveaux établissements sont fondés sur des hauteurs faciles à défendre, en raison de l'apparition de guerres.
La région est pour la première fois citée dans des sources écrites du venant de Chine. Le peuple habitant l'archipel est désigné sous le nom de "Wa", et décrit comme étant réparti en une centaine de principautés, certaines entretenant des relations commerciales avec les Hans. Selon la chronique des Wei, ces principautés se seraient fédérées sous l'autorité de la reine Himiko, dans la région du Yamatai.
La période qui va de la fin du à la fin du se caractérise par l'utilisation de "kofun", grands tertres funéraires érigés pour des chefs locaux ainsi que pour leurs familles. Leur taille va en s'accroissant entre le milieu du et le début du , notamment dans la région du Kinki, qui devient un important centre politique entre 450 et 500 au terme d'un processus d'unification politique. Vers le début du , son centre situé dans la zone du Yamato, près de Nara, se déplace vers la plaine du Kawachi. L'augmentation de la taille des "kofun" à cette occasion témoigne d'une croissance importante du pouvoir. Celui de Daisen construit à cette époque fait ainsi de long pour de haut, et aurait nécessité l'utilisation de près de pendant plusieurs années. Vers la fin du et le début du , un nouveau type de régime politique émerge, centralisé autour de quelques grands chefs et possédant un début d'administration. Cette évolution va de pair avec une baisse en nombre et en taille des "kofun", remplacés par de grandes nécropoles disposant de petits tertres, illustrant une concentration du pouvoir.
Le processus de différenciation sociale déjà actif lors de l'époque précédente s'accentue, et entre 350 et 400 le matériel funéraire présent dans ces tombes montre une militarisation du pouvoir. Cependant, des régions entières restent en dehors de ce modèle culturel dominant, comme le nord du Tohoku, Hokkaido, les îles Satsunan, perpétuant la culture Jōmon. À partir du , des rizières en zones sèches se développent, et de nouveaux espaces sont défrichés et cultivés, permettant une croissance de la production agricole. La création de digues et d'étangs, ainsi que l'assèchement de marais montrent par ailleurs une organisation sociale plus poussée.
Les relations politiques avec les royaumes coréens s'intensifient. Les chefs "Wa" dépendant de la péninsule pour leurs approvisionnements en métaux, il est probable que ceux-ci aient ainsi cherché à sécuriser les circuits d'échanges. Dès le , des alliances militaires se forgent avec Baekje et des troupes "Wa" interviennent dans la péninsule pour combattre contre les royaumes de Silla et du Koguryo. C'est via ces alliances que des artisans qualifiés entrent dans l'archipel, et apportent avec eux des technologies comme le tissage de la soie, la fabrication de papier, la fonte de métaux... ainsi que des lettrés maîtrisant l'écriture chinoise. Des relations avec les pouvoirs chinois sont aussi entretenues par des ambassades, et des sources de l'empire du Milieu témoignent de l'existence de cinq rois de Wa au cours du .
Le bouddhisme fait son entrée au Japon vers le . En 538 ou 552, l'empereur Kimmei reçoit une statue de Bouddha ainsi que des soutras de la part du roi coréen Kudara, alors que des moines bouddhistes venant de la péninsule convertissent déjà depuis quelques années des habitants de l'archipel. Bien qu'étant en contradiction avec les systèmes de croyances locaux, il est bien accueilli, tout comme le taoïsme et le confucianisme. Il touche dans un premier temps l'aristocratie, et certains chefs se convertissent à titre personnel ou entraînent avec eux l'ensemble de leur clan.
L'essor de cette nouvelle religion se retrouve dans le champ politique. La question se pose dans la seconde moitié du de suivre l'exemple des royaumes coréens en faisant de cette croyance la religion officielle de la royauté japonaise. Le clan Soga soutient cette position, alors que le clan Nakatomi et le clan Mononobe s'y opposent. Ces derniers s'imposent dans un premier temps, mais l'empereur Kimmei autorise Soga no Iname à continuer à pratiquer ce culte à titre privé. Son successeur Bidatsu est plus hostile à cette religion et va jusqu'à la faire interdire, lui imputant de mauvaises récoltes, notamment en 569. Les Soga et les Mononobe continuent de s'opposer sur ce sujet, et en 587 des combats éclatent (dont la bataille de Shigisan), à l'issue desquels les Soga anéantissent les Mononobe. Ils parviennent par la suite à faire monter sur le trône du Chrysanthème Sushun, puis après son assassinat Suiko avec laquelle les Soga ont des liens familiaux. Le clan parvient au début du à imposer son autorité à d'autres clans, ainsi qu'à s'assurer la charge de trois grandes administrations.
Un premier coup d'État tente sans succès de renverser le clan Soga en 643, puis un second qui, lui, réussit en 645. La nature de plus en plus despotique du régime a ligué contre lui des notables de la cour. Le prince Naka no Ōe aidé par Kamatari du clan Nakatomi fomente l'assassinat de Soga no Iruka, dépositaire du pouvoir du clan Soga. Naka no Ōe continue pendant une vingtaine d'année d’asseoir son pouvoir, parfois violemment, et accède finalement au trône en 667.
La troisième crise politique de la période intervient en 672 avec la guerre de Jinshin, qui voit s'opposer le fils de l'empereur Tenji (Naka no Ōe), le prince Ōtomo, à son oncle, Ōama. Ce dernier s'appuie sur des chefs régionaux mécontents des dépenses somptuaires du régime, et des échecs militaires en Corée, et s'impose lors de la bataille de Setabashi. Contrairement à ses prédécesseurs, il prend immédiatement le titre d'empereur sous le nom de Temmu. Il entame une série de réformes, notamment en appuyant la figure du souverain sur les divinités locales (instrumentalisation du culte d'Amaterasu au sanctuaire d'Ise pour affirmer son ascendance divine), tout en favorisant l'essor du bouddhisme et en renforçant son organisation en le plaçant sous le contrôle de l'État. Enfin, contrairement à ses prédécesseurs, il se fait désigner comme étant "Tennō" et non plus "Ōkimi", dirigeant non plus "Yamato" mais "Nihon".
L'État se modernise au début du au travers de plusieurs réformes. S'inspirant des réformes mises en place en Chine par les Sui, ainsi que par les monarchies coréennes, est instituée en 603 une hiérarchie en six rangs touchant les membres de la moyenne aristocratie, basée sur le mérite, et préfigurant l'émergence d'un Ètat basé sur une classe de fonctionnaires. En 604, la Constitution en 17 articles pose les bases d'une conception confucianiste de l'État, avec l'affirmation de la prééminence de la famille impériale, et l'obligation d'obéissance envers le souverain. Les anciens chefs de clan doivent se comporter comme des fonctionnaires, et se réunir à la cour pour écouter les ordres du souverain. La réforme de Taika de 646 accentue la centralisation en prenant modèle sur l'administration des Tang, et accélère l'intégration des provinces, y compris des plus reculées comme celles du nord-est. Des expéditions militaires sont lancées dans le Tohoku et à Hokkaido entre 646 et 660 pour soumettre les populations de ces régions. Les réformes continuent sous Temmu, avec notamment en 682 un code instaurant une rétribution individuelle des fonctionnaires, y compris à la haute aristocratie de manière à parfaire la transformation de cette classe dirigeante en fonctionnaires de l'État. Enfin, le code de Taihō, promulgué en 701, fournit en détail l'organigramme du régime, compile les règles existantes et marque la naissance d'un « régime de codes » influencé par les modèles continentaux. 
Sur le continent, la Chine des Sui et la Corée du Koguryo sont en conflit au début du . Le pouvoir "Wa" tente de faire reconnaître ses prétentions dans la péninsule, diplomatiquement en envoyant des ambassades en 600 et en 607 à la cour chinoise (les premières depuis 478, et se voulant l'égal du pouvoir chinois), et militairement en 600 et en 623 en envoyant des troupes en Corée, mais celles-ci sont défaites. En 630 une nouvelle expédition militaire est envisagée, mais les partisans du "statu quo" l'emportent, et les relations s'apaisent momentanément avec Silla.
La Chine des Tang entreprend au milieu du de conquérir la péninsule coréenne, en s'alliant avec Silla. Après avoir favorisé la neutralité, le pouvoir japonais opte pour une intervention militaire, y voyant l'opportunité de remettre pied dans la péninsule. Il est cependant vaincu en 663 lors de la Bataille de Hakusukinoe, et cherche par la suite à apaiser la situation en envoyant deux ambassades aux Tang en 665 et 669. Les conflits dans la péninsule ont cependant pour effet l'arrivée de nombreux immigrés qualifiés, ce qui favorise l'importation de techniques et de modes de pensées et d'organisation venant du continent.
La mise en place d'un régime de Codes, ou "Ritsuryō", calqué sur le modèle chinois des Sui, va perdurer du milieu du jusqu'au milieu du , tout en connaissant une série d'évolutions au cours de quatre phases principales. Au cours de celles-ci, le pouvoir va changer de mains à plusieurs reprises.
Lors d'une phase allant d'environ 750 à 850, la maison impériale reste dominante dans les affaires du pays. L'ascension au pouvoir de l'empereur Kanmu en 781 puis celle de son fils Saga en 809 marquent l'apogée de cette période. Sous l'impulsion de ceux-ci, et afin d'échapper à l'influence des moines bouddhistes de Nara, la décision est prise de déplacer la capitale de Nara vers Nagaoka (784), puis vers Kyōto (794). Ils favorisent par ailleurs la construction de nouveaux temples, ainsi que l'émergence de nouvelles écoles de pensée bouddhistes, dont les écoles Tendai (et son Enryaku-ji) et Shingon (et son Tō-ji), de manière à concurrencer les foyers restés à Nara. Ils réforment l'administration de façon à la rendre plus efficace et à faciliter son contrôle, et militairement repoussent les populations non soumises d"'Emishi" vers le nord, au-delà de l'actuel Morioka.
D'environ 850 à 1050, le clan des Fujiwara domine la conduite du pays en assurant une forme de régence héréditaire. Déjà très liée à la famille impériale depuis le renversement du clan Soga de 643, cette association se renforce lorsque Fujiwara no Yoshifusa devient en 858 le régent, ou "sesshō", du futur empereur Seiwa, assurant ainsi la réalité du pouvoir. Son fils Fujiwara no Mototsune hérite de cette charge en 873, et prolonge en 887 celle-ci en "Kanpaku" lorsque les empereurs deviennent majeurs. Les Fujiwara s'assurent ainsi de maintenir des liens avec la famille impériale au travers de mariages, et parviennent à modifier le "Ritsuryō" pour capter un nombre grandissant de richesse. La puissance de la famille culmine lors du sous la direction de Fujiwara no Michinaga puis de son fils Fujiwara no Yorimichi entre 1016 et 1078; elle s'affaiblit par la suite en raison de dissensions familiales et de la montée en puissance des empereurs retirés.
Quelques empereurs retirés remettent en cause la prééminence des Fujiwara lors d'une période allant d'environ 1050 à 1180. Go-Sanjō, qui devient empereur en 1068, et son fils Shirakawa, qui le devient à partir de 1073, parviennent à exploiter les erreurs du régent Fujiwara, ainsi qu'à exploiter les dissensions de cette famille pour élargir leurs prérogatives, ainsi que les revenus de leurs terres. Grâce à leurs revenus accrus, ils financent de grands travaux dans la capitale, ce qui renforce leur autorité politique. Cette stratégie est poursuivie jusqu'à Go-Shirakawa, mais les relations à la cour se tendent, et plusieurs rébellions éclatent (celle de Hōgen en 1156, Heiji en 1160). C'est à cette époque qu'un chef militaire, Taira no Kiyomori gagne en importance grâce à l'appui de Go-Shirakawa, ce qui permet au clan Taira d'affirmer sa puissance dans la cour. Mochihito, fils de Go-Shirakawa, s'estimant injustement écarté du pouvoir par les Taira, conclut en 1180 une alliance avec le Clan Minamoto. Ce dernier clan ressort "in fine" victorieux après la guerre de Genpei entre 1180 et 1185.
Le climat du Japon connaît entre le milieu du et 1100 une hausse des températures significative dont les conséquences se font sentir sur l'agriculture. Entre le et le , un nombre important de famines est enregistré, frappant en moyenne tous les trois ans (au niveau local ou national), et ayant la plupart du temps été causées par des épisodes de sécheresse. Des recherches archéologiques montrent que des terres cultivées entre la fin du et le premier quart du voient des phénomènes de stérilisation des sols, et des domaines agricoles sont abandonnés à l'époque autant dans l'est que dans l'ouest du pays.
Lors des périodes Nara et Heian, la riziculture se développe à partir des flans de montagnes et en fond de vallée. L'eau y est plus simple à capter à partir du ruissellement et des pluies de mousson. Dans certaines régions comme le Kinai, l'érosion des sols causée par la coupe d'arbres fragilise ce type de culture, puisque les bassins sont alors moins souvent irrigués, et plus souvent encombrés par des débris issus de cette érosion. La cours impériale fait aussi passer des décrets (11 entre 693 et 840) pour obliger les agriculteurs à planter des céréales sèches, afin de prévenir des mauvaises récoltes de riz lors d'épisodes de sécheresses.
L'administration impériale a plusieurs types de réponses à ces famines. Entre 670 et le début du , une politique active est menée, en faisant parvenir des stocks de riz aux régions touchées (à partir de 704), en accordant des exemptions fiscales, et en commandant des cérémonies religieuses pour encourager les bonnes récoltes. À partir du début des années 800, la situation est plus complexe à gérer, et les fonctionnaires locaux sont souvent accusés de mauvaise gestion par l'administration centrale ; ces fonctionnaires locaux à leurs tours accusent les paysans de manquer de sérieux dans leurs travaux. Dès 900, l'administration centrale ne parvient plus qu'à limiter les troubles dans la capitale en y distribuant de la nourriture. Les sources ne permettent pas de couvrir le siècle suivant.
Ces crises de subsistances ont plusieurs effets sur la population. La mortalité est augmentée directement en raison des famines, ou indirectement en raison de l'affaiblissement des populations. Des épidémies sont fréquentes, et touchent en particulier les personnes vivant de la terre, épargnant les nobles. La fécondité baisse aussi suite à ces épisodes. L'ensemble de ces phénomènes explique un tassement de la population du pays lors de cette période.
Le Japon connaît lors de l'époque de Nara une période de dynamisme culturel, et apparaît comme un des pôles culturels de l'Asie. La Chine s'impose alors comme un modèle à suivre. L'administration impériale japonaise s’attelle à l'écriture d'une histoire officielle du régime ; le "Kojiki" publié en 712 et le "Nihon shoki" publié en 720 s'inspirent des modèles chinois, et cherchent à légitimer la lignée impériale. Toujours en copiant le modèle chinois, une capitale fixe est établie dans l'actuelle Nara. Son urbanisme suit un plan en grille, et comporte un palais, des ministères, et plusieurs autres administrations. Ceci contribue à centraliser au même endroit les pouvoirs politiques et religieux. Cet Heijō-kyō compterait environs .
L'État continue d'étendre son contrôle sur l'archipel. L'ouest du Tōhoku est soumis, et en 712 la province de Dewa y est créée. Le sud de Kyūshū est lui conquis au début du . Des colons s'installent dans ces régions et y introduisent la riziculture. Dans l'ensemble des provinces, l'administration centrale impose la rédaction de "Fudoki", rapports portant sur le fonctionnement de celles-ci. Les recensements de populations, et les cadastrages s'y développent aussi.
L'économie connaît une phase d'expansion. La frappe de monnaies de cuivre et d'argent est enregistrée dès la fin du et en 708, la première monnaie officielle du pays, les "Wadōkaichin", sont émises. Si cette économie monétaire reste limitée faute de ressources métalliques, elle démontrait une volonté étatique de développement. Des marchés apparaissent aussi en dehors de la capitale, mais le commerce reste essentiellement une activité de complément, avec peu de boutiques tenues par des marchands.
Dans le domaine géopolitique, le pays entretient des relations avec la Chine des Tang, et y envoie une ambassade importante environ tous les . Celle-ci peut compter jusqu'à , et le retour au Japon de ces envoyés permet au pays de connaître les dernières évolutions culturelles chinoises. Certains de ces Japonais s'implantent durablement en Chine, et un lettré comme Abe no Nakamaro devient un proche de l'empereur Tang Daizong. Les relations avec la Corée des Silla sont plus tendues, mais des ambassades sont cependant échangées. La Corée agit comme un intermédiaire entre le Japon et la Chine. Des relations sont aussi entretenues avec le royaume de Parhae qui succède au royaume de Koguryo, et une première ambassade arrive à Nara en 727. Trente vont suivre jusqu'en 926 ; le Japon en envoie treize lors de la même période.
Le bouddhisme évolue vers une forme de religion officielle. L'État prend à sa charge la construction de temples provinciaux ainsi que du Tōdai-ji à Nara. L'empereur Shōmu favorise en particulier le développement de cette religion, et commande en 743 une immense statue de Vairocana. L'administration du bouddhisme se concentre alors dans les mains des Six écoles de la capitale du Sud, toutes venant de courants développés sur le continent. L'école Kegon en particulier domine ce système et gère les temples provinciaux. Des moines gyrovagues commencent à apparaître, dont le moine Gyōki qui convertit au bouddhisme des populations rurales.
La culture connaît lors de l'ère Tenpyō de 729 à 767 un dynamisme important. Les productions sont portées par les goûts de la cour, et par les grands chantiers liés au bouddhisme comme ceux du Tōshōdai-ji ou du Tōdai-ji. Des sculptures gigantesques sont construites pour décorer ces temples. Dans le domaine littéraire, le "Kaifūsō" compilé en 751 et le "Man'yōshū" compilé vers 760 rassemblent des poèmes composés pour certains dans la première moitié du . Les auteurs sont avant tout des gens de la cour, mais des productions de soldats ou de paysans sont aussi présentes. Les thèmes portent sur l'amour, la nature, ou encore le travail et la misère de l'époque, dans la capitale ou dans les provinces.
La culture de la cour impériale commence à partir du milieu du à sortir de l'influence chinoise. un système d'écriture propre au japonais est développé, et sert de support à une langue japonaise classique. Si les "Kanbun" sont toujours utilisés pour les textes officiels, les adaptations vis-à-vis du modèle chinois sont de plus en plus nombreuses. La langue japonaise se simplifie ; alors que celle-ci compte huit voyelles au , elles ne sont plus que cinq un siècle plus tard. Le nouveau système d'écriture favorise le développement d'une littérature de cour très diverse dans ses formes. Le "Tosa nikki" du poète Ki no Tsurayuki est ainsi rédigé en utilisant intégralement cette nouvelle écriture vers 935. Le en particulier connaît une scène littéraire dynamique. Le recueil de poésie "Kokinshū" est publié en 905, et des "monogatari" comme "Les contes d'Ise" ou comme "Le conte du coupeur de bambou" sont publiés lors de ce siècle. Les femmes sont très actives dans ce mouvement, et sont les premières à bénéficier de l'introduction le nouveau syllabaire. Des auteures comme Izumi Shikibu (le "Izumi Shikibu nikki"), Murasaki Shikibu ("Le Dit du Genji"), et Sei Shōnagon (Les "Notes de chevet" achevées en 1002) en sont les principales représentantes ; cultivées et éduquées, elles n'ont cependant pas accès aux sphères politiques.
Des formes indigènes de bouddhisme apparaissent. Le moine Saichō fonde la branche Tendai et le moine Kūkai la branche Shingon. Ces écoles japonaises s'opposent rapidement aux Six écoles de la Capitale du Sud, et installent leurs monastères sur le Mont Hiei, à proximité de la nouvelle capitale Kyōto (Enryaku-ji), ou directement dans celle-ci (Tō-ji). Contrairement aux écoles plus anciennes qui installent leurs temples à proximité des lieux de pouvoirs, ces deux nouvelles écoles installent les leurs dans les montagnes (comme le Kongōbu-ji sur le Mont Kōya). Ils rompent aussi avec les anciennes pratiques en interdisant leur accès aux femmes. C'est véritablement avec l'arrivée des écoles Tendai et Shingon que l'aristocratie japonaise se convertit à cette religion.
Une forme locale de shamanisme continue d'exister et d'influencer les plus hautes sphères de l'aristocratie. Le clan Nakatomi est chargé de plusieurs rituels à la cour, et plusieurs types de divinations ("Ashi-ura", "zeni-ura", lecture du "Classique des changements"...) sont pratiqué. Des "miko" se font aussi l'intermédiaire des dieux. Une dévotion envers la divinité shinto Hachiman connaît un regain de popularité au Usa Hachiman-gū au , et les liens entre la cour et ce sanctuaire s'affirment.
Les relations avec les pays étrangers connaissent une dynamique contradictoire. Si les échanges politiques se font plus rares du au , les commerçants venant de Chine ou de Corée continuent à développer leurs activités dans l'archipel. La dernière ambassade est envoyée en 838 en Chine alors que la dynastie Tang commence à péricliter. La situation est comparable en Corée jusqu'à l'unification de la péninsule par le Goryeo au début du .
Le pays connaît une période de paix relative lors de cette période, bien que des agitations puissent perdurer dans les provinces. Si la qui s'achève en 802 a permis de pacifier le Tōhoku, certaines zones comme l'actuelle préfecture d'Aomori restent hors du contrôle impérial, et des révoltes sont enregistrés (prise d'Akita en 878). Plus largement, les provinces commencent à jouer un rôle plus important dans l'histoire nationale. Une élite s'y développe à partir du , et devient de plus en plus autonome vis-à-vis du pouvoir central. Ses revenus grandissant lui permettent de lever des forces armées pour faire face aux agitations. Une nouvelle classe de combattants, les "Bushi", fait alors son apparition vers 900 et est utilisée pour faire face à l'insécurité qui se généralise dans les provinces comme dans la capitale.
Au niveau local, de grands ensembles privés ou "shōen", commencent à se constituer au . Initialement limités, leurs nombres augmentent à partir du . Ils sont issus de terres appartenant au domaine public, et privatisées par des fonctionnaires, ou des monastères bouddhiques. Si leurs propriétaires continuent initialement de payer des impôts, des exemptions se développent. Grâce à une pression fiscale souvent moindre sur ces terres, des paysans de plus en plus nombreux délaissent les terres publiques pour s'y installer et les exploiter pour un seigneur local. Des droits de police et de justice sont aussi parfois acquis par ces seigneurs, qui échappent alors à l'autorité de l'administration. Plus largement, la privatisation de ces terres contribue à réduire les recettes fiscales de l'État, et plusieurs édits visent à réduire l'importance des "shōen" lors de l'époque Heian. Cependant, au sein même de l'administration travaillent des aristocrates tirant leurs richesses et leurs poids politiques de l’existence de ce type de domaine, ce qui réduit la portée de ces édits.
À partir de la fin du , une série de chefs guerriers exercent le pouvoir au nom de l'empereur depuis leur capitale de Kamakura dans le Kanto. Pour la première fois dans l'histoire du Japon, le pouvoir est exercé par un groupe extérieur à la cour impériale et localisé hors du Kansai. Minamoto no Yoritomo, qui sort victorieux de la guerre de Genpei en 1185, reçoit de la cour le titre de "seiitai shōgun" et prend la tête du "bakufu", ou « gouvernement de la tente ». Faute d'héritier mâle en âge de régner, c'est le clan de sa femme, Hōjō Masako, le clan Hōjō, qui s'approprie son pouvoir à sa mort en 1199 et qui va le conserver lors de cette période.
Hōjō Masako dirige alors le régime de 1199 jusqu'à sa mort en 1225, alors que le nouveau régime doit faire face à des tentatives de déstabilisation venant de la cour impériale restée à Kyoto. Elle fait éliminer son propre fils Minamoto no Yoriie en 1203, ainsi que des membres du clan Hiki duquel il était proche, et fait nommer son second fils Minamoto no Sanetomo comme shogun. En 1213, elle écarte du pouvoir Wada Yoshimori qui occupait un poste clef dans l'administration et qui est accusé de comploter. Ceci permet aux Hōjō de confisquer des domaines appartenant aux clans écartés du pouvoir, consolidant ainsi leurs bases économiques et sécurisant les zones situées autour de Kamakura, celles-ci devenant contrôlées par des Hōjō et par leurs alliés. Minamoto no Sanetomo meurt assassiné, sans héritier en 1219 ; comme il était proche de l'empereur retiré Go-Toba avec qui il entretenait une correspondance épistolaire, son assassinat devient prétexte à une intervention de la cour. Go-Toba tente de renverser le pouvoir sans succès lors de la révolte de Jōkyū en 1221. En réaction, l'empereur et sa descendance sont exilés loin de Kyoto, et les terres des nobles ayant appuyé la révolte sont confisquées par le shogunat. Dès lors, et jusqu'à la chute du régime un siècle plus tard, l'équilibre du pouvoir bascule du côté de Kamakura.
Les Hōjō mettent en place à partir de 1221 plusieurs institutions pour consolider leur pouvoir dans tout le pays. Un poste de contrôleur militaire, ou "Tandai", de la capitale Kyoto est créé en 1221 et son titulaire siège au palais de Rokuhara. Un « conseil des treize » est créé en 1225 pour encadrer les décisions importantes du régime. Le shogunat devient plus pacifié et plus stable avec les successeurs de Hōjō Masako. Cependant, la branche aînée des Hōjō écarte du pouvoir les branches cadettes de la famille, ce qui n'est pas sans entraîner quelques rébellions, notamment en 1246. Le régime prend efficacement appui sur des hommes-liges ou "gokenin ", auxquels il redistribue des domaines confisqués à des opposants ; en contrepartie, ils doivent se soumettre à une série d'obligations envers le shogunat. Ce début de système féodal va perdurer lors des époques suivantes. Les institutions judiciaires sont aussi modernisées en plusieurs étapes (1221 voit la création d'une cour d'appel; en 1249 des magistrats instructeurs sont créés, en 1232 est publié le recueil juridique "Goseibai Shikimoku").
Le régime de Kamakura connaît une forme d'apogée lors de la régence de Hōjō Tokimune de 1268 à 1284. La famille impériale subit en 1272 une scission entre deux branches rivales, ce qui concourt à renforcer le pouvoir de Kamakura. Les tentatives d'invasions mongoles du Japon en 1274 et 1281 permettent au "bakufu" de renforcer son emprise sur les îles de Shikoku et de Kyūshū, et, dans cette dernière, une administration spéciale est mise en place, sous le contrôle des Hōjō. Le Bakufu a recours à de nombreux guerriers pour assurer la défense des côtes, mais peine à les rémunérer. Contrairement aux conflits précédant, le régime ne peut pas confisquer de domaines pour les redistribuer, ce qui entraîne de moins bonnes récompenses. 
À partir des dernières années du , le régime des Hōjō doit faire face à plusieurs difficultés. La centralisation des pouvoirs dans les mains de cette famille au détriment des hommes-liges entraîne un coup d'État à Kamakura en 1285. Le clan Adachi alors soutien du régime est éliminé, et plusieurs centaines de vassaux se voient confisquer leurs terres. Cette répression coupe la famille Hōjō de plusieurs de ses appuis les plus puissants dans le Kantō, parmi lesquels plusieurs vont se retourner contre eux lors de la chute du régime. Dans le même temps, la situation sociale des guerriers tend à s'affaiblir dans le pays, ce qui provoque une agitation sociale de plus en plus marquée. Malgré un édit en 1291 qui tente sans succès de sécuriser les revenus des guerriers, le régime se coupe progressivement de sa base sociale alors que le pays traverse des vagues de violences. Dans ce contexte défavorable au régime des Hōjō, l'accession au pouvoir de l'empereur Go-Daigo en 1318 permet d'unifier plusieurs opposants au "bakufu". Après deux complots infructueux en 1324 et 1331, la guerre de Genkō, qui commence en 1331, porte au pouvoir l'empereur Go-Daigo en 1333 et marque la fin du régime de Kamakura.
La redistribution de domaines qui suit la révolte de Jōkyū fait arriver dans l'ouest du pays des guerriers venant d'autres parties du Japon. Les nouveaux-venus découvrent alors de nouvelles façons de faire (culture, alimentation...), et introduisent de nouvelles méthodes pour valoriser les terres. Ils favorisent une politique de défrichements, et contribuent à augmenter le rendement des terres. Le recours à des outils de fer et l'utilisation d'engrais permettent d'intensifier la culture des terres, et, dans le Kinai, des doubles cultures annuelles riz/froment se développent. Les changements de propriétaires consécutifs à la révolte de Jōkyū permettent aussi à davantage de paysans d'avoir accès à la terre, sans pour autant en devenir propriétaires. 
Cette hausse des productions agricoles permet l'essor d'une économie d'échanges, et favorise le développement des métiers de l'artisanat et du commerce. Dans les grandes villes, aux abords des temples ou des lieux de passages comme les ponts, les marchés deviennent plus fréquents et se développent. Les guildes, qui ont commencé à exister depuis la période précédente, sont à présent assez structurées pour demander des exemptions de taxes ou des monopoles de vente, et bénéficient de la protection des administrations provinciales, des propriétaires de domaines ou de sanctuaires. À l'échelle du pays, les voies de commerces maritimes comme terrestres (Tōkaidō) prennent de l'importance, et des agglomérations apparaissent à leurs abords (Tsuruga, Onomichi...). Dans les villes plus importantes comme Kyoto, des quartiers spécialisés se constituent (quartiers dédiés aux poissonniers, aux artisans du cuivre, aux brasseurs de saké...). La condition féminine s'améliore alors que les femmes participent activement à cet essor économique, mais une population de "hinins" (« non humains ») constituée d'artisans dits exposés à la souillure (tanneurs, équarrisseurs...), victimes de discriminations et de tabous, apparaît aussi, surtout dans l'ouest du pays.
Les échanges internationaux, notamment avec la Chine, s'intensifient, ce qui a pour effet l'introduction de plus en plus de monnaies de cuivre venant de ce pays, et favorise localement l'essor d'une économie monétaire. Un port comme Fukuoka est à l'avant-garde de ces échanges, mais les marchands chinois perdent progressivement, au cours du , le monopole dans ce commerce, alors que les marchands japonais s'aventurent de plus en plus loin pour commercer avec la dynastie Song. Le Japon importe essentiellement des produits de luxe (céramiques, soieries, parfums, livres), et exporte des matières premières (soufre, or, argent...) et des produits manufacturés (sabres, laques...). Ce commerce avec la Chine profite aussi à Okinawa, qui voit l'émergence de chefs qui se font construire des châteaux. À l'opposé du pays, à Hokkaidō et dans le nord de Honshū, les populations Aïnous se structurent et continuent de cohabiter avec les Japonais, bien que des rébellions éclatent en 1320 et 1322.
Le shintoïsme connaît avec l'affermissement du "bakufu" une nouvelle dynamique. La divinité de la guerre Hachiman voit son culte se développer dans le sanctuaire de Tsurugaoka Hachiman-gū à Kamakura, et des jeux guerriers comme le "yabusame" intègrent des cérémonies religieuses. Dans le même temps, des divinités locales du Kanto voient leurs cultes se développer, alors qu'elles ne sont pas reconnues dans le panthéon de la cour de Kyoto.
Le bouddhisme est, lui, porté par le développement des échanges commerciaux et les déplacements de population qu'il induit. Venant du continent en suivant les voies commerciales, des moines chinois introduisent le Chán ainsi que des éléments de la culture chinoise, mouvement qui s'intensifie avec la chute de la dynastie Song face aux invasions mongoles. Des moines japonais comme Eisai ou Dōgen se rendent aussi sur le continent, et, à leur retour, développent de nouvelles écoles du bouddhisme zen, soutenues par le régime de Kamakura. Le moine Eisai, qui est à la tête de l'école zen du rinzai, ouvre ainsi des temples à Kamakura (Jufuku-ji en 1200) et à Kyoto (Kennin-ji en 1202). Ces nouveaux courants critiquent les écoles plus anciennes, qui, en réaction, obtiennent en 1207 l'expulsion du moine Hōnen de la capitale. Lui et ses disciples comme le moine Shinran se dispersent alors dans le pays, diffusant leurs idées dans de nouvelles régions. D'autres moines sont à l'origine d'autres écoles non-zen à la même époque, comme Ippen (école Ji shū) ou Nichiren (école de Nichiren). Face à ces nouveaux courants, les écoles plus anciennes procèdent à une forme de contre-réforme. L'école Kegon construit de nouveaux monastères, qui diffusent des enseignements jugés plus acceptables ; l'école Ritsu est la plus active dans ce mouvement et construit ou restaure de nombreux temples, ponts, ports.
La seconde période de la période est marquée par de nombreux conflits de pouvoir, et le recours à la violence se régularise. Le délitement de l'État central est le résultat d'une grande instabilité parmi les couches dirigeantes. Économiquement, les dynamiques mises en place lors de la période précédente se maintiennent et s'amplifient : le niveau de vie continue d'augmenter, porté par un accroissement du commerce international, et par la hausse des productions artisanales.
L'empereur Go-Daigo met en place la Restauration de Kemmu en 1333, à la suite du renversement du shogunat des Hōjō. Le régime qu'il instaure est autoritaire, et il entend réunir sous son contrôle les pouvoirs militaire et administratif. Il favorise les guerriers de l'ouest dans la nouvelle configuration du pouvoir, au détriment de ceux du Kantō, alors que ces derniers conservent une puissance armée importante, et il tente de diviser les principaux chefs de cette dernière région, Ashikaga Takauji et Nitta Yoshisada, en prenant appui sur leurs rivalités. Par ailleurs, il commet plusieurs erreurs au début de son règne, en décrétant plusieurs lois qui ont pour effet d'attirer les guerriers dans la capitale, Kyoto, venus y faire valoir leurs droits. Ceux-ci sont contraints de rester longtemps dans la capitale en raison de la lenteur de la nouvelle administration, et, désœuvrés, optent pour des comportements violents envers les habitants de la ville. L'empereur finit par abolir ces lois, mais ce revirement est à l'origine de nombreux mécontentements, et il acquiert une réputation d'incompétence. En 1335, à la faveur de la , Ashikaga Takauji se révolte ouvertement contre le nouvel empereur, après avoir réprimé cette rébellion. Il prend la tête d'une armée et rallie les mécontents du nouveau régime. Les forces impériales sont battues lors de la bataille de la Minato-gawa en , et l'empereur Go-Daigo doit fuir sur le mont Hiei alors que Kyoto est ravagée par des combats.
L'empereur Kōmyō, issu de la branche , accède au pouvoir à la faveur de l'abdication de Go-Daigo en 1336, appuyé par Ashikaga Takauji. Il installe sa cour à Kyoto. Cependant, Go-Daigo fuit avec les symboles impériaux à Yoshino, plus au sud, et y installe une cour impérial dissidente. Commence alors une période de cour nord et de cour sud, dite époque Nanboku-chō, pendant laquelle deux lignées d'empereurs vont se partager le pouvoir. 
À la faveur de l'incident de Kan'ō à partir de 1349, la cour du sud va parvenir de manière éphémère à exploiter un affrontement au sein du clan Ashikaga, et parvient même un temps à réoccuper Kyoto. Cependant, le shogunat va parvenir à reprendre le dessus, et à imposer en 1392 la réunification des deux cours impériales.
Ashikaga Takauji, un guerrier proche de l'empereur Go-Daigo, prend la tête d'une rébellion contre l'empereur fin 1335. Alors que Takauji réprime un soulèvement dans la région de Kantō, il fait le choix d'utiliser ses forces contre l'empereur, et utilise ses gains dans le Kantō pour se constituer un groupe de vassaux fidèles, en redistribuant les domaines confisqués. Dès le début 1336, il marche sur Kyoto, qu'il occupe un temps, forçant l'empereur à s'enfuir. Il continue sa marche vers l'ouest, et fédère le clan Akamatsu à Bizen, ainsi que les guerriers de Kyūshū, avant de revenir dans la région de Kyoto, et de défaire les troupes impériales lors de la bataille de Minatogawa. Cependant, sa victoire n'est pas totale, et, les années suivantes, des combats continuent d'éclater entre pouvoir Ashikaga et forces impériales.
L'administration du nouveau pouvoir Ashikaga se voit donner un cadre dès 1336 avec la publication du : le nouveau régime est très proche du régime de Kamakura. La capitale est fixée à Kyoto, et, en 1338, Ashikaga Takauji obtient le titre de "shogun". Il cherche à réinstaurer l'ordre qui prévalait lors du shogunat précédant, en prenant appuie sur l'ancienne noblesse, les religieux, et les guerriers de la couche sociale supérieure. Le clan Ashikaga va exercer le pouvoir au sein de ce nouveau shogunat pendant un siècle. Lors des dix premières années du régime, le nouveau shogun s'appuie sur deux personnalités : son frère cadet, Ashikaga Tadayoshi, qui dirige le pouvoir resté à Kamakura ainsi que l'appareil de justice, et Kō no Moronao, un vassal des Ashikaga, qui agit comme secrétaire du Shogun. Takauji parvient à maintenir un équilibre entre ces deux hommes jusqu'à l'incident de Kan'ō à partir de 1349 pendant lequel les soutiens des deux personnalités s'affrontent ouvertement. Au terme de ce conflit, Kō no Moronao et Ashikaga Tadayoshi trouvent la mort, et, si le shogun Ashikaga Takauji sort vainqueur, les petits guerriers des provinces du centre et de l'ouest du pays en sortent aussi renforcés, élargissant leurs domaines au détriment de la noblesse et des religieux, alors que Takauji comptait s'appuyer sur ceux-ci pour asseoir son pouvoir. 
Le shogunat Ashikaga parvient à rétablir un pouvoir étatique limité de 1370 à 1440, mais il est circonscrit aux régions du centre du Japon. Le pouvoir Ashikaga connaît une période d'apogée du début du règne de Ashikaga Yoshimitsu en 1368 jusqu'à l'assassinat du shogun Ashikaga Yoshinori en 1441. Ashikaga Yoshimitsu parvient à imposer la réunification des deux cours impériales en 1392, et se fait reconnaître par l'empereur Ming comme étant le « roi du Japon » en 1397. Il parvient à gouverner avec l'appui à la fois de la noblesse de cour (il épouse une fille du clan Hino, alors le plus puissant à Kyoto), et de l’aristocratie guerrière. C'est sous son règne que les revenus fonciers des guerriers égalent et dépassent pour la première fois les revenus fonciers des nobles. Il entreprend aussi plusieurs voyages dans le pays pour affirmer son autorité auprès des gouverneurs de provinces. Son fils Ashikaga Yoshimochi exerce le pouvoir à sa mort en 1408, mais revient aux pratiques classiques du shogunat et délaisse les rapports avec la noblesse. À sa mort en 1428, Ashikaga Yoshinori est désigné à la suite d'un tirage au sort pour lui succéder. Autocratique, il s'attire rapidement les critiques à la fois des nobles et des guerriers. Il est assassiné à Kyoto en 1441 lors de la rébellion de Kakitsu
Les shoguns suivants voient leurs autorités vaciller dans les différentes provinces dans la seconde moitié du . Les Ashikaga vont concentrer leurs activités sur le Kinai, alors que les grands vassaux exercent librement leur pouvoir dans leurs territoires. Les Ashikaga ne jouent plus qu'un rôle secondaire lors de la fin de la période médiévale, le pouvoir réel tombant dans les mains des seigneurs locaux.
Le pays connaît au début de la période des modifications rapides du pouvoir (chute du régime de Kamakura en 1333, chute de la restauration impériale en 1336, division de la cour en deux entités la même année, dissensions au sein du clan Ashikaga à partir de 1349), et la crédibilité de l'État en sort amoindrie. La fidélité des vassaux envers leurs seigneurs tend à s'affaiblir, et les paysans qui exploitent les domaines commencent à s'organiser pour tirer profit de ces situations. Les communautés paysannes n'hésitent plus à contester l'hégémonie des différents seigneurs. Des ligues d'intérêts rassemblant des personnes issues d'un même groupe social, ou "Ikki", apparaissent. Cela peut concerner dès le des seigneurs de petites propriétés rurales, ou "Ji-samouraï", mais aussi des paysans. À partir de la fin de la guerre d'Ōnin, cet éclatement du pouvoir entraîne une période d'anarchie importante, marquée par de fortes disparités régionales.
Entre 1520 et 1550, des "daimyō" parviennent à s'extraire de leurs soumissions théoriques envers le "shogun", et constituent de véritables petits États d'un seul tenant avec une administration propre, et réalisent même pour certains des cadastres et mettent en place leurs propres fiscalités. Ces nouveaux pouvoirs sont cependant parfois eux-mêmes victimes de dissensions internes, des guerriers pouvant lancer des révoltes contre leurs "daimyō". Si la forme de l'État seigneurial parvient à s'imposer dans les régions périphériques, par contre, dans le centre du pays, des organisations communautaires comme les "Ikki" parviennent à affirmer leurs influences et à concurrencer le pouvoir seigneurial local. Ces seigneurs font souvent construire des châteaux autour desquels s'installent des commerçants. Ce type de villes castrales deviennent les nouveaux nœuds de communications liés par des routes commerciales. Ces villes nouvelles remettent en cause les privilèges que des guildes ont réussi à obtenir ailleurs, et les marchés y sont le plus souvent ouverts. Le château d'Ichijōdani que le clan Asakura fait construire à partir de 1471 est à l'origine d'un des exemples les plus anciens de ce type d'urbanisation.
La production culturelle de l'époque est marquée par la croissance économique et par les changements sociaux. La séparation entre la culture élitiste et la culture populaire se brouille alors qu'un nombre croissant de personne a accès à celles-ci. La multiplication des villes permet par ailleurs un diffusion culturelle plus importante et des villes comme Yamaguchi dans l'ouest ou Odawara dans l'est deviennent des centres régionaux culturels importants. 
Dans le domaine littéraire, la période est marquée par la perte d'influence de la noblesse. La littérature de cour, en particulier celle écrite par des femmes, tend à s'effacer. La poésie est marquée à la fin du par le manque de dynamisme de la forme "waka", alors que le "renga" se popularise sur le reste de la période. Le premier recueil impérial de "renga", "Tsukubashū", est publié en 1357, et la forme est codifiée par Nijō Yoshimoto dans un ouvrage de 1372. Le théâtre nô émerge lors de cette époque, et un dramaturge comme Zeami joue un rôle clef dans son développement. Le dynamisme des échanges économiques avec la Chine a aussi pour effet d'apporter au Japon de nouveaux kanjis, mais aussi de nouvelles lectures de ceux-ci.
Sur le plan architectural, le style "shinden", qui était utilisé pour les palais des grandes familles lors des époques précédentes, est supplanté par le style "shoin" marqué par le bouddhisme Zen. Les jardins d'agrément qui entourent ces demeures connaissent aussi une évolution. Ils deviennent plus petits, et combinent pierres, sable, végétation, et eau agencés de manières symboliques, établissant ainsi un lien entre esthétique et religion. Des éléments comme des pavillons de thé fond aussi leur apparition à l'époque. Des réalisations comme le Ginkaku-ji (1482) ou le Daisen-in (1509) sont représentatifs de ce style nouveau. Cette architecture permet de dynamiser la sociabilisation des élites, favorisant ainsi l'essor de certaines expressions artistiques comme la poésie, la peinture, le théâtre, ou le cérémoniel lié au thé. Ce dernier accède au rang d'art, et une pratique particulière, le "wabi-cha" voir le jour au .
La peinture voit l'apparition du style "Sumi-e", alors que le style "yamato-e" apparu dès l'Antiquité japonaise se voit perpétué, puis modernisé par l'école Tosa dès le puis par l'école Kanō.
La population connaît une hausse portée par les progrès technologiques enregistrés dans le domaine agricole. De 1200 à 1600, la population nationale passe ainsi de sept à treize millions. L'intensification de l'utilisation des sols permet aux agriculteurs de vivre avec des exploitations d'un hectare ou moins. L'émergence de communautés de village, ou "Sō", voit l'apparition de mécanismes permettant de résoudre les conflits internes à la communauté sans passer par une autorité extérieure, mais aussi d'organiser les tâches au sein de celle-ci. Ces "Sō"sont communs dès les années 1400, et la religion sert parfois d'élément de cohésion sociale au sein de ces communautés, les réunions des conseils villageois pouvant se tenir dans des temples. Les troubles politiques de l'époque et les violences qui en résultent ont aussi pour effet la construction de protections autour de ces villages, comme des douves ou des fossés. Cette intensification de l'agriculture a des effets sur les écosystèmes de l'archipel. La captation des eaux pour la riziculture provoque des phénomènes d'érosion des sols, et d'inondation. L'exploitation intensive des biomasses pour obtenir des cendres (utilisées comme engrais) a des effets sur les forêts, et celles-ci sont de plus en plus exploitées en raison de la hausse de la population, pour fournir du bois de construction ou de chauffage. L'agriculture sur brûlis ravage de nombreuses collines, leurs sols détériorés ne laissant plus pousser que des pins rouges et des herbes tropicales, faisant ainsi disparaître des essences plus anciennes. 
La reprise du commerce avec le continent déjà initiée lors de la période précédente s'amplifie. Aux biens déjà échangés, le pays commence à importer du coton de Corée à partir du . Cependant, les périodes de troubles que connaît le Japon voient l'apparition de pirates, ou "wakō". Ils s'attaquent aux littoraux continentaux, surtout entre 1330 et 1380, puis entre 1470 et 1570. Les échanges avec la Chine des Ming se marquent par l'échange de 17 ambassades entre 1404 et 1549, lors desquelles des marchants ou des temples, en plus du "bakufu", font parvenir des vaisseaux remplis de marchandises.
Les corporations de marchands, ou "za", continuent de gagner en importance, et s'occupent de plusieurs activités de la chaîne commerciale (vente, stockage, transport) et bancaire (prêts, change d'argent...), toujours avec l'appui de puissants protecteurs. Cependant, les troubles socio-politiques qui jalonnent la période vont souvent avoir raison de ces protecteurs, et les corporations s'émancipent peu à peu. La hausse de la population entraîne aussi une urbanisation plus importante. La plus grande ville du Japon, Kyoto, atteint environ vers 1370-1440, avant de connaître une baisse à la suite des troubles qui frappent le pays. Des centres urbains apparaissent là où les circuits commerciaux convergent, notamment aux abords de la mer intérieure et dans le Kinai. En 1550, ces centres commerciaux rassemblent des centaines, voire des milliers d'habitants : les plus grands comme Hakata ou Sakai peuvent compter entre et .
Trois personnalités vont détruire le régime précédant et en instaurer un nouveau lors de la seconde moitié du .
Oda Nobunaga commence ce processus d'unification sur une période qui va de 1560 à 1582. Il se fait remarquer par ses talents militaire lors de sa victoire lors de la bataille d'Okehazama en 1560. L'utilisation systématique d'arquebuses, dans des corps d'infanterie dédiés, lui apporte un avantage stratégique, et il étend par des conquêtes et des alliances son fief. Il va jusqu'à faire expulser le shogun Ashikaga Yoshiaki de Kyoto en 1573, mettant ainsi fin à cette dynastie. Il met aussi au pas les autres puissances politiques de son temps : seigneurs Asakura et Azai concurrents, moines bouddhistes combattants de l'Enryaku-ji, ligues d'Ikkō-ikki à l'Hongan-ji. Il commence à structurer un pouvoir centralisé depuis le Château d'Azuchi qu'il fait construire non loin de Kyoto, et il instaure plusieurs mesures allant de la suppression des péages à la lutte contre la fausse monnaie. Sa mort subite en 1582 suspend ces réformes.
Toyotomi Hideyoshi, un général d'Oda Nobunaga, poursuit cette œuvre d'unificationjusqu'à sa mort en 1598, après avoir obtenu le titre de kanpaku en 1585. Il impose aux samouraï des terres qu'il conquit la règle de l', et ceux-ci doivent se défaire de leurs terres pour devenir de simples administrateurs. Privés de leur source de revenus, ils deviennent dépendants de leurs suzerains. Une opération de cadastrage, ou , est entreprise dans le cadre d'une réforme agraire qui met fin au système des shōen. La possession de sabres par les paysans est aussi interdite, afin d'éviter les révoltes et de séparer socialement les paysans des guerriers. Hideyoshi soumet les seigneurs de l'île de Kyūshū en 1585, mettant ainsi la main sur la ville de Nagasaki, siège d'une importante communauté chrétienne : les missionnaires sont expulsés, et une répression de plus en plus marquée contre les chrétiens s'engage. Après avoir soumis l'essentiel du pays et à la tête d'une armée aguerrie, il tente par deux fois d'envahir et de soumettre la Corée en 1592 et en 1596, mais doit finalement y renoncer en 1598. À sa mort la même année, le pays est unifié, mais se pose alors la question de sa succession. 
Tokugawa Ieyasu, un des généraux de Toyotomi Hideyoshi, prend la tête d'une faction. Il s'assure la maîtrise du pays après la bataille de Sekigahara en 1600, et obtient de l'empereur le titre de Shogun en 1603. Le titre est transmis à son fils dès 1605 pour assurer la mise en place d'une dynastie, mais il conserve la réalité du pouvoir jusqu'à sa mort en 1616. Par le contrôle des mines et des ports, il s'assure de la maîtrise du système monétaire. Il impose à ses vassaux la destruction de leurs fortifications. Son petit-fil Tokugawa Iemitsu impose en 1635 le système du sankin-kōtai qui oblige tous les grands seigneurs, ou "Daimyō", à vivre un an dans la ville d'Edo où siège le shogun, réduisant ainsi les velléités de révoltes, tout comme les ressources financières de ces seigneurs, contraints à mener un train de vie luxueux. Ceux-ci ont par ailleurs interdiction de se rendre à Kyoto et de rencontrer l'empereur.
Le premier contact japonais avec des Occidentaux intervient en 1542 lors de l'arrivée du portugais Fernão Mendes Pinto dans l'île de Tanegashima. Les armes à feu sont introduites par ce biais et copiées par des artisans japonais. Des marchands portugais s'installent dans les ports du sud de Kyūshū comme Hirado, Funai, et Nagasaki où les marchands de Kyoto se déplacent pour leur acheter soieries et arquebuses. Au contact de ces commerçants, plusieurs nouveautés techniques et artistiques sont introduites dans le pays : horloges, pain et vin, instruments de musique comme des orgues. Un art influencé par l'Occident, l'art Nanban, se développe. Un dictionnaire japonais-portugais, le "Nippo Jisho" est publié en 1603. Hideyoshi cherche aussi mais sans succès à relancer le commerce avec la Chine.
Les premiers missionnaires chrétiens, espagnols et italiens, arrivent dans l'archipel par cette route commerciale. François Xavier, un jésuite, débarque ainsi à Kagoshima en 1549. Grâce à la protection d'un seigneur local, il commence son travail d'évangélisation. En 1585, il estime à environ le nombre de convertis dans l'île, puis à environ dans l'ensemble du pays en 1605. Nagasaki est cédée aux jésuites qui l'administrent pendant un peu moins de . Dans un premier temps, cette nouvelle religion est perçue plutôt favorablement par Nobunaga, car elle concurrence le pouvoir des différentes sectes bouddhiques, dont il cherche à réduire l'influence. Son successeur Hideyoshi craint, lui, que son influence n'empêche l'unification du pays, et interdit en 1587 toute forme de prosélytisme chrétien. Pour justifier cette interdiction, il vise l'essor de l'esclavage que l'arrivée des marchands et des missionnaires chrétiens a permis. La vente d'esclaves japonais, ou de Nobi coréens, se développe alors dans les ports de Kyūshū, et son interdiction doit être réaffirmée dès 1588.
L'État tente de renforcer son contrôle sur les différents courants religieux. Une tentative d'instauration d'un culte à Tokugawa Ieyasu, divinisé, est faite par ses successeurs. Le Tōshō-gū de Nikko est ouvert en 1637, mais la lignée impériale étant toujours bien présente, le culte ne trouve pas d'écho dans la population. Les tensions grandissantes entre bouddhistes et chrétiens entraînent l'interdiction de cette dernière religion en 1613, et, en un quart de siècle, elle disparaît presque totalement du pays. Les dirigeants japonais peuvent alors craindre que les divisions religieuses n'entraînent à terme des divisions politiques dans le pays.
Dans le domaine commercial, les relations avec l'étranger sont plutôt encouragées par le nouveau régime. Le début du régime des Tokugawa correspond à l'arrivée de nouveaux commerçants européens, qui concurrencent les Portugais dans la région. Le premier navire hollandais, dirigé par un Anglais, arrive en 1600. Des licences sont octroyées à ces bateaux pour pouvoir commercer. Si la Chine de la dynastie Ming refuse d'accorder aux commerçants japonais des autorisations commerciales, des négociations avec les autorités coréennes sont initiées avec plus de succès. Les Tokugawa ont refusé de prendre part à la guerre d'Imjin, ce qui met les Coréens dans de bonne dispositions. Une délégation coréenne arrive dans le pays en 1607, mais elle est présentée par le pouvoir Tokugawa comme un signe de soumission, et les négociations tournent court. Le shogun ouvre certains ports aux marchands européens, chinois et coréens, mais, devant la concurrence grandissante, des mesures protectionnistes sont prises. Dès 1604, le commerce de la soie est réglementé. Vers 1612-1614, la dynamique s'inverse, et les Tokugawa cherchent à limiter au maximum les échanges avec les commerçants étrangers. Le nombre de ports ouverts au commerce est réduit progressivement, et en 1635 un édit interdit aux Japonais de se rendre à l'étranger. En 1639, l'accès au pays est interdit aux Portugais, laissant aux seuls Hollandais la possibilité de commercer avec le Japon. Pour les autres commerçants asiatiques, seuls quatre ports restent ouverts : Nagasaki (pour la Chine), Tsushima (pour la Corée), Satsuma (pour les Ryūkyū), et Matsumae (pour les Aïnous).
Au niveau territorial, l'influence japonais dans les Ryūkyū et à Hokkaidō est réaffirmée. Le royaume qui dirige l'archipel du sud est tributaire de la Chine jusqu'en 1609, date à laquelle des samouraïs venant de Satsuma envahissent les îles. L'année suivante, le roi Shō Nei est contraint de se rendre à Edo pour rendre hommage au shogun. L'administration du royaume est peu à peu réformée pour correspondre à cet état de domination. Dans un ouvrage de 1650 retraçant l'histoire des Ryūkyū, le , commandé par le roi Shō Shitsu, la parenté entre populations des Ryūkyū et de Satsuma est affirmée, tout comme la reconnaissance de la suzeraineté des Satsuma. Cependant, le royaume continue aussi de payer aussi des tributs à la Chine des Ming. Dans l'autre extrémité du pays, au Nord, le clan Matsumae obtient en 1634 le rang de Daimyo, et étend son contrôle dans la région. La péninsule d'Oshima, au Sud de Hokkaidō, est soumise en 1640, mais les Aïnous occupent toujours le reste de l'île.
La victoire des Tokugawa permet au Japon de connaître une longue période de paix intérieure, avec une pacification progressive de la société, ainsi qu'un développement économique intérieur important. Ces éléments permettent au nouveau régime de s'inscrire dans la durée. Le pays connaît une phase d'essor démographique et économique allant de la fin du au début du . Les progrès techniques permettent la mise en culture de nouvelles terres ainsi que la mise en canaux de plusieurs fleuves, entraînant une hausse des rendements agricoles.
Une structuration de la société en trois groupes est mise en place sous les Tokugawa, divisant celle-ci entre les guerriers, les roturiers vivant dans les villages et dont l'activité est tournée vers l'agriculture, et les roturiers vivant en ville. Inspirée du taoïsme, cette division sociale est liée à la naissance, et fixe les professions et lieux d'habitation accessibles à chacun. Une souplesse d'application du modèle théorique existe à l'époque. À ces divisions se rajoutent les nobles de la cour, les moines et les parias qui ne rentrent pas dans le schéma théorique. Les guerriers sont une classe dirigeante qui compte environ 2 millions de personnes en 1700, soit 6 à de la population nationale, et ils sont au cœur d'un réseau d'obligations vassaliques envers leurs seigneurs. Les roturiers de campagne représentent entre 70 et de la population, la plupart agriculteurs, les roturiers de ville représentant eux entre 10 et de la population. Dans ces deux dernières classes existe un rang de riches notables propriétaires de leurs terres ou de leurs habitations, et représentant une minorité de la population. Les "hinins" (artistes de foire, comédiens, prostituées) et les "etas" (« souillés ») représentent eux entre 1 et de la population, auxquels se rajoutent les mendiants et les aïnous. Ces différents statuts sociaux peuvent se manifester dans les costumes, les coiffures, ou la forme des toits des habitations.
La famille obéit au même mouvement hiérarchique et joue un rôle de fabrication et de diffusion de ce modèle confucéen dans la société. Une forme de paternalisme issue de ce noyau familial se retrouve ainsi dans les relations entre un vassal et son seigneur, ou entre un ouvrier agricole et le fermier qui l'emploie. Dans les familles guerrières est entretenu un système patriarcal rigide, dans lequel le fils aîné gère et hérite de la totalité des biens familiaux, imposant ses ordres aux frères et aux oncles, les épouses et filles étant reléguées dans un rôle inférieur. La multiplication des quartiers de plaisir entraîne la dégradation de la condition féminine pendant cette période. Ce système patriarcal demeure plus souple dans la paysannerie, l'importance du travail des femmes leur garantissant un meilleur statut, et l’essor des défrichements au entraînant des divisions successorales plus fréquentes. Ces dernières sont encore plus répandues en ville, notamment chez les marchands.
Sur le plan de la politique intérieure, le régime Tokugawa connaît son apogée entre 1651 et 1709 sous les shoguns Ietsuna et Tsunayoshi. L'État est basé sur une idéologie néo-confucianiste, ce courant de pensée connaissant un âge d'or à l'époque. À ce titre, Hayashi Razan, maître confucianiste chargé de la formation de trois shoguns successifs, joue un rôle clef dans la diffusion des idées de Confucius et de Zhu Xi, et est à l'origine d'une école de pensée orthodoxe qui domine à l'époque. D'autres courants hétérodoxes coexistent, menés par Kumazawa Banzan (critique de la montée en puissance des marchands), par Yamaga Sokō (prônant l'accès à tous des études), ou par Ogyū Sorai (prônant un retour à la pensée chinoise). Toutes ces écoles ont en commun la vision de la paix comme élément moteur de la prospérité, et une vision agraire de la société.
Hoshina Masayuki, l'homme fort sous Ietsuna, insuffle une série de réformes pour « civiliser » le régime, en introduisant des règles concernant les procédures de décision dans les institutions ou pour les nominations, limitant ainsi l'arbitraire qui prévalait sous les pouvoir précédents. Cette politique rencontre des soutiens dans les grands fiefs du pays, comme à Mito, à Kanazawa, ou à Okayama. Le junshi, suicide rituel, est interdit en 1663, ainsi que les échanges d'otages entre familles en 1665. Les guerriers doivent être avant tout de bons gestionnaires de fiefs, plutôt que de bons combattants. Cette évolution ne se fait pas sans critiques, comme le montre la parution du Hagakure en 1701. Tsunayoshi développe le caractère bureaucratique du régime, qui devient au service non plus d'un clan mais de l'État. Il renforce la discipline en limogeant les administrateurs incompétents et en pénalisant les familles seigneuriales désobéissantes ; ces mesures, parfois prises de façon brutales, peuvent être jugées despotiques par ses contemporains, ce qui touche le prestige du gouvernement. La fin de son règne est marquée par les difficultés. Une réforme monétaire ratée en 1695 entraîne un phénomène inflationniste, une série de tremblements de terre et l'éruption du Mont Fuji en 1701 sont vues comme de mauvais présages par la population ; l'affaire des 47 "rōnin" en 1703 contribue à saper le prestige du shogun, et à remettre en cause les évolutions du système.
Après la chute de la dynastie des Ming en 1644, le pouvoir japonais se montre peu pressé de mettre en place des relations avec le nouveau pouvoir Qing, et est épargné par les soubresauts qui agitent alors le continent. Les Tokugawa mettent en place un nouveau cérémoniel pour l'accueil des ambassades venant de Corée ou d'Okinawa, ou pour les visites des chefs de comptoirs hollandais de Nagasaki, et l'utilisent pour affirmer la puissance shogunale. Les persécutions de chrétiens restent d'ampleur limitée, bien qu'exagérées par la propagande catholique en Europe, et la plupart des convertis renoncent à leur foi.
Les activités agricoles restent la base économique sous les Tokugawa, et connaissent une hausse importante sur le siècle. La production nationale de riz passe ainsi de en 1600 à en 1700, alors que, dans le même temps, les surfaces cultivées sont multipliées par deux, avec l'aide de la hausse des investissements productifs, des défrichements (le recours à des bêtes de trait devient plus fréquent), et des progrès technologiques (les outils en fer se généralisent). Les seigneurs, touchant sous forme de taxe 40 à des récoltes, s'intéressent à la hausse des productions. Des lois sont ainsi passées pour interdire le morcellement des parcelles, ou pour limiter la culture d'autres espèces que le riz, comme le tabac ou le coton. Le travail dans les rizières entraîne une organisation collective du travail, qui tend à renforcer le poids de la communauté agricole sur l'individu. Autour des grandes villes se développent des cultures commerciales : du chanvre pour le textile, du colza pour l'huile d'éclairage, ou du mûrier pour le ver à soie. Cela entraîne l'apparition d'économies régionales spécialisées, comme celle du coton dans le Kansai, du thé à Uji, ou du tabac à Mito et Kagoshima. La spécialisation des activités est aussi notable dans les régions côtières pour la pêche, dans la production de sel, mais aussi, dans les zones montagneuses, dans l'exploitation des forêts pour faire face à la hausse démographique, qui résulte en une demande accrue en bois de chauffage et de construction. Dans les communautés rurales, les femmes jouent aussi un rôle dans le développement d'un artisanat tourné vers l'exportation.
L'élévation du niveau de vie et la consommation de produits de luxe par les classes dirigeantes favorisent l'essor d'industries, comme les teintureries ou la production de soie ; les premiers revendeurs de tissus en semi-gros apparaissent à Edo. La céramique, la laque, le papier, mais aussi les brasseries de saké bénéficient de cette dynamique consumériste. L'industrie minière adopte de nouvelles techniques, qui permettent de prolonger l'activité de certaines mines jusqu'au milieu du (or à Sado, argent à Iwami ou Ikuno) ou d'en développer d'autres (cuivre). La hausse de la production de fer à l'époque permet de faire baisser son prix, et donc celui d'outils et d'armes faits à partir de ce matériau.
La hausse et l'intensification des échanges commerciaux favorisent le secteur des transports, qui bénéficie aussi d'un cadre politique unifié et pacifié. Se met alors en place un réseau de routes, ponts et auberges reliant les grands centres urbains en développement. Ceux-ci sont étroitement contrôlés par le pouvoir via des péages et gués. Les produits pondéreux sont principalement convoyés par voies fluviales et maritimes, ce qui cause le développement de transporteurs spécialisés, et des liaisons maritimes régulières se mettent en place entre Edo et Osaka. Ce commerce sur de grandes distances rend nécessaire le développement de lettres de change et, avec elles, de familles de banquiers, comme celle des Mitsui, connue à Edo dès la fin du . Au début du , Edo compte de changeurs, Kyoto 600, et Osaka .
La croissance urbaine est un des phénomènes majeurs du . À côté des trois grandes villes que sont Edo (1 million d'habitants au début du ), Kyoto (), et Osaka (), de nouvelles villes émergent près des châteaux seigneuriaux, des ports, des villes étapes, minières, ou proches des grands temples, mais elles dépassent rarement les . Dans ces centres urbains, la culture bourgeoise connaît un sommet dans la dernière décennie du ,: elle est tournée vers le récréatif et fondée sur les beaux objets, la poésie et le théâtre. Les artisans de Kyoto sont à l'origine de différentes modes et sont actifs dans l'architecture, les aménagements intérieurs et l'art des jardins. C'est à cette époque que la se répand. L'enrichissement des marchands fait qu'Osaka commence à détrôner Kyoto comme capitale culturelle. Des auteurs comme Ihara Saikaku, Basho et Chikamatsu Monzaemon sont les principaux représentants des lettres japonaises du ; l'existence d'une importante population lettrée et l'essor des techniques de gravure et de lithographie permettent une plus grande diffusion de leurs œuvres. La fermeture du pays aux influences étrangères se fait sentir et entraîne le développement d'un art de vivre à la japonaise. Les maisons de familles aisées adoptent plus massivement le style "shoin-zukuri", datant du et destiné à l'origine à quelques grands personnages. Les quartiers de plaisirs se développent, comme celui de Yoshiwara à Edo, dont les contours sont limités par des palissades et les accès contrôlés ; 25 lieux de ce type existent dans le pays au .
Le centre politique, culturel, et intellectuel du pays bascule pour la première fois de l'est à l'ouest du pays. La société féodale connaît à cette période une série de crises.
La croissance de la population stagne à partir du milieu du , pour osciller entre 28 et . La technologie ne permet plus la mise en culture de nouvelles terres, et les efforts se tournent vers l'intensification du travail et vers la diversification des cultures. Cette évolution vers des cultures non-vivrières rend la population plus exposée économiquement en cas de surproduction ou de baisse des prix. La tension démographique transforme le moindre dérèglement climatique en crise de subsistance, et ruine les paysans les plus pauvres, les obligeant à avoir recours à des prêts ou à l'usure. Ces paysans ayant perdu leurs terres deviennent un prolétariat agricole ou émigrent en ville. La population des campagnes se polarise entre grands propriétaires et paysans sans terre, favorisant le développement de jacqueries (les principaux pics d'agitations sont atteints dans les 1780, 1830 et 1860). Les taxes dont les paysans doivent s'acquitter, théoriquement fixées à , s'établissent dans les faits entre 60 et des récoltes. Les mauvaises récoltes sont à l'origine de phénomènes d'inflation ; trois grandes famines touchent le pays en 1732, en 1783-1787, et en 1833-1839.
La situation dans les villes est comparable à celle des campagnes. L'expansion de l'économie marchande a enrichi une population d'artisans et de négociants, qui spéculent en achetant des terrains en ville. Ils les louent à des populations plus pauvres, anciens paysans émigrés en ville, exposés aux hausses de prix de l'alimentaire, aux incendies et aux épidémies. Cette hausse des dépenses de consommation touche aussi les samouraïs, dont le niveau de vie baisse, et pousse les couches les plus fragiles économiquement dans la misère ; certains samouraïs « revendent » leurs titres à des marchands, en adoptant la famille de ces derniers, leur faisant acquérir ainsi un rang social plus élevé. Une proto-industrialisation se met en place dans ce tissu urbain dans les premières décennies du . Des "ton'ya", ou industries domestiques, se développent et réunissent dans des fabriques des employés salariés. Ce système est initié dans les années 1820-1830 dans des brasseries de saké de la région d'Osaka, puis dans celle de Kyoto dans des soieries, ensuite dans celle de Nagoya, dans des ateliers de tissage du coton. Les femmes, puis les paysans expulsés de leurs terres. constituent le gros de ces employés pré-industriels.
Trois réformes sont tentées pour faire face à ces difficultés économiques. La première, en 1720, par le shogun Yoshimune, vise à relancer de grands travaux, comme le défrichement de nouvelles rizières, et à réduire le train de vie de l'État. Malgré une stabilisation des finances du shogun, portée par des hausses d'impôts, la situation des couches rurales populaires continue de se dégrader. La seconde réforme, portée par le ministre Tanuma Okitsugu, intervient en 1770. Il renforce le monopole de certains grands marchands et permet le développement de sociétés par actions, tout en continuant la politique de grands travaux de son prédécesseur. Malgré des progrès dans le domaine commercial, il rencontre l'opposition des conservateurs, mais aussi celle des classes les plus populaires, victimes d'une inflation non maîtrisée. En 1783, l'explosion du volcan Asama provoque des crises de subsistance, et, en 1787, une trentaine de provinces sont proches de l'insurrection. La troisième réforme est initiée en 1790 par le daimyo Matsudaira Sadanobu, en réaction à la réforme précédente : Sadanobu en revient à une vision agrarienne de la société et voit dans la croissance de l'économie marchande l'origine des troubles que connaît le pays. Il fait renvoyer dans les campagnes les paysans émigrés en ville, fait interdire les dépenses de luxe, ainsi que les productions artistiques jugées contraires aux bonnes mœurs. Bien qu'il ne reste au pouvoir que jusqu'en 1794, ses réformes vont profondément marquer la fin du régime des Tokugawa.
Les Russes accentuent leurs présences au nord du pays à partir de la seconde moitié du , engagés dans une vague de colonisation de la Sibérie, alors que le nombre de colons japonais augmente dans l'île de Hokkaido. Des expéditions japonaises se rendent dans les Kouriles et à Sakhaline, et la possibilité de commercer avec les Russes est étudiée, mais reste sans suite. Dans la même région, l'économie des Aïnous se dégrade et le pouvoir japonais, craignant que ceux-ci ne s'allient avec les Russes, surveille de plus en plus cette population. Les révoltes d'Aïnous, notamment celle de 1789, ont pour effet d'accentuer le mouvement de colonisation japonaise. Les Russes, n'ayant pas réussi à nouer des relations diplomatiques avec la Chine à la même époque, se tournent davantage vers le Japon, et essaient d'obtenir l'ouverture de voies commerciales. Dès 1791 une école enseignant le japonais ouvre en Russie. La pression coloniale japonaise dans le Nord ne fait que tendre davantage les relations entre les deux pays.
L'incident du Phaeton en 1808 à Nagasaki pendant lequel un navire hollandais est attaqué par des forces britanniques fait prendre conscience au shogunat de la puissance de feu des occidentaux ; il fait renforcer les fortifications côtières du pays. L'extension de la pêche à la baleine dans le Pacifique par les Américains a pour conséquence que de plus en plus de navires occidentaux cherchent à venir se ravitailler dans l'archipel. La peur que ceux-ci ne cherchent à introduire le christianisme dans le pays ne fait que renforcer la posture isolationniste du shogunat.
La rencontre de nouvelles puissances étrangères, ainsi que la réalisation de cartes géographiques représentant le pays au début du fait questionner les élites sur l'idée nationale. Les voyages individuels sont aussi de plus en plus nombreux à l'époque, motivés par des raisons religieuses ou intellectuelles, et sont à l'origine de l'édition de guides de voyage présentant la géographie et les coutumes des différentes régions du pays. Ils permettent d'ancrer peu à peu dans les consciences l'idée d'une unité nationale, les différents terroirs régionaux s'intégrant dans un ensemble plus large, à l'échelle de l'archipel.
Certains produits comme le thé, produits en plus grande quantité et donc meilleur marché, font leurs entrées dans les classes moyennes, et par la même occasion c'est la culture qui y est associée qui pénètre cette couche sociale. Le théâtre a une influence considérable à la même époque ; jusque dans les années 1765, le théâtre de poupées d'Osaka jouit d'une grande popularité, avant que le Kabuki ne prenne le relais. Leurs acteurs sont considérés comme des stars, et les grands du pays cherchent à s'attacher leur amitié. De grands "matsuri" religieux comme ceux de Gion, de Kanda, ou de Sannō deviennent des événements à part entières à l'époque, drainant dans les temples la population. Le tourisme populaire attire dans les sources d'eau chaude et dans les pèlerinages des foules de plus en plus nombreuses. Plusieurs centaines de milliers de personnes se rendent ainsi dans le sanctuaire d'Ise en 1770 et en 1830.
Une éducation minimum se généralise, et chaque fief met en place au cours du une école accueillant les fils de samouraïs, mais aussi de roturiers. La première d'entre elles ouvre en 1641 dans le domaine d'Okayama, et elles sont une cinquantaine au milieu du , puis 300 un siècle plus tard. À côté des enseignements confucianistes à visée morale sont aussi enseignés le calcul ou l'astronomie. Des savoirs occidentaux sont diffusés via le comptoir de Nagasaki. Dans les campagnes, ces enseignements se font dans des écoles de temples ou "terakoya", et un réseau d'enseignement primaire se met en place de cette façon. Le pays compte environ 350 de ces écoles en 1780, et 200 ouvrent entre 1789 et 1804, puis entre 1804 et 1844. Des cours privés ou "juku" prennent le relais pour l'enseignement secondaire. La maîtrise de la lecture devient une obligation sociale et professionnelle pour la population et la production écrite connaît un développement important à l'époque. Environ sont en circulation en 1720, d'abord imprimés principalement à Kyoto et Osaka avant qu'Edo ne devienne dominant à partir de la fin du . La production est variée, allant des romans picaresques aux livres érotiques. Les « livres à couverture jaune », de taille réduite et au prix abordable font leur apparition. Des libraires ambulants se développent, et certaines librairies comptent parfois plus de . Une littérature sentimentale « pour filles » fait son apparition, et dans le même temps des ouvrages sont saisis en raison de leur caractère jugé licencieux. Les progrès de l'imprimerie entraînent aussi une popularisation des "ukiyo-e" dès la fin du .
Dans les élites, des mouvements de pensée nouveaux commencent à s'ériger contre l'orthodoxie confucianiste portée par le régime. Le mouvement nativiste fondé par Motoori Norinaga repousse la culture d'origine chinoise et prône un retour à la pureté d'une culture strictement japonaise. Hirata Atsutane reprend ce modèle en cherchant y mettre le shinto en place centrale. Les études hollandaises, ou rangaku, profitent de l'introduction légale de livres occidentaux à Nagasaki dès la première moitié du , à condition que ceux-ci ne traitent pas de la foi chrétienne. Des livres consacrés à la dissection en 1774 et aux maladies internes en 1793 sont ainsi traduits du hollandais vers le japonais. En 1764, Hiraga Gennai parvient à fabriquer une tenue ignifugée en amiante pour pompiers.
Les puissances étrangères accentuent leurs présences dans la région lors de la première moitié du . Les Russes continuent leurs avancées dans le nord, et cherchent à faire de l'île de Tsushima une base portuaire pour leur marine. Les Britanniques renforcent leurs positions après leur victoire contre la Chine lors de la guerre de l'opium en 1842. Le pouvoir shogunal cherche un temps à s'en faire des alliés, ceux-ci s'étant battu contre la Russie lors de la guerre de Crimée de 1853 à 1856. L'arrivée de l'amiral américain Perry en 1853 dans la baie d'Edo signe définitivement la fin de la politique d'isolation avec l'Occident. La France, alliée aux Britanniques, marquent aussi les esprits japonais à la suite du sac du palais d'été en 1860, et commencent à jouir d'un certain prestige dans l'archipel. 
De 1864 à 1882, les puissances occidentales sont entraînées dans des enjeux européens, ce qui évite au pays de devenir un champ d'affrontement des puissances européennes : la Russie cherchant à étendre son influence en Asie centrale et dans les Balkans, ce qui provoque une réaction du Royaume-Uni. Paris doit faire face à l'échec de sa diplomatie au Mexique, puis à une montée des tensions avec Berlin. Les États-Unis sont eux pris dans la guerre de sécession.
Sur le plan économique, l'arrivée de marchands étrangers provoque des résultats contrastés. Le port de Yokohama créé en 1879 détrône rapidement celui de Nagasaki, et capte rapidement les deux tiers du commerce extérieur. Le pays exporte du thé, des produits de la pêche, ainsi que des soies. La très forte demande dans ce dernier produit crée une inflation des prix qui touche rapidement ceux du riz. Le prix de ce dernier augmente de par an entre 1858 et 1867. Les échanges commerciaux avec l'occident provoquent aussi une fuite des monnaies d'or en dehors de l'archipel, à l'origine là aussi d'un phénomène d'inflation. Cette très forte demande en soie pour l'exportation permet de soutenir la croissance dans ce domaine. À contrario, le coton importé par les occidentaux étant meilleur marché que celui produit localement provoque la ruine des producteurs japonais.
Sur le plan intérieur, le pays est confronté à des aléas climatiques qui provoquent plusieurs famines à partir de 1833, et jusqu'au début des années 1840. En 1836, on dénombre ainsi dans la province de Tottori, et dans la Tōhoku. Ceci provoque d'importants mouvements de population, les citadins allant à la campagne en espérant trouver de la nourriture, et les habitants des campagnes allant en ville en espérant bénéficier de distribution de nourriture. La flambée des prix alimentaires touche économiquement les couches moyennes. Sur la période 1831-1836, on recense par ailleurs plus d'un millier de soulèvements, émeutes ou disputes violentes dans la population, prenant pour cible les classes dirigeantes. Lors de cette dernière année, on dénombre près de s dans la Mikawa, et autour du mont Fuji. Mizuno Tadakuni est chargé par le shogun de mener des réformes, et cherche en autre à favoriser le retour à des cultures vivrières et à réduire les déficits budgétaires. Il se heurte aux intérêts des grands daimyos, et pour la première fois le régime plie face à ceux-ci en le renvoyant. Certains fiefs comme Satsuma et Chōshū parviennent cependant à mettre en place avec succès leurs propres réformes, et en profitent pour se doter d'une petite armée équipée d'armes à feu et d'artillerie.
La décision d'Ii Naosuke de signer en 1858 une série de traités inégaux avec les puissances occidentales provoque la dernière grande crise du régime. Cherchant à négocier rapidement pour éviter une guerre, il doit faire face à une opposition qui cherche à expulser les étrangers. Son assassinat en 1860 inaugure une longue tradition d'assassinats politiques qui va longuement marquer le Japon. La déliquescence du pouvoir shogunal provoque une agitation dans les différents fiefs. Cette opposition se radicalise lorsque l'empereur Kōmei, pour la première fois depuis plusieurs siècles, commence à s'opposer politiquement au pouvoir shogunal, et signe en 1863 l'ordre d'expulser les barbares. À partir de 1866 des fiefs du sud-ouest se rassemblent et concluent une alliance politique et militaire contre le shogunat. Face à ce pouvoir paralysé, la figure de l'empereur apparaît comme une force déterminée et capable de s'opposer aux occidentaux. Fin 1867, le dernier shogun Tokugawa Yoshinobu abdique. La restauration impériale est proclamée le . Les derniers fiefs soutenant le shogunat sont soumis militairement lors de la guerre de Boshin, les derniers se rendant lors de la bataille de Hakodate en .
La première déclaration de l'empereur en 1868 introduit un statut fondamental, prélude à une constitution, qui permet la liberté d'expression, et indique qu'une lutte contre la hausse des prix va être entreprise. Une coalition instable est alors au pouvoir, composée du parti anti-shogunal et centrée sur les leaders du domaine de Satsuma et les nobles de la cour. Le nouveau gouvernement rend aux Tokugawa leur fief, mais amputé des quatre cinquièmes de son revenu, et en le début de l'ère Meiji est proclamée. Un conseil honorifique est le premier organe de gouvernement de ce nouveau régime, et celui-ci prend encore en compte les équilibres entre domaines ayant participé au renversement de l'ancien régime, et la noblesse de cour. Plusieurs changements d'organisation ont lieu lors des mois suivants, ce qui permet à des personnalités comme Okubo et Iwakura d'émerger. Du au 26 décembre sont publiées 34 ordonnances importantes, allant de la suppression des monnaies locales jusqu'à l'interdiction de certains châtiments corporels. Une réforme territoriale remplaçant les anciens domaines et les remplaçant par des préfectures est effectuée au deuxième semestre 1869, avec comme conséquence principale une plus grande centralisation de l'État. Un impôt foncier est introduit en 1873 pour garantir une recette stable à celui-ci. De 1868 à 1875, de grandes réformes touchant l'éducation, l'armée ou le système juridique sont entreprises en prenant l'Occident comme modèle, et en ayant recours à des spécialistes étrangers. De 1876 à 1880, un travail portant sur la rédaction d'une constitution pour le pays est entrepris par un conseil des anciens, mais sans aboutir ; les personnes soutenant un modèle parlementariste anglais comme Ōkuma sont écartés du pouvoir après une crise politique en 1881, et le régime s'oriente vers une monarchie laissant le pouvoir suprême à l'empereur. Ce n'est que le qu'une constitution est effectivement adoptée et fixe la répartition des pouvoirs.
L'industrie est modernisée en ayant recours au modèle des manufactures d'État, et les premières infrastructures de télécommunications et de chemins de fers sont déployées avec l'aide d'entrepreneurs anglais. Le développement de Hokkaidō est aussi décidé. Les évolutions sociales rapides sont cependant à l'origine de révoltes parmi les samouraïs, comme en 1874 à Saga, ou lors de la rébellion de Satsuma en 1877. Les entreprises créées par l'État sont privatisées dix ans après leur création : ceci permet au régime de se dégager des liquidités et à de grands groupes de se constituer. Des conglomérats comme Mitsubishi ou Mitsui se renforcent par ce biais à l'époque.
Après une période de stabilité démographique à la fin de l'ère Edo, la population connaît un mouvement de hausse en passant de 30 à entre 1870 et 1915, poussée par une hausse des naissances, une baisse de la mortalité infantile, et une hausse de l'espérance de vie. Cette croissance est rendue possible par une hausse des importations de riz, mais aussi par la mise en valeur de terres arables à Hokkaidō (la surface des champs y passant de à de 1890 à 1920, et la surface des rizières de 2000 à sur la même période). La part de la population en ville connaît elle aussi une hausse : 28 % des Japonais vivent dans des villes de plus de , contre 16 % en 1893. Tokyo atteint les et Osaka en 1903, cette dernière triplant sa taille en un demi siècle. Cet essor de la population urbaine entraîne une baisse du poids de l'agriculture dans le PIB du pays, passant de 45 % en 1885 à 32 % en 1914.
La hausse de la production industrielle comme celle des mines est à l'origine de grandes pollutions qui ont des effets sur l'agriculture et le mouvement ouvrier. La mine de cuivre d'Ashio contamine la rivière Watarase dès les années 1880, et provoque un important mouvement social en 1907. Dès les années 1890, les conditions de travail difficiles dans l'industrie favorisent la diffusion du socialisme venu d'Europe. En 1911, on fixe à l'âge minimum pour travailler, et à la durée maximale du travail journalier pour les femmes et les enfants. La condition des femmes évolue : si le ministère de l'Éducation encourage en 1899 la création de plus de lycées réservés aux femmes, depuis 1890 celles-ci ont l'interdiction d'adhérer à un parti politique ou de participer à des meetings. Pour combattre cette situation, un journal comme "Sekai Fujin" est créé en 1907 par Fukuda Hideko, et en 1901 Tsuda Umeko fonde une école réservée aux femmes, le Collège Tsuda. Une jeunesse de plus en plus éduquée voit aussi se réduire les possibilités d'accession sociale par le biais de l'éducation, puisque seul le nombre de postes comme subalternes dans les entreprises augmente dans les années 1890. Cette population éduquée a dans le même temps accès plus largement aux écrits de journalistes et de critiques. Les idées du marxisme se diffusent ainsi dans les années 1890 ; en 1901 à Tokyo est fondé un parti socialiste, immédiatement dissous par le premier ministre (un nouveau parti de ce type est autorisé en 1906).
La production de la culture obéit à deux grandes dynamiques sur la période 1890-1914. Le façonnement d'un cadre national pour sa diffusion, mouvement déjà enclenché plus tôt dans le siècle, connaît sa réalisation sur cette période. Une opposition entre la culture japonaise et la culture occidentale est, elle, un prolongement de la situation politique internationale de l'époque, marquée par la chute de la dynastie chinoise des Qing, et la victoire du Japon sur la Russie en 1911. Le rôle de la culture européenne comme modèle est remis en cause par certains, alors que d'autres cherchent à faire une synthèse de ces deux cultures. L'éducation primaire progresse sur la période, passant de 50 % d'enfants scolarisés à ce niveau en 1890 à 95 % en 1906. Au même moment se met en place la base d'un système universitaire japonais, avec la mise en place d'un réseau d'universités impériales dans les plus grandes villes du pays, ainsi que d'établissements privés comme Waseda, Keiō, et Dōshisha. Le domaine de l'édition progresse lui aussi, passant de plus de en 1890 à en 1914. La même année, le Japon se place second au niveau mondial en nombre de livres publiés, derrière l'Allemagne, avec près de . La langue japonaise s'uniformise par ce biais, alors que de nombreux dialectes existent toujours à l'époque. Le dialecte de Tokyo, là où se trouve la plupart des moyens d'édition, se généralise et devient le japonais standard.
Les premières élections législatives de l'histoire du pays se tiennent en juillet 1890, et placent le Jiyūtō et le Rikken Kaishintō comme partis dominants, rassemblant à eux deux 170 des de la chambre des représentants. Cette chambre s'oppose régulièrement aux membres du gouvernement, nommés eux par l'empereur, dans le but d'obtenir plus de pouvoir pour leur chambre. L'obstruction passe notamment par le refus de vote du budget tel que présenté par le gouvernement plusieurs années de suite. Le déclenchement de la guerre sino-japonaise en Corée en 1894 met fin provisoirement à cette opposition entre chambre des représentants et gouvernement. La contestation de certains points du traité de Shimonoseki par les puissances occidentales en est utilisée par les dirigeants du Jiyūtō pour négocier pour la première fois l'entrée de plusieurs de ses membres au sein du gouvernement. Ce fonctionnement gouvernemental s'impose par la suite et, lors de la décennie suivante, de 1901 à 1913, Katsura Tarō et Saionji Kinmochi occupent de façon alternée le poste de premier ministre. La crise politique Taishō en 1913 met fin à ce fonctionnement et ouvre l'époque de la démocratie Taishō. Dans le même temps, la période allant de 1900 à 1920 voit le recul des factions politiques liées aux anciens clans du Sud-ouest, ainsi qu'à la bureaucratie et aux hauts fonctionnaires. Cet affaiblissement profite aux diplômés de plusieurs universités qui s'imposent dans certains secteurs : la haute fonction publique, la magistrature, et les banques accueillent ceux de l'université impériale de Tokyo, le monde de la presse et celui des affaires ceux de l'université Waseda, et la médecine ceux de l'université Keiō.
La poussée coloniale des puissances européennes reprend dans les années 1880 : les Britanniques colonisent la Birmanie en 1886, les Français l'Indochine de 1884 à 1893, les Américains Hawaï en 1898. La Corée devient un enjeu stratégique pour certains hommes politiques japonais à partir de 1890, et est à l'origine d'une guerre contre la Chine en 1894-1895 au sujet de son contrôle, puis contre la Russie en 1904-1905 de nouveau pour son contrôle et celui de la Mandchourie. Victorieux dans les deux cas, le Japon voit sa position renforcée dans l'échiquier international, et son territoire agrandi : Taiwan est transformé en colonie en 1905, le Liaodong et la moitié sud de Sakhaline sont acquis en 1905, et en 1910 la Corée devient colonie japonaise. La superficie du pays s’agrandit ainsi de 77 % entre 1894 et 1910. En 1902, pour la première fois un traité défensif est signé entre le Japon une puissance occidentale (les Britanniques), et en 1905 le Japon bat militairement une puissance occidentale (Russie lors de la bataille de Tsushima). La modernisation du Japon devient en Asie un exemple à suivre et le pays attire des étudiants chinois et coréens. La situation se retourne cependant dès 1905, avec l'essor de l'impérialisme japonais en Corée, et la situation entre les deux pays se tend jusqu'à la transformation de ce dernier en colonie.
La population continue de croître sur la période, passant de 51 millions d'habitants en 1914 à 70 millions en 1940, tout en continuant à s'urbaniser. Alors que des Japonais vivent dans une ville de plus de en 1913, ils sont en 1940 à vivre dans une ville de plus de . Tokyo passe de deux millions d'habitants en 1905 à en 1935, se hissant ainsi à la même taille que Londres ou New York. Cette poussée démographique est surtout notable à Hokkaidō qui, de région nouvellement colonisée, se hisse à un niveau comparable aux autres régions de peuplement plus ancien. De en 1913, sa population passe à en 1940, alors que son réseau urbain se structure autour de trois villes de plus de : Hakodate, Sapporo, et Muroran. La surpopulation devient pour les hommes politiques un problème à partir du milieu des années 1910. Alors qu'une féministe comme Shidzue Katō voit dans le contrôle des naissances une solution à cette question, des leaders politiques s'y opposent, y voyant une menace pour la vigueur de l'industrie et du colonialisme japonais. À la fin des années 1930, on dénombre ainsi plus de deux millions de Japonais dans les colonies du pays et un million vivant dans d'autres pays. 
La condition féminine évolue sur la même période, et celles-ci sont de plus en plus nombreuses dans des postes de cols blancs (le tiers des enseignants de primaires dans les années 1920 sont des enseignantes). En 1922, elles sont autorisées à s'organiser politiquement et à assister à des meetings politiques. Plusieurs tentatives législatives sont entreprises, la dernière en 1931, pour tenter sans succès d'élargir le suffrage aux femmes. Dans les années 1920, certaines parviennent à obtenir dans le monde du spectacle une visibilité importante associée à une image de modernité, ce qui aboutit à l'essor de la figure de la "modan gaaru". D'autres parties de la population cherchent à obtenir à la même époque une plus grande reconnaissance : "Burakumin", Aïnous, migrants Coréens... et tendent à se regrouper en associations pour défendre leurs intérêts... ces derniers recherchant du travail dans l'archipel passent de en 1910, à en 1930, à environ en 1940. L'enseignement supérieur continue sa progression, passant de en 1915 à en 1940, et avec celui-ci le développement d'associations politiques étudiantes radicales, de gauche comme de droite.
La société rurale voit sa place politique se réduire, alors que les gouvernants passent d'une politique visant à soutenir les cours du riz à une politique visant à faire baisser ceux-ci. Le but est de réduire l'agitation ouvrière en ville en faisant ainsi baisser le prix des produits de consommation courante, comme lors des émeutes du riz de 1918. La crise de 1929 touche elle le prix de la soie et du coton et contribue à aggraver la situation. Le nombre de conflits entre propriétaires terriens et ouvriers agricoles passe lui de 87 en 1917, à en 1926, à en 1935. La situation des ouvriers en ville connaît une légère amélioration, favorisant principalement les ouvriers qualifiés, à l'heure où les progrès de l'industrialisation en réclame un nombre important. Les conditions de vie restent difficiles pour les ouvriers non qualifiés, et le nombre de syndiqués passe de vers 1910 à en 1919, ce qui pousse les gouvernements successifs à prendre des mesures en faveur des ouvriers dans les années 1920. 
Culturellement, l'augmentation du nombre de journaux, de postes de radio, et de cinémas contribue à rapprocher davantage les mouvements culturels avant-gardistes de Tokyo avec les territoires plus reculés du pays. Le nombre de cafés, grands magasins, et de galeries d'arts soutient l'émergence d'une culture de plus en plus urbaine, industrielle, et s'adressant en premier lieu aux classes moyennes et aux jeunes adultes. Une complexification s'opère guidée par les critiques artistiques, opposant cultures anciennes et nouvelles, cultures occidentales et orientales, et cultures prolétaires et bourgeoises. Dans le domaine littéraire, l'opposition en littérature « de masse » et littérature « pure » entraîne la création de deux prix littéraires séparés. En 1935 le prix Naoki commence à récompenser la littérature de masse, là où la même année le prix Akutagawa commence à récompenser une littérature plus élitiste. Yasunari Kawabata commence à émerger comme figure de la littérature japonaise dans les années 1930. Le cinéma connaît une croissance importante, et en 1940 le pays compte une dizaine de grandes compagnies cinématographiques. Les productions empruntent beaucoup aux formes du théâtre japonais, ainsi qu'à ses classiques (l'histoire des 47 rōnin est ainsi portée 45 fois à l'écran entre 1907 et 1925, et plus encore les années suivantes).
Après la crise politique Taishō de 1913 commence une période d'une quinzaine d'années pendant laquelle se développe une certaine culture parlementaire, avec à la clef un essor de la démocratie. La montée en puissance des classes moyennes et du milieu ouvrier sont un terreau favorable à l'éclosion des idées critiquant l'autoritarisme de l'État. Une presse libérale s'épanouit, qui exprime une certaine sympathie envers les revendications chinoises et coréennes lorsque ceux-ci font face à la répression de l'armée japonaise. Le suffrage universel masculin est élargi en 1925 à tout homme de plus de . Cependant la même année est votée une loi pour faire face à la montée de l'extrême gauche, mais celle-ci parvient cependant à faire entrer huit élus au parlement en 1928 lors de la première élection au suffrage universel. La même année, une police politique est mise en place à l'échelle de chaque préfecture, et certaines activités politiques deviennent passibles de la peine de mort. Ceci n'empêche pas le mouvement ouvrier d'organiser plusieurs milliers de grèves dans l'industrie en 1931.
La crise économique de 1929 et la montée des tensions internationales dans les années 1930 mettent cependant ce système politique sous pression. L'entretien d'une armée importante pose problème alors que la situation économique s'aggrave. La montée du communisme aux frontières du pays fait peur à la classe moyenne, et les conservateurs sont perçus comme étant trop proches des conglomérats industriels pour apparaître comme une alternative crédible. L'armée a contrario continue à être vue comme permettant une ascension sociale, et son discours impérialiste est jugé par certains comme crédible pour faire face aux difficultés économiques. Dans ce contexte se développe un courant nationaliste radical, souvent issu des rangs de l'armée, s'opposant au milieu politique en place, qu'il juge trop faible. Ils mettent en place une stratégie de la tension, et plusieurs coups d'État sont préparés en 1931. Le , une tentative de putsch conduit à l'assassinat du premier ministre Inukai Tsuyoshi. Pour le remplacer, c'est dans les rangs de l'armée que l'on va chercher son remplaçant, mettant ainsi fin au régime des partis existant depuis 1918. Ce nouveau pouvoir nationaliste est traversé par deux tendances : la faction du contrôle se compose de militaires alliés à la bureaucratie permettant de tourner l'État vers une économie de guerre en augmentant les dépenses militaires, et la faction de la voie impériale plus radicale visant à mettre fin à la domination des partis politiques et des conglomérats industriels sur le pays. Cette dernière faction est à l'origine, le , d'une nouvelle tentative de putsch pendant laquelle plusieurs ministres sont assassinés. La répression de cette tentative de coup d'État engage plus encore le pays dans la voie de la guerre, notamment en poussant l'alliance avec l'Allemagne hitlérienne. La justice parvient quant à elle à conserver une certaine indépendance vis-à-vis du pouvoir militaire, y compris au plus fort de la Seconde Guerre mondiale, mais la presse subit une importante censure, et les opposants au régime comme les libéraux, les socialistes, les journalistes ou les professeurs d'université sont intimidés ou arrêtés.
Sur le plan de la politique internationale, la situation se calme dans les années 1920. Les traités de Versailles puis de Washington ont stabilisé la situation. L'agitation anti-japonaise en Corée demeure, mais sans possibilité de s'étendre. Le nouveau régime chinois cherche lui avant tout à combattre les seigneurs de guerre et le parti communiste. Les choses changent lorsqu'au début des années 1930 un pouvoir lié aux militaires est instauré au Japon. Celui-ci met en place l'État fantoche du Manchoukouo, puis quitte la SDN en 1933. L'invasion de la Manchourie en 1931 marque le point de départ d'une dont le théâtre d'opération va s'élargir à la Chine à partir de , puis au Pacifique et à tout l'extrême-Orient à partir de 1941.
Le Japon prend pied en Mandchourie en 1931, à la faveur d'un sabotage de ligne de chemin de fer provoquée par des militaires japonais. Le but est alors de former une « zone de sécurité intérieur » pour protéger ses possessions coréennes tout en ayant accès à des terres agraires, et à des ressources comme du fer et du charbon. Un Ètat-fantoche, le Mandchoukouo, est créé en 1932 et dirigé "de facto" par les Japonais. En janvier de la même année, les troupes japonaises s'installent à Shanghai à la suite d'un incident là aussi monté par l'armée. Le gouvernement nippon offre par ailleurs alors des facilités financières aux fermiers japonais voulant s'établir dans la région, et environs un million d'entre eux viennent s'y installer dans les années 1930. 
Une nouvelle phase d'expansion en Chine commence en lorsque la guerre sino-japonaise éclate. Attaquant au nord, et à partir de Shanghai, les troupes nippones se heurtent à celles de Tchang Kaï-chek. Nankin, la capitale du régime nationaliste chinois est prise le , ce qui donne lieu à des massacres de populations pendant lesquels environs périssent. Dans le même temps au Japon, le conflit n'est pas supporté par la population, et la censure dissimule la violence des combats à celle-ci. Le régime accentue sa répression contre les opposants (socialistes, syndicalistes...), notamment de à . Le conflit s'enlise dès le printemps 1938, alors qu'une résistance chinoise se constitue.
Face à l'enlisement du conflit en Chine dès 1938, les militaires japonais sont confrontés à deux options. Par idéologie anti-communiste, certains chefs militaires favorisent une « option nord », souhaitant attaquer l'URSS de façon à sécuriser leurs possessions au nord. D'autres, tenants d'une « option sud », souhaitent couper les voies d'approvisionnement des nationalistes chinois , et s'en prendre aux colonies européennes (Indochine française, Birmanie britannique). Les tenants de la première option ont le dessus, et une première série d'escarmouches oppose troupes japonaises et soviétiques à l'été 1938. L'année suivante, les troupes soviétiques surclassent assez largement les forces japonaises lors de la Bataille de Khalkhin Gol. La signature du Pacte germano-soviétique le coupe tout soutient potentiel de l'Allemagne nazi contre le régime soviétique, et dès l'automne de la même année, les Japonais renoncent à attaquer de nouveau l'URSS. Un pacte de non-agression entre les deux pays est finalement signé le . Le déclenchement de la Seconde guerre mondiale en Europe, et donc l'affaiblissement des puissances coloniales de la région qui en résulte, ouvre la voie à la réalisation de l'« option sud » en 1940. Le Tonkin est envahi en septembre 1940. Le Pacte tripartite est signé le même mois entre le Japon, l'Allemagne, et l'Italie. Ces développements sont perçus négativement par les États-Unis qui décrètent des restrictions aux exportations de fer et de pétrole vers le Japon. Les troupes japonaises prennent pied dans le sud de l'Indochine française en , ce qui place son aviation à portée des colonies anglaises (Singapour) et américaine (Manille). En représailles, les États-Unis décrètent un embargo total vis-à-vis du pétrole exporté vers le Japon. Or le pays a besoin de carburant pour mener sa guerre en Chine. Dans l'espoir de ramener les Américains à la table des négociations, une guerre maritime éclair contre eux est envisagée par les militaires japonais. 
La Guerre du Pacifique commence le alors que les troupes japonaises attaquent simultanément les Anglais à Singapour, et les Américains à Pearl Harbor. Les troupes nippones progressent rapidement lors des mois suivants, et remportent victoire sur victoire. Dès mi-1942, la progression est cependant stoppée, et l'armée japonaise subit ses premiers revers, comme à Midway, en juin. À partir de la fin de la Bataille de Guadalcanal en , les Japonais sont contraints à mener une guerre défensive contre les alliés. La prise de Saipan en place le Japon à porté des bombardiers américains. Un peu moins d'un demi-million de civils japonais seront victimes de ceux-ci lors du reste de la guerre. Okinawa est conquis par les Américains d'avril à , mais ceux-ci enregistrent de lourdes pertes. Alors qu'un plan d'invasion de pays est mis au point par les Américains, la décision est finalement prise d'utiliser l'arme nucléaire nouvellement développée pour pousser le pays à la reddition. Hiroshima est bombardée le 6 août, et Nagasaki le 9 août. Le pays sort exsangue du conflit, et à perdu quelque ; 42 % du tissu industriel urbain est détruit, et la moitié de la surface des grandes villes est détruite par des bombes incendiaires.
Le , l'empereur Hirohito annonce lors d'une allocution radiophonique la capitulation du pays. Le 17 du même mois, le prince Naruhiko Higashikuni est chargé de former un gouvernement transitoire charger de gérer le pays en attendant l'arrivée des troupes alliées. Le 2 septembre, il signe la reddition du pays, et le 8, le Douglas MacArthur qui a la charge de l'administration de l'occupation américaine installe son administration à Tokyo, face au palais impérial. Environ prennent pieds dans le pays jusqu'à la fin du mois d'octobre de la même année. Dès le 19 septembre, 40 hauts cadres de l'armée dont Hideki Tōjō sont arrêtés, et le 4 octobre, l'occupant indique qu'il garantit les libertés civiles des Japonais : près de sont libérés, le droit de vote est accordé aux femmes, l'âge du droit de vote est fixé à 20 ans ; la liberté syndicale est réinstaurée, et dès la fin de l'année rejoignent les rangs de ces groupes. Le système éducatif commence à être réformé dès l'automne 1945, et en 1948 le Rescrit impérial sur l'éducation est aboli. 
Un nouveau système politique se met en place. Alors que la question de son abdication et celle de son inculpation se posent, l'empereur Hirohito annonce au qu'il renonce à se présenter comme étant de caractère divin. Les premières élections organisées en avril 1946 entraînent un renouvellement profond des élus. Une nouvelle constitution est annoncée en , votée le 3 novembre, et entre en vigueur le : si l'empereur garde une place symbolique, le parlement s’octroie l'essentiel du pouvoir, et les droits de l'homme sont garantis. Son article 9 fixe que le pays renonce à la guerre. Dans le même temps, environs sont rendues inéligibles début 1946 par l'occupant en raison de leurs liens avec le régime précédant. Les procès de Tokyo jugent de à les anciens responsables du régime ; sur , 10 % sont condamnés, dont 984 à des peines capitales. À l'occasion de ces procès, l'opinion publique japonaise prend connaissance des crimes commis par son armée, comme à Nankin ou à Bataan.
Dans le domaine économique, le pays est miné par des problèmes de ravitaillement, les infrastructures étant en ruine, et la situation reste grave jusqu'en 1948. Le crime organisé prospère alors que se développe une économie souterraine. Jusqu'à un million de japonais périt du fait de cette sous-alimentation, et l'inflation est endémique jusqu'à la fin de la décennie. Les grands conglomérats que sont des "Zaibatsu" comme Mitsui ou Sumitomo sont dissous en , et fin 1946, une réforme agraire permet à 80 % des paysans d'accéder à la propriété.
Les débuts de la guerre froide en 1946 obligent les États-Unis à revoir leur relation avec le Japon : en extrême-Orient, la Corée du Nord communiste est créée en 1948, et l'année suivante les communistes achèvent leur conquête de la Chine continentale. La priorité est alors donnée au redressement économique de l'archipel. Après un intermède socialiste avec Katayama, les libéraux arrivent au pouvoir en 1948 avec Yoshida. En octobre de la même année, l'occupant instaure une nouvelle politique économique dirigée par Joseph Dodge : Une politique déflationniste est mise en place, et les libertés publiques sont réduites. En 1950 des purges politiques visant les communistes touchent plus de . L'occupant décide de réarmer en parti le pays la même année, alors que la guerre de Corée vient d'éclater, ce qui a pour effet de relancer des pans entiers de son économie : dès 1951 la production industrielle connaît un bond de 12 %. 
C'est dans ce climat international que le traité de paix commence à être négocié. Alors que l'opposition de gauche cherche à obtenir la neutralité du pays, et que la droite conservatrice de Hatoyama et de Kishi prévoient de reconstituer une armée sitôt l'indépendance recouvrée, le premier ministre Yoshida accepte les conditions américaines qui prévoient l'instauration de bases militaires permanentes dans le pays. Le traité de San Francisco est finalement signé le par 49 pays.
La population connait une croissance constante jusqu'au début des années 1970. Bien que le taux de fécondité passe de enfants par femmes en 1947 à en 1970, l'espérance de vie croît de en 1937 à en 1960 (puis en 1990. La population passe ainsi de à la fin des années 1930 à plus de dans les années 1960. Une urbanisation massive autour des villes de Tokyo, de Kyoto, et de Nagoya est enregistrée, et en 1970 72 % de la population est urbaine. L'éducation progresse elle aussi. Alors que seuls 50 % des élèves continuent leurs scolarités au-delà du collège en 1950, ce chiffre passe à 90 % en 1975. Le nombre d'étudiants à l'université passe de en 1950 à en 1970. Une classe moyenne importante émerge, qui se dote de biens d'équipement en nombre ; vers 1970, environ 90 % des ménages sont équipés de laves-linges, d'aspirateurs, de réfrigérateurs, et de télévisions en noir et blanc. Le nombre d'automobile croît sur la même période, la production de cette industrie passant de en 1956 à en 1970. 
Cette population a accès à une culture de masse diffusée la radio et le cinéma, qui connaissent une forte croissance entre 1945 et 1960, avant d'être supplémentés par la télévision ensuite. À côté de cette culture moderne, un mouvement de préservation des modes d'expressions traditionnels porté dès avant guerre par Sōetsu Yanagi se poursuit ; c'est dans cette optique que la Fondation du Japon voit le jour en 1972.
La littérature du pays de la période est marquée par les thèmes de la guerre et de la défaite, comme chez Jun Takami et Osamu Dazai, alors que dès les années 1950 des auteurs comme Kawabata et Mishima accèdent à une reconnaissance internationale. Le thème de la bombe atomique, et plus largement de la guerre froide, trouve un écho dans des œuvres de sciences-fiction, qui se prolonge au cinéma avec l’apparition de la figure de Godzilla. Dans le domaine des arts plastique, le mouvement du Gutai voit le jour et cherche à renouveler l'art contemporain du pays. Le cinéma voit se développer des films d'époque (Jidai-geki, comme Rashōmon (1950) et Les Sept Samouraïs (1954) de Kurosawa) et des films aux thèmes contemporains (Gendaigeki) ; le cinéma d'une Nouvelle Vague japonaise est aussi actif lors de ces deux décennies, avec un réalisateur comme Nagisa Ōshima.
L'économie reste en partie tournée vers les besoins de la reconstruction dans les années 1950, et la balance commerciale du pays reste déficitaire jusqu'en 1965, puis devient excédentaire par la suite, permettant au pays de stocker des réserves de monnaies étrangère. La période est marquée par une haute croissance économique de 1955 à 1973, le produit national brut étant multiplié par 5 lors de ces années. Ceci est rendu possible par des améliorations technologiques, et par des disponibilités en capital pour porter les investissements de modernisation.
L'industrie créée quelque entre 1947 et 1990. Ceci permet au pays d'accéder au rang de grande puissance économique. Le PNB du pays dépasse celui du Royaume-Uni en 1967, et celui de l'Allemagne de l'Ouest en 1969.
La part de l'agriculture dans l'économie continue de décroître : alors que 45 % des Japonais sont employés dans ce secteur en 1950, ils ne sont plus que 18 % en 1970. Ce phénomène s'accompagne d'un dépeuplement de certaines régions, notamment le long de la mer du Japon. La mécanisation de l'agriculture continue, permis par une politique de contrôle des prix par les gouvernements successifs (limitation des importations, stockage des excédants...).
Ces évolutions ne sont pas sans entraîner des problèmes de santé publique. Dès 1953 la maladie de Minamata causée par des rejets industriels fait parler d'elle, tout comme la maladie Itai-itai, identifiée en 1965. La baie de Tokyo est rendue impropre à la pêche en 1962, alors que la capitale est régulièrement le théâtre de phénomène de smog. En 1970, la pollution de l'air à Tokyo connaît un pic, l'année suivante une agence nationale de l'environnement est créée.
Le Japon sort de la période de l'occupation dirigé par le premier ministre Yoshida, qui détient le pouvoir pour le Parti libéral du Japon depuis les Élections législatives japonaises de 1949. Entouré de ministres proches comme Eisaku Satō et Hayato Ikeda, il parvient à conserver le pouvoir jusqu'en 1954 malgré les nombreuses attaques de Hatoyama, écarté du pouvoir par l'opposant américain en raison de ses activités lors de la guerre. 
Hatoyama parvient au pouvoir en 1954, porté par un discours nationaliste, et réclamant plus d'indépendance vis-à-vis des américains. Le succès que remporte le parti socialiste de gauche aux élection législatives de 1955 poussent les conservateurs divisés entre plusieurs partis à se regrouper au sein du Parti libéral-démocrate la même année. Hatoyama parvient ainsi à réunir au sein d'un même parti des tendances allant du centre gauche à la droite nationaliste, ce qui permet au parti de régner sans partage pendant plusieurs décennies. Les années 1950 sont par ailleurs marquées par de grands mouvement sociaux, et les étudiants regroupés dans le Zengakuren émergent comme une des grandes forces de la période. Lorsque le premier ministre Nobusuke Kishi tente de faire passer de force en 1960 la signature d'un traité de coopération militaire avec les États-Unis, près de se réunissent pour protester autour du bâtiment de la Diète.
Les années 1960 sont marquées par les mandats de Hayato Ikeda de 1960 à 1964 puis de Eisaku Satō de 1964 à 1972. Le premier engage le Parti libéral-démocrate dans une politique favorisant l'économie, visant « haute croissance et doublement des salaires », et remporte assez largement les élections législatives de 1960. Un calme social s'installe alors que la croissance du PIB reste à plus de 10 % par an sur la période, et son successeur et continuateur Satō parvient à conserver le pouvoir pendant plus de sept ans, le record de l'après-guerre.
Sur le plan international, si le pays est formellement sorti de l'occupation en 1952 à la suite du traité de San Francisco, il reste dépendant des États-Unis. Le signé en 1951 entre les deux États garantis à l'ancien occupant l'accès à près de 600 lieux (ports, casernes, bureaux...). Un nouveau traité est signé en 1960 mais n’entraîne que quelques pertes mineures pour l'ancien occupant. Okinawa ne repasse sous souveraineté japonaise qu'en 1972. Cependant, la normalisation des relations avec les pays voisins n'intervient qu'après la signature du traité de San Francisco. Il faut attendre 1956 pour que les relations avec l'URSS ne se normalisent, 1965 pour celles avec la Corée du Sud, et 1972 pour celles avec la Chine populaire.
L'économie japonaise doit faire face à deux chocs successifs au début des années 1970. Confronté à une forte inflation, les États-Unis en 1971 à la convertibilité du dollar avec l'or. Le yen prend en valeur, ce qui défavorise les exportations et la compétitivité des entreprises japonaises. Le premier choc pétrolier de 1973-1974 concourt à ralentir la croissance du pays, et oblige le pays à revoir son modèle économique. De nouveaux biens d'équipement (magnétoscopes, appareils photos, chaînes stéréo...) prennent une importance grandissante parmi les exportations du pays, et permette à la balance commerciale d'être de plus en plus bénéficiaire. Globalement, la croissance annuelle entre 1973 et la fin des années 1980 atteint 5 à , soit des taux bien supérieurs à ce que connaissent d'autres pays développés.
La production énergétique accompagne cette croissance industrielle, et la consommation d'énergie quintuple entre 1960 et 1990. Mais alors qu'en 1955 de la production vient de ressources nationales (charbon), cette part tombe à en 1990. Après avoir utilisé les hydrocarbures pour accompagner cette hausse, le pays opte pour l'énergie nucléaire. La première centrale rentre en activité en 1966 à Tōkai, et au début des années 1990 une quarantaine de réacteurs produisent le quart de la production énergétique du pays.
La hausse du yen combinée à la balance commerciale du pays a plusieurs effets visibles à l'étranger. Le pouvoir d'achat des Japonais leur permet de se rendre en nombre comme touristes à l'étranger, alors que les produits de leurs entreprises inondent certains marchés. Il en résulte une attractivité du pays chez la jeunesse occidentale. Le pays accède au rang de modèle. Cette prospérité incite ainsi le pays à augmenter ses participations financières dans de grands organismes internationaux (aide au développement de pays du tiers monde...). Le pays investi les excédents de sa balance commerciale en achetant en masse des bons du trésor américain.
Le système politique japonais est sous l'influence de Kakuei Tanaka entre 1972 à 1987. Il n'exerce concrètement le pouvoir comme premier ministre que lors de ces deux premières années, mais son influence financière et politique font de lui un « faiseur de roi » lors des années suivantes. Originaire de la région de Niigata, il y commence sa carrière politique et y met en place un système de financement occulte lui permettant de couvrir les dépenses de ses campagnes électorales, ainsi que celles de ses soutiens politiques. Il doit démissionner dès 1974 à la suite d'un scandale financier, mais son influence au sein du PLD reste forte malgré son implication dans l'Affaire Lockheed qui éclate en 1976. Le système de factions qu'il a renforcé dans le parti fragilise le pouvoir des premiers ministres qui ne peuvent plus compter sur de fortes majorités : cinq premier ministres se succèdent jusqu'en 1982, effectuant des mandats de deux ans au maximum. Le parti lui-même est profondément divisé, et faute d'accord il présente deux candidats au poste de premier ministre en 1979 : très impopulaire, les effectifs de ses militants est divisé par deux la même année. 
Ça n'est qu'avec l'arrivée de Yasuhiro Nakasone au pouvoir que le parti, et le pays, retrouve une certaine stabilité politique. Nommé en 1982, il parvient à conserver le pouvoir après les élections législatives de 1983 et de 1986. Il désigne Noboru Takeshita pour lui succéder à la tête du PLD, et ce dernier grâce à l'appui d'une faction importante du parti se faire désigner comme premier Ministre en 1987. Cette même faction va porter au pouvoir trois autres premiers ministres entre la démission de Takeshita en 1989, et 1992.
Au niveau international, la période est marquée par un rapprochement diplomatique avec la République populaire de Chine. Jusqu'en 1972, influencé par les Américains, le pays ne reconnaît que Taïwan comme interlocuteurs, mais les choses évoluent lorsque les États-Unis amorcent un début de désengagement dans la région à la suite de leur défaite lors de la guerre du Viêt Nam. Le Japon et la Chine signent finalement un traité de paix en 1978, dans lequel est présent une clause contre la présence « hégémonique » de l'URSS dans la région. Dans le même temps, les relations avec le régime du général sud-coréen Park Chung-hee restent conciliante, et le régime japonais accepte de couvrir l'enlèvement à Tokyo d'un opposant sud-coréen.
Les nouvelles religions ou "Shinshūkyō" qui se sont développées lors des décennies précédentes connaissent un apogée au début des années 1970 avant de connaître une phase de déclin, remplacée par d'autres mouvements plus récents, ou "shin-shinshūkyō", qui s'implantent dans une population plus jeune et plus urbaine. Les pratiques religieuses évoluent aussi, et en 1984 65 % des Japonais interrogés indiquent ne pas avoir de croyance, quand dans le même temps 81 % d'entre eux visitent les temples lors des premiers jours de l'année.
Dans le domaine de la littérature, le début des années 1970 voit arriver une nouvelle génération d'auteurs qui n'ont pas connu la seconde guerre mondiale. Ceux-ci ont des approches plus diverses que leurs prédécesseurs, et des auteurs comme Kenzaburō Ōe, Kenji Nakagami, ou encore Haruki Murakami marquent ou commencent à marquer cette époque. Les cinémas continuent de voir baisser leurs fréquentations (d'un milliard d'entrées par an en 1950 à 187 millions en 1973), ce qui remet en cause les investissements des principaux studios du pays. Un réalisateur comme Akira Kurosawa doit ainsi faire appel à des capitaux soviétiques ou américains pour pouvoir financer ses films. Dans le domaine des mangas, le style "gekiga" commence à s'imposer dès la fin des années 1960 et le groupe de dessinatrices du Groupe de l'an 24 renouvelle le style des "Shōjo".
Les mouvements de concentrations urbaines vers les grandes villes connaissent un ralentissement, et certaines régions comme Hokkaidō ou Kyūshū tirent profit d'un développement régional. Malgré des initiatives étatiques pour favoriser l'essor d'autres régions, les autres aires géographiques restent en marge. Dans les grandes villes comme Tokyo, des quartiers de gratte-ciels commencent à être construits, comme Nishi Shinjuku où les premiers immeubles de grandes hauteurs apparaissent dans les années 1970.
La mort de l'empereur Hirohito et l'accession au trône de son fils Akihito en ouvre l'Ère Heisei. Ses premières années sont marquées par plusieurs crises majeures. La bulle spéculative japonaise éclate en 1990 ce qui est à l'origine de la décennie perdue pendant laquelle la situation économique du pays se détériore. En 1995, la gestion de l'État lors de deux événements, l'attentat au gaz sarin dans le métro de Tokyo ainsi que le séisme de Kōbe est vivement critiquée.
Le PLD doit faire face à un reflux de son pouvoir à partir de 1989. Touché par plusieurs scandales, le parti perd le sénat lors des . Si le Parti socialiste japonais sort vainqueur de ce scrutin, il ne parvient pas à faire fructifier ce résultat, touché par des divisions internes. Plusieurs scissions touchent alors le PLD, qui arrive divisé lors des élections législatives de 1993. Morihiro Hosokawa qui dirige l'une de ces scissions, le Nouveau parti du Japon, parvient à réunir autour de lui une coalition pour devenir en le premier premier ministre non issu du PLD depuis . Cependant la coalition éclate dès , et après un intermède de 2 mois de Tsutomu Hata, le PLD revient au pouvoir au sein d'une coalition dirigée par les socialistes du premier ministre Tomiichi Murayama. L'émergence d'une forme de bipartisme est analysée par les observateurs à l'époque, renforcée par les bons résultats du Parti de la nouvelle frontière . Cependant des dissensions idéologiques internes à la coalition, ainsi que la gestion jugée mauvaise par l'opinion du séisme de Kōbe et l'attentat contre le métro de Tokyo en 1995 font chuter la popularité du gouvernement Murayama. Lors des élections législative de 1996, le PLD remporte 239 sièges contre 156 pour le Nouveau parti pionnier. Ce dernier implose en plusieurs partis lors des mois suivants.
Ryūtarō Hashimoto forme en 1996 un gouvernement dominé par le PLD, mais doit céder sa place à un autre cadre du parti en 1998, Keizō Obuchi, après une défaite électorale . Yoshirō Mori assure la succession à la mort de ce dernier en 2000. Le PLD porte au pouvoir Jun'ichirō Koizumi en 2001, et celui-ci va y rester plus longtemps que n'importe quel autre premier ministre depuis Satō soit cinq ans et cinq mois. Réformateur et bénéficiant d'une certaine popularité, il doit cependant faire face à un noyaux conservateur opposé aux réformes au sein de son propre parti. Ses successeurs Shinzō Abe, Yasuo Fukuda, puis Tarō Asō parviennent à maintenir le PLD au pouvoir jusqu'à l'élection de Yukio Hatoyama en 2009.
La seconde période de perte de son hégémonie commence en 2007 pour le PLD. voient le parti perdre sa majorité, au bénéfice du parti démocrate du Japon. voit l'arrivé au pouvoir de Yukio Hatoyama, premier des trois premiers ministres issu de ce parti à se succéder à la tête du pays. Mais ni lui, ni Naoto Kan qui lui succède en , ni Yoshihiko Noda qui exerce la fonction de à ne parviennent à stabiliser leurs pouvoirs. Le PLD retrouve le pouvoir avec le retour de Shinzō Abe au poste de premier ministre depuis 2012.
L'évolution de climat international au début des années 1990 relance le débat sur le caractère pacifiste de la constitution japonaise. Le déclenchement de la crise économique, la fin de la guerre froide en Asie, et le déclenchement de la guerre du Golfe oblige le Japon à repenser sa puissance militaire. Pour la première fois en 1991, il envoie des casques bleus à l'étranger, dans le cadre des accords de Paris sur le Cambodge.
Au niveau régional, deux pays développent des antagonismes marqués avec le Japon. La Corée du Nord, lâchée par son allié soviétique, se lance dans une course à l'armement nucléaire, et menace directement le pays. La Chine elle s'oppose au pays sur la question des îles Senkaku. Les tensions avec ces deux pays, mais aussi avec la Corée du Sud, prennent souvent pour cadre des questions mémorielles, notamment lors de la guerre des manuels en 2005, ou lors de visites d'officiels japonais au sanctuaire de Yasukuni. 
Cependant, face à la politique de l'administration américaine sous George W. Bush, le pays marque sa différence en optant à plusieurs reprises pour une politique de conciliation. Après les manifestations de la place Tian'anmen de 1989, le pays normalise ses échanges diplomatiques et économiques dès 1991. En 1998, le premier ministre Obuchi et le président sud-coréen Kim Dae-jung prônent une politique d'ouverture avec le voisin nord-coréen, initiative continuée par deux visites à Pyongyang par le premier ministre Koizumi.
La question de la réforme de l'armée japonaise est plus souvent posée. Malgré une opposition populaire, plusieurs cadres politiques plaident pour une réforme de la constitution japonaise pour permettre d'utiliser les Forces japonaises d'autodéfense dans des missions plus variées à l'étranger. En 2014, le premier ministre Abe lance un processus de réforme de celle-ci. Dans le même temps la composition des forces armée évolue. Le lancement de la construction de deux navires de classe Izumo en 2012 (utilisables comme de véritables porte-avions), associés à la flotte de destroyers de classe Kongō, et aux transporteurs d'assaut de classe Osumi (lancés dans les années 2000), permet au pays de se constituer plusieurs groupes de forces opérationnelles.
L'appréciation du yen face au dollar à partir de la seconde moitié des années 1980 provoquent le retour de capitaux au pays, souvent investi dans l'immobilier commercial. Cependant, la Banque du Japon intervient pour contrer la bulle spéculative qui se forme, et relève son taux d'escompte à partir de . Dès le cours de la bourse de Tokyo commence à s'effondrer, et la perte s'élève à 39 % pour l'année. Des entreprises sont contraintes à vendre leurs actifs immobiliers pour compenser leurs pertes, ce qui a pour effet de faire baisser la valeur de ceux-ci. Les banques sont elles aussi contraintes à revendre des actifs, et l'économie nationale rentre en récession. La faillite de deux groupes financiers en 1997, la Hokkaido Takushoku Ginko et , pousse le gouvernement à injecter pour assainir le système financier, mais sans succès jusqu'à ce que des réformes structurelles soient imposées six plus tard sous le gouvernement Koizumi.
La période est aussi marquée par plusieurs réformes. Plusieurs mesures de déréglementations sont entreprises, sous la pression des partenaires commerciaux du pays qui veulent que le pays ouvre d'avantage son marché intérieur. Les privatisations d'entreprises qui avaient commencé lors des années 1980 reprennent lors de l'arrivée au pouvoir de Koizumi.
Le taux de chômage double entre 1992 et 2002, passant de 2,2 % à 5,4 %. Chez certaines populations comme les hommes de moins de 25 ans ou de plus de 60 ans, ce taux tourne autour de 10 %. La part de l'emploi précaire (intérim, contrats à durée indéterminée...) augmente et concerne un actif sur quatre au début des années 2000.
Cependant, la valeur en dollar des exportations du Japon lors de la période continue de progresser, portée par des secteurs compétitifs comme l'automobile ou l'électronique, et la balance commerciale reste excédentaire (autour de par an). Du fait de l'abondance de ses devises (en 2007, le pays détient de devises étrangères), le pays reste le premier créditeur mondial en 2002
La population continue de croître pour atteindre un maximum de 127 millions d'individus en 2004. Cependant cette hausse est portée par un allongement de la durée de vie, le taux de fécondité étant passé sous le taux de renouvellement dès 1974, et la part des plus de 65 ans passe de 7 à 20 % entre 1970 et 2006. La baisse de la natalité glisse progressivement jusqu'à 1,32 enfant par femmes en 2006, et les projections pour 2100 indique que la population japonaise pourrait baisser jusqu'à si la tendance ne s'inversait pas.
Des phénomènes culturels jusqu'à là marginaux comme celui des "Otaku" commencent à gagner en reconnaissance au début des années 1990. Basés sur des expressions de la culture populaire japonaise comme les mangas, les "anime", et les jeux-vidéo, ils influencent des mouvements artistiques comme "Superflat", et porte le "Soft power" japonais à l'étranger : en 2005, le pays arrive au deuxième rang mondial en termes d'exportation de biens culturels, à .
Le 11 mars 2011, un grave séisme de magnitude 9,0, suivi d'un tsunami, frappe l'est du Tōhoku autour de Sendai, provoquant la mort de plusieurs milliers de personnes, de très graves dégâts dans toute la partie nord-est de Honshū et l'accident nucléaire de Fukushima.