Bombardements atomiques d'Hiroshima et Nagasaki

Les bombardements atomiques d'Hiroshima et Nagasaki, derniers des bombardements stratégiques américains au Japon, ont eu lieu les 6 et sur les villes de Hiroshima ( habitants) et de Nagasaki ( habitants). Hiroshima était le siège de la 5 Division de la deuxième armée générale et le centre de commandement du général Shunroku Hata, et Nagasaki fut choisie pour remplacer la cité historique de Kyoto.
Il s'agissait, puisque les dirigeants japonais avaient rejeté les conditions de l'ultimatum de la conférence de Potsdam, d'imposer au Japon un traité de reddition sans condition comportant l'éviction de l'empereur Hirohito et l'adoption d'un régime politique démocratique. Il s'agissait aussi, puisque ces deux armes nouvelles étaient désormais opérationnelles (l'une était à l'uranium, l'autre au plutonium), de les tester en vraie grandeur et de montrer aux autres pays, en particulier à l'URSS, la supériorité de feu décisive qu'elles donnaient à l'Amérique, ce qui fait de ce bombardement l'acte inaugural de la guerre froide. Ces bombardements, que certains ont placés au rang des crimes de guerre des Alliés, sont restés la seule utilisation de l'arme nucléaire durant un conflit.
C'est finalement le 14 août, à la suite de ces bombardements, mais aussi de l'invasion soviétique de la Mandchourie commencée le 8 août, et de la reddition de l'Armée japonaise du Guandong le 10 août, que le gouvernement japonais céda. Moins d'un mois plus tard, la signature des Actes de capitulation du Japon le met fin à la Seconde Guerre mondiale.
Le nombre de personnes tuées par l'explosion, la chaleur et l'incendie géant consécutif, est difficile à déterminer et seules des estimations sont disponibles. Le Département de l'Énergie des États-Unis (DOE) avance les chiffres de pour Hiroshima et de pour Nagasaki. Pour sa part, le musée du mémorial pour la paix d'Hiroshima avance le chiffre de , pour la seule ville d'Hiroshima. Selon l'historien Howard Zinn, le nombre de victimes atteint 250 000. À ceci, s'ajoutent les décès causés ultérieurement par divers types de cancers (334 cancers et 231 leucémies sur la population suivie, moins de 2000 au total) et de pathologies.
Les survivants des explosions, les "hibakusha", sont devenus le symbole d'une lutte contre la guerre et les armes atomiques à travers le monde. Mais au Japon, ils ne furent pas reconnus comme des victimes et ne bénéficièrent d'aucune assistance de l'État.
Le projet, sous le nom de code projet Manhattan, a été lancé en 1942, moins de sept mois après l'entrée en guerre des États-Unis.
Les armes nucléaires (bombes à l'uranium et au plutonium), développées en parallèle et en secret par les États-Unis, avec l'assistance du Royaume-Uni et du Canada dans le cadre de l'Accord de Québec signé en 1943, avec la participation de nombreux savants européens, étaient respectivement la deuxième et la troisième bombe à avoir été construites, et sont restées les seules déployées depuis cette date sur un théâtre d'opérations.
En décembre 1944, le de bombardement de l'USAAF fut formé sous le commandement du colonel Paul Tibbets pour larguer ces bombes une fois qu'elles seraient construites ; il fut déployé à Tinian en mai et juin 1945.
Trinity était le nom du tout premier essai d'une bombe atomique au plutonium, surnommée « Gadget » en partie parce que ce n'était pas une arme opérationnelle. Il eut lieu dans le désert du Nouveau-Mexique, le , sur la base aérienne d'Alamogordo et démontra l'efficacité d'une arme nucléaire.
Quatre jours plus tard, les B-29 modifiés du de bombardement commencèrent à mener des raids d'entraînement contre des villes japonaises avec des bombes conventionnelles de la forme et du poids des bombes atomiques ; d'autres missions eurent lieu les 24, 26 et 29 juillet. Les chasseurs japonais n'essayèrent pas d'intercepter les appareils et leur altitude de bombardement de les protégeait de la DCA.
Les participants (le directeur adjoint du projet Manhattan , le capitaine William Sterling Parsons, les mathématiciens et physiciens John von Neumann et ) à la réunion du « Comité des objectifs » ("Target Committee") à Los Alamos les 10 et choisissent les cibles sur le territoire japonais dans l'ordre suivant :
Les objectifs des bombardements atomiques de Kyoto, Hiroshima, Kokura et Nagasaki sont « le berceau de l'Empire du Japon » :
Selon Robert Jungk (traduction libre) :
Sur la courte liste des cibles pour la bombe atomique, en plus d'Hiroshima, Kokura et Niigata, il y avait aussi la ville des temples, Kyoto. Quand l'expert sur le Japon, le professeur Edwin O. Reischauer, entendit cette terrible nouvelle, il se rendit précipitamment dans le bureau de son chef, le major Alfred MacCormack, dans un département des services de renseignement de l'armée. Le choc le fit fondre en larmes. MacCormack, un avocat cultivé et respectueux de la vie humaine, arriva à persuader le secrétaire à la Guerre Henry L. Stimson d'accorder un sursis à Kyoto et de retirer la ville de la liste.
Reischauer réfuta cette version dans son livre "My Life Between Japan And America", 1986, :
J'aurais probablement fait ça si j'en avais eu l'occasion, mais ce récit ne contient pas une once de vérité. Comme cela a déjà été amplement prouvé par mon ami Otis Cary de Doshisha à Kyoto, la seule personne qui mérite les honneurs pour avoir sauvé Kyoto de la destruction est Henry L. Stimson, le secrétaire à la Guerre de l'époque, qui avait connu et admiré Kyoto lors de sa lune de miel plus de trois décennies auparavant.
Cette affirmation est partiellement confirmée par Richard Rhodes qui décrit le refus de Stimson au sujet du bombardement de Kyoto, allant contre la volonté du général Leslie Groves.
Kyoto, qui avait été mise au premier rang dans une version antérieure de la liste parce qu'elle était l'ancienne capitale impériale, fut remplacée par une autre ville, à la demande du secrétaire à la Guerre Henry L. Stimson, du fait de sa valeur culturelle ; elle avait également été épargnée par les bombardements incendiaires pour les mêmes motifs. Nagasaki fut donc retenue à sa place.
Le , Henry L. Stimson réunit le comité intérimaire. Les participants discutèrent de l'opportunité d'envoyer aux Japonais un avertissement avant l'attaque. Ils craignaient que les Japonais ne déplacent des prisonniers de guerre en direction des zones prévues pour le bombardement ou que les bombardiers ne soient abattus. Il se pouvait aussi que la bombe soit un fiasco avec une explosion incomplète. Edward Teller proposa de faire exploser la bombe de nuit, sans avertissements, au-dessus de la baie de Tokyo pour éviter les pertes humaines et choquer l'opinion. Cette idée fut rejetée : les Japonais avaient déjà prouvé leur combativité sans limite avec les kamikazes (avions suicides) et il n'était pas sûr qu'une action sans destruction massive soit suffisante pour les déstabiliser.
Oppenheimer suggéra d'attaquer avec plusieurs bombes le même jour pour définitivement arrêter la guerre. Le général Groves s'y opposa car les cibles avaient déjà fait l'objet de bombardements conventionnels et les effets des bombes ne seraient pas assez significatifs sur ces terrains déjà dévastés. De plus, les estimations de la puissance d'une explosion nucléaire alors disponibles ne correspondaient au mieux qu'à la moitié, au pire à un dixième de la puissance effective. Aucun essai n'ayant été réalisé, les effets n'étaient pas encore connus. Ce n'est qu'après l'essai Trinity que la nature de la mission put être décidée.
Le 24 juillet, le président Harry S. Truman approuva l'emploi d'armes nucléaires contre le Japon et le lendemain, Spaatz reçut les ordres écrits spécifiant que la première attaque devrait être menée après le 3 août contre Hiroshima, Kokura, Niigata ou Nagasaki.
Depuis plusieurs mois, le gouvernement japonais avait chargé l'URSS, seul pays qui n'avait pas déclaré la guerre au Japon, de faire officieusement des offres d'armistices aux États-Unis.
Le 26 juillet, les États-Unis, le Royaume-Uni et la Chine délivrèrent la déclaration de Potsdam demandant la capitulation sans conditions du Japon, la destitution de l'empereur, et avertissant que le pays serait dévasté si la guerre continuait. Le gouvernement japonais rejeta les demandes alliées le 28 juillet.
Les échanges entre Hirohito, le cabinet et l'état-major, montrent que l'Empire du Japon n'était pas sur le point de se rendre sans condition. Les archives japonaises et le journal du Garde des sceaux Kōichi Kido indiquent que l'empereur et le cabinet insistèrent pour obtenir une reddition conditionnelle, alors que le gouvernement menait des négociations parallèles avec l'Union soviétique. Parmi ces conditions se trouvaient le désarmement des troupes par les autorités japonaises, le jugement des criminels par les autorités japonaises, l'absence de forces d'occupation sur le sol japonais et la préservation du régime impérial et de l'Empereur.
En réponse à la déclaration de Potsdam du 26 juillet, le gouvernement japonais organisa le 28 une conférence de presse au cours de laquelle le premier ministre Kantarō Suzuki annonça l'intention du Japon « d'ignorer » (mokusatsu) l'ultimatum. Une ambiguïté subsiste cependant quant à l'attitude de Suzuki : favorable à la capitulation, il devait composer avec la faction belliciste de l'armée, et avait peut-être souhaité, par cette expression, exprimer un simple refus d'aborder la question en public, ou signifier que l'ultimatum n'apportait rien de nouveau. Le terme fut cependant compris par les États-Unis comme un refus catégorique de toute reddition.
Entre le 27 juillet et le 6 août, alors que Hirohito faisait l'objet d'intenses pressions de ses frères et de ses oncles qui lui demandaient d'abdiquer en faveur de son fils, le gouvernement se réfugia dans le mutisme. Dans l'attente d'une issue aux négociations menées avec les Soviétiques, l'empereur ordonna le 31 juillet au Garde des sceaux Kôichi Kido de prendre les mesures pour défendre « à tout prix » les insignes impériaux.
Le 2 août, Shigenori Tōgō, le ministre des Affaires étrangères, transmit à l'ambassadeur nippon à Moscou, Naotake Satō, un message lui indiquant que l'empereur, le premier ministre et le Quartier général impérial « plaçaient tous leurs espoirs » dans l'acceptation, par l'Union soviétique, d'une mission de paix menée par le prince Fumimaro Konoe. L'ambassadeur répliqua en recommandant au gouvernement d'accepter les termes de l'ultimatum de Potsdam.
Pressé par l'empereur, désireux de protéger ses prérogatives, Tōgō refusa toute négociation directe avec les autres alliés même lorsque Kaina, le président du bureau d'espionnage lui déclara le 4 août : .
Seules quelques personnes étaient au courant des ordres de bombardement atomique donnés par le président Truman (voir ).
Le , le président approuve le largage des bombes sur le Japon. Le 24 juillet, l'ordre est relayé par le secrétaire de la Guerre, Henri Stimson. Le 25 juillet, le général Thomas Handy envoie un ordre secret au général Carl A. Spaatz, autorisant le largage de la bombe "dès que le temps le permettra", sur une des quatre cibles suivantes : Hiroshima, Kokura, Niigata et Nagasaki. Ce sera le seul ordre écrit concernant l'utilisation de la bombe atomique. Spaatz est chargé d'en informer Mac Arthur et Nimitz. L'ordre n'évoque pas la nature de l’explosif, se contentant de mentionner une "bombe spéciale" 
Le 28 juillet, le Japon refuse l'accord de Potsdam et l'utilisation de la bombe paraît alors inéluctable aux militaires américains.
Hiroshima était après Kyoto, la principale ville d'art et d'histoire du Japon, avec une population civile d'environ habitants.
Capitale de la région de Chūgoku sur le delta du fleuve Ota, la ville est établie sur sept îles.
Des camps de l'armée étaient installés dans les environs. Parmi les plus importants, on trouvait ceux de la et le centre de commandement du général Shunroku Hata. Celui-ci gérait l'ensemble de la défense de la partie méridionale de l'archipel. Le quartier général de la deuxième armée générale (第2総軍 (日本軍), Dai-ni Sōgun) créé le 8 avril 1945 à partir de la dissolution du Commandement de la défense générale (防衛総司令部, Bōei Soshireibu) était situé dans un secteur montagneux de la ville à du centre, dans le château de Hiroshima.
Hiroshima était un centre d'approvisionnement important et une base logistique pour les forces armées. Les environs de la ville était un centre de communications, un lieu de stockage et de rassemblement pour les troupes. La population d'Hiroshima fut mobilisée, comme dans les autres cités japonaises, contre l'envahisseur américain : les femmes et les enfants apprenaient à se battre avec des bâtons et à supporter l'effort de guerre que ce soit dans les bureaux ou les usines.
À environ de la ville, sur l'île d'Ōkunoshima, était établie une usine de fabrication de gaz toxiques affiliée au réseau d'unités de recherche de Shiro Ishii. Avec l'expansion de l'empire, au cours de l'ère Showa, différents types d'armes chimiques y furent produites comme le gaz moutarde, l'ypérite, le lewisite et du cyanure. Ces produits étaient utilisés notamment contre les soldats et les civils chinois ainsi que dans les expérimentations menées sur des cobayes humains par les unités de Shiro Ishii. Toutefois cette installation n'était pas visée par les bombardements, puisque trop éloignée d'Hiroshima.
La cité fut choisie comme cible car elle n'avait encore subi aucun raid aérien. Selon le musée national de la ville d'Hiroshima, la ville fut volontairement épargnée par les Américains lors des bombardements conventionnels pour éviter tout dommage préalable et ainsi mieux évaluer l'impact de la bombe.
La ville était faite de maisons presque toutes construites en ossature bois légère et en papier. Le centre de la ville possédait plusieurs bâtiments publics en béton armé. En périphérie, les habitations en bois côtoyaient les petits commerces, formant une dense collection de structures légères. Quelques usines étaient implantées à l'écart dans la banlieue. Le risque d'incendie était élevé à Hiroshima : la concentration des bâtiments et les matériaux utilisés étaient propices à une destruction maximale grâce aux effets thermiques de la bombe atomique.
Les informations concernant le nombre de personnes présentes dans la ville lors du bombardement sont très variables, allant de à . Les estimations données par les troupes et les travailleurs sont probablement imprécises. Le indiquant s'était appuyé sur les statistiques de rationnement de riz de juin 1945.
Deux heures après la réussite de l'essai "Trinity" le 16 juillet 1945, les bombes "Fat Man" et "Little Boy" furent envoyées de San Francisco à Tinian à bord du croiseur "Indianapolis". Le , elles arrivèrent sur la base américaine. Le 28 juillet et le jour suivant, quatre avions "Green Hornet" s'envolèrent depuis l'Australie pour apporter les derniers composants nécessaires aux bombes : le cœur en plutonium pour "Fat Man" et les cylindres en uranium pour "Little Boy".
Le capitaine de l'US Navy William Parsons était chargé de la maintenance et de l'organisation de l'assemblage des bombes sur place. Il mit en place les différents ateliers nécessaires à cette opération, car on ne savait pas encore combien de bombes seraient employées pour venir à bout du Japon. Les Américains avaient prévu deux attaques supplémentaires si la première ne se révélait pas suffisante. La bombe d'une seconde attaque était ainsi déjà prête, et pendant ce temps aux États-Unis, la production de matière fissile continuait pour la fabrication d'une troisième bombe.
Le seul vecteur possible pour la bombe était le Boeing B-29 Superfortress, seul bombardier lourd capable d'atteindre le Japon à l'époque. Une vingtaine d'exemplaires furent pour emporter la nouvelle arme, durant l'été 1945 à l'usine Glenn L. Martin d'Omaha. Une unité spécialement créée pour le bombardement nucléaire fut mise sur pied, le "509th Composite Group".
"Little Boy" fut installée dans un B-29, mais ne fut pas armée. On craignait en effet que l'avion ne s'écrase et que la bombe ne se déclenche accidentellement, pulvérisant immédiatement l'île. Les accidents avec ces bombardiers étaient courants et les militaires ne voulaient pas prendre de risques. Il fut décidé que l'armement, une des phases les plus délicates de la mission, se ferait après le décollage. L'équipe s'entraîna sans relâche pour peaufiner la mission et plus particulièrement Parsons qui était chargé d'armer la bombe en vol avec toutes les responsabilités que cela impliquait.
Le commandant de bord Paul Tibbets décida ensuite de baptiser le B-29 du nom de sa mère, Enola Gay, pour placer l'avion et son équipage « sous une bonne étoile » comme . Peu avant le décollage, des journalistes s'étaient amassés autour du bombardier pour immortaliser l'événement.
Hiroshima était la cible prioritaire pour le bombardement. Le , le temps était clair au-dessus de la ville. Plusieurs B-29 (dont "Jabbit III" pour Kokura et "Full House" pour Nagasaki) avaient été envoyés sur les autres cibles pour y évaluer la situation météo, au cas où les conditions seraient défavorables au-dessus d'Hiroshima, mais les autres villes étaient toutes couvertes par des nuages. Pilotée par Paul Tibbets, Enola Gay était partie à de l'île de Tinian, avec "Little Boy" à son bord. Celle-ci fut armée pendant le vol par le capitaine de marine William Parsons.
Environ une heure avant le bombardement, les Japonais avaient détecté l'approche d'un avion américain sur le sud de l'archipel. L'alerte fut déclenchée avec des annonces à l'attention de la population et l'interruption des programmes de la radio dans plusieurs villes. L'avion survola Hiroshima et disparut. Cet avion était en fait le B-29 de reconnaissance, "Straight Flush", qui signala de bonnes conditions de visibilité pour le bombardement. Les radars japonais détectèrent ensuite un nouveau groupe d'avions à haute altitude mais leur faible nombre, seulement trois, fit que l'alerte fut levée après une dizaine de minutes. Les recommandations pour la population étaient de gagner les abris si un B-29 était visible, mais aucun raid n'était attendu mis à part de la reconnaissance.
Il s'agissait en fait des trois B-29 du raid sur Hiroshima qui évoluaient à plus de d'altitude : 
Le second lieutenant, Morris R. Jeppson, fut le dernier à toucher la bombe lorsqu'il plaça les fusibles d'armement. Peu avant , "Enola Gay" arriva au-dessus de la ville. L'ordre de bombarder fut donné par Tibbets et le major Thomas Ferebee l'exécuta en visant le pont Aioi, reconnaissable par sa forme en « T », qui constituait un point de repère idéal au centre de la ville. Peu après , la bombe « "Little Boy" » sortit de la soute à une altitude de ( pieds).
Le 6 août 1945, à , après environ 43 secondes de chute libre, activée par les capteurs d'altitude et ses radars, elle explosa à 580 mètres à la verticale de l'hôpital Shima, en plein cœur de l'agglomération, à environ au sud-est du pont initialement visé, libérant une énergie équivalente à environ de TNT. L'explosion tua instantanément des dizaines de milliers de personnes et détruisit tout sur environ .
Une énorme bulle de gaz incandescent de plus de de diamètre se forma en quelques fractions de seconde, émettant un puissant rayonnement thermique. En dessous, près de l'hypocentre, la température des surfaces exposées à ce rayonnement s'est élevée un bref instant, très superficiellement, à peut-être . Des incendies se déclenchèrent, même à plusieurs kilomètres. Les personnes exposées à cet éclair furent brûlées. Celles protégées à l'intérieur ou par l’ombre des bâtiments furent ensevelies ou blessées par les projections de débris quand quelques secondes plus tard l'onde de choc arriva sur elles. Des vents de 300 à dévastèrent les rues et les habitations. Le long calvaire des survivants ne faisait que commencer alors que le champignon atomique, aspirant la poussière et les débris, entamait son ascension de plusieurs kilomètres.
Un énorme foyer généralisé se déclencha rapidement avec des . Si certaines zones furent épargnées lors de l'explosion, elles devaient par la suite affronter un déluge de feu causé par les mouvements intenses des masses d'air. Cette « tempête de feu » fut similaire à celles provoquées par les bombardements incendiaires sur les villes allemandes.
"Enola Gay" avait entre-temps effectué un virage serré à 155° vers le nord-ouest et rebroussait chemin. Les membres de l'équipage, protégés par des lunettes, purent assister à l'explosion. Bob Lewis, le copilote d"'Enola Gay", s'écrie : 
Les six appareils américains impliqués dans l'attaque retournèrent sans dommages dans les Mariannes à Tinian où le major-général Carl Spaatz, à la tête de la Air Force, décora Tibbets de la "" et le reste de l'équipage de la "Distinguished Flying Cross". Un débriefing rapide fut mené par l'officier de renseignement et l'équipage fut convié à boire un verre au club des officiers. Les deux autres B-29 chargés de collecter des données et des prises de vues restèrent suffisamment longtemps autour du site de l'explosion pour photographier le champignon atomique et les dégâts, filmer les alentours et recueillir des informations sur la mission.
L'opérateur chargé des liaisons radio à Tokyo, un employé de la Nippon Hōsō Kyōkai, remarqua que la station d'Hiroshima ne répondait plus. Il tenta de rétablir la communication via , celle-ci s'était également tue. Environ vingt minutes plus tard, le centre ferroviaire qui gérait les télégraphes à Tokyo se rendit compte que la ligne principale avait cessé de fonctionner jusqu'au nord d'Hiroshima. Tous ces problèmes furent l'objet d'un rapport auprès du .
Le commandement principal tenta à plusieurs reprises d'appeler le centre de commandement de l'armée à Hiroshima. Le silence qui s'ensuivit laissa dubitatifs les responsables de Tokyo. Ils savaient qu'aucun raid ennemi avec un grand nombre d'avions n'avait eu lieu, les radars n'avaient signalé que quelques avions ici et là. De plus, aucun stock important d'explosifs ne se trouvait à Hiroshima à ce moment-là. Un jeune officier du quartier général japonais fut alors envoyé d'urgence à Hiroshima par avion pour constater les dégâts et retourner à Tokyo avec des informations sur des destructions potentielles. On pensait qu'il s'agissait juste de quelques lignes coupées par un bombardement isolé.
L'officier se rendit à l'aéroport et son avion partit en direction du sud-ouest. Après trois heures de vol, son pilote et lui distinguèrent un immense nuage de fumée au-dessus d'Hiroshima. L'appareil se trouvait pourtant encore à . Arrivés sur place, les deux hommes ne cessèrent de tourner autour de la ville dévastée, ne pouvant croire ce qu'ils voyaient : des incendies à des kilomètres à la ronde et un épais nuage dominant la ville transformée en champ de ruines. L'avion atterrit au sud de la ville et l'officier .
La capitale ne sera informée de la cause exacte du désastre que seize heures plus tard, lorsque la Maison-Blanche annonça publiquement le bombardement à Washington.
Pendant ce temps à Hiroshima, les secours tardaient à venir et nombreux furent ceux qui périrent durant les premières heures. Une intense soif gagna les habitants, les victimes cherchaient désespérément de l'eau, mais les soldats avaient reçu l'ordre de ne pas donner à boire aux grands brûlés.
Le bombardement atomique survient à un moment de la guerre où les États-Unis sont « en train d'effectuer une des plus intenses campagnes de destruction de centres urbains de l'histoire mondiale. 68 villes japonaises sont bombardées, et toutes sont partiellement ou intégralement détruites.» L'offensive aérienne américaine fera au total plus d'un million de morts et de blessés, très majoritairement par ces moyens classiques. Le 13 août, le général Anami Korechika, ministre de la Guerre, déclare que les bombes atomiques ne sont pas "pires" que les bombes incendiaires qui ravagent le pays depuis des semaines.
Le bombardement d'Hiroshima ne modifia en rien l'attitude de Hirohito et du gouvernement qui ne prirent aucune mesure pour amorcer le processus de reddition, espérant toujours une issue favorable aux négociations avec l'Union soviétique. Le 7 août, Shigenori Tōgō s'enquit encore auprès de l'ambassadeur Satō des intentions du gouvernement soviétique.
Profitant du bombardement d'Hiroshima, Staline met un terme aux négociations avec le Japon et déclenche, dès le 9 août, dix minutes après minuit, l'offensive de Mandchourie, soit trois mois après la capitulation allemande, comme convenu lors de la conférence de Yalta.
Après l'attaque, une allocution du président Truman annonça que les États-Unis avaient utilisé une bombe atomique contre Hiroshima et que d'autres attaques aériennes seraient menées contre les industries et les réseaux de transport japonais. La déclaration menaçait également le Japon d'un s'il n'acceptait pas une capitulation sans conditions:
Cette fois, le gouvernement japonais ne formula aucune réponse officielle, se concentrant sur une façon d'obtenir de l'Union soviétique la garantie que la "Kokutai" et les prérogatives de l'empereur seraient protégées.
Deux jours plus tard, des bombardements incendiaires nocturnes furent conduits par l'US Air force contre les villes de Yawata et de Fukuyama ; ces attaques détruisirent 21 % de la zone urbaine de Yawata et plus de 73 % de celle de Fukuyama. Les appareils japonais interceptèrent la formation envoyée contre Yawata et abattirent un B-29 et cinq P-47 tout en perdant environ 12 chasseurs.
Parallèlement aux échanges entre gouvernements, le 8 août 1945, des messages imprimés sur de petites feuilles de papier sont largués sur le Japon :
La ville de Nagasaki était l'un des plus grands ports du sud du Japon et était un pilier du complexe militaro-industriel japonais. Diverses industries y étaient implantées : fabriques d'équipements militaires et de munitions, chantiers navals, usines aéronautiques, etc.
L'important effort de guerre du Japon nécessitait des moyens modernes qui contrastaient avec le reste de Nagasaki : les résidences étaient traditionnelles, avec des structures en bois. Les murs étaient en bois avec parfois du plâtre et les toits étaient couverts de tuiles. Les usines plus modestes et les bâtiments commerciaux étaient également construits en bois. Les structures ne pouvaient ainsi résister à de fortes explosions.
Nagasaki s'agrandit pendant plusieurs années sans vraiment suivre un plan précis. Les habitations furent placées près des usines dans la vallée et la densité des constructions était élevée. Avant l'attaque atomique, Nagasaki n'avait jamais fait l'objet de bombardements à grande échelle. Le , quelques bombes de forte puissance furent toutefois larguées sur la ville. Quelques-unes de ces bombes frappèrent le port et les constructions navales dans la partie sud-ouest de la ville. D'autres bombes visèrent les usines Mitsubishi et trois bombes sur six touchèrent l'hôpital de Nagasaki. Malgré des dégâts limités, l'impact sur la population fut important : une partie des enfants fut évacuée vers des zones rurales, avec d'autres personnes.
Le second bombardement atomique eut lieu le 9 août 1945. Parti de Tinian, le bombardier B-29 "Bockscar" devait initialement larguer la bombe « "Fat Man" » sur la ville de Kokura mais son pilote, Charles Sweeney, décida de se reporter sur la cible secondaire de Nagasaki du fait de la couverture nuageuse sur la ville. Deux autres B-29 décollèrent peu après : "The Great Artiste" piloté par Frederick Bock et "The Big Stink" piloté par le lieutenant-colonel Hopkins.
Après dix minutes de vol, le commandant Ashworth activa la bombe en chargeant les fusibles et ordonna de ne pas descendre en dessous de pour éviter une détonation accidentelle. Les trois avions devaient se donner rendez-vous au-dessus de l'île de Yakushima mais "Bockscar" ne rencontra que "The Great Artiste". Pendant plus de 40 minutes, les deux bombardiers tournèrent autour de l'île pour l'attendre. Pendant ce temps, les informations météorologiques données par les avions de reconnaissance arrivèrent : des nuages couvraient partiellement Nagasaki et Kokura, mais le bombardement était normalement possible.
L'autre avion n'apparaissant pas, les deux B-29 se dirigèrent vers Kokura. Arrivé au-dessus de la ville vers , l'équipage de Bockscar affronta un nouveau problème : la couverture nuageuse à 70 % empêchait le bombardement. Après trois survols de Kokura, les deux avions se dirigèrent vers Nagasaki, la seconde cible, pour procéder à un bombardement visuel des principales usines de la ville. Les dizaines de minutes passées à attendre "The Big Stink" ont ainsi permis à Kokura d'éviter le bombardement à la suite d'une dégradation soudaine des conditions météorologiques, et ont scellé le destin de Nagasaki.
"Bockscar" dut cependant faire face à un nouvel imprévu avec l'impossibilité de disposer du carburant de réserve.
À , une alerte aérienne fut donnée à Nagasaki mais fut rapidement levée aux alentours de . Quand les avions apparurent au-dessus de la ville vers , les Japonais pensèrent qu'il s'agissait d'avions de reconnaissance, alors courants, et aucune alarme ne fut donnée.
Quelques minutes avant l'explosion de la bombe, "The Great Artiste" largua des instruments scientifiques attachés à trois parachutes. Des messages à destination du professeur japonais Ryukochi Sagane, un physicien nucléaire qui avait travaillé avec trois des membres du projet Manhattan, accompagnaient l'équipement parachuté. Les messages lui demandaient d'avertir le public japonais des dangers de la bombe atomique, mais ils ne furent trouvés qu'à la fin de la guerre.
À , une percée dans les nuages sur Nagasaki permit au bombardier de "Bockscar", le capitaine « Kermit » Beahan, de viser la zone prévue, une vallée avec des industries. "Fat Man" fut alors larguée et explosa à d'altitude. L'explosion eut lieu entre les deux cibles potentielles : l'usine d'aciérie et d'armement de Mitsubishi au nord et l'usine de torpilles Mitsubishi-Urakami au sud.
La bombe fut larguée à heure locale et l'explosion d'une puissance de 20 kilotonnes détruisit de bâtiments dans le district d'Urakami.
Trois ondes de choc atteignirent les deux avions. "The Great Artiste" continua sa mission scientifique autour de Nagasaki pendant que "Bockscar" se dirigeait vers le sud. Le retour vers Tinian étant impossible faute de carburant de réserve, "Bockscar" risquait de devoir se poser en mer. Sweeney décida d'atterrir à Okinawa, alors sous occupation américaine. C'est quasiment en planant que le bombardier arriva sur la piste, un moteur s'était déjà arrêté en vol. Une vingtaine de minutes plus tard, "The Great Artiste" atterrissait à son tour accompagné de "The Big Stink" qui s'était dirigé en solo vers Nagasaki pour prendre des photos.
Les trois avions firent le plein de carburant et retournèrent à Tinian où ils arrivèrent sans dommages le 9 août à .
L'invasion soviétique de la Mandchourie commença également le 9 août et l'Armée rouge progressa rapidement.
Le même jour, les B-29 larguèrent trois millions de tracts sur les villes japonaises avertissant que les bombes atomiques seraient utilisées pour détruire toutes les ressources militaires du pays à moins que l'empereur ne mette fin à la guerre.
Une troisième bombe atomique devait être assemblée à la fin du mois d'août et huit autres bombes devaient être disponibles en novembre et le général George Marshall, le chef d'état-major de l'armée américaine, demanda qu'elles soient mises en réserve pour viser des cibles tactiques en soutien de l'invasion du Japon.
Le nombre des victimes ne sera sans doute jamais connu car les circonstances (ville en partie évacuée, présence de réfugiés venant d'autres villes, destruction des archives d'état civil, disparition simultanée de tous les membres d’une même famille, crémations de masse) rendent toute comptabilité exacte impossible, en particulier des morts survenues dans les premières heures.
D'après une étude réalisée par échantillonnage en novembre 1945 par la faculté de médecine de l'université impériale de Tokyo, des victimes moururent dès le bombardement ou le jour même. des victimes moururent avant la fin de la première semaine, et au cours de la deuxième semaine ; dans l'ensemble, près des neuf dixièmes des victimes () moururent dans cette première période de deux semaines. Le reste mourut majoritairement ( des victimes) après trois à huit semaines, et quelques-uns encore ( des victimes) après trois à quatre mois.
D'après la même étude, mais sur un échantillon différent, des victimes moururent le premier jour de causes inconnues, moururent de causes « mécaniques » consécutives au souffle de l'explosion et aux incendies (écrasements, traumatismes, brûlures) ; de brûlures dues au « flash thermique » de l'explosion nucléaire ; et des suites de l'irradiation. Si l'on considère que les causes inconnues sont essentiellement des causes « mécaniques », cette catégorie est donc à l'origine de plus de des décès.
De même qu'à Hiroshima, le nombre des victimes à Nagasaki a fait l'objet de plusieurs estimations. Selon les mêmes sources :
Il existe à Nagasaki quelques particularités par rapport à Hiroshima : 
Ces types de blessures retrouvées chez 65 % des survivants blessés d'Hiroshima et Nagasaki, furent responsables peut-être de 50 % des décès, causés par plusieurs mécanismes : 
On estime que le rayonnement thermique a été la cause directe d’environ 20 à 30 % des décès à Hiroshima et Nagasaki.
Le Monde diplomatique d'août 2005 publie quelques extraits d'un texte du journaliste américain John Hersey paru le 31 août 1946 dans le New Yorker. Hersey fut l'un des premiers à se rendre sur place, et il décrit le phénomène des ombres d'Hiroshima : « Les premiers scientifiques japonais arrivés quelques semaines après l’explosion notèrent que l'éclair de la bombe avait décoloré le béton. À certains endroits, la bombe avait laissé des marques correspondant aux ombres des objets que son éclair avait illuminés. Par exemple, les experts avaient trouvé une ombre permanente projetée sur le toit de l’édifice de la chambre de commerce par la tour du même bâtiment. On découvrit aussi des silhouettes humaines sur des murs, comme des négatifs de photos. »
Ce phénomène est dû aux changements de composition chimique des matériaux exposés et « grillés » par le rayonnement intense de la boule de feu nucléaire, rayonnement qui a pu être intercepté par des obstacles variés. Dans le "Guichet du savoir" de la bibliothèque municipale de Lyon, est indiqué qu'il s'agit d'un phénomène semblable à ce qui se produit si l'on projette de la couleur sur une main posée sur une feuille de papier, soit la technique du pochoir : la chaleur (plusieurs milliers de degré Celsius) dégagée par la bombe « a été absorbée par les corps, de sorte que le sol sous ces corps a reçu moins de chaleur et a été protégé par eux.»
Ces types de blessures furent retrouvés chez 70 % des survivants blessés d'Hiroshima et Nagasaki, mais elles étaient rarement graves. L’hypothèse la plus probable est qu’immobilisés les blessés graves ont été condamnés quand les incendies se sont développés dans les décombres.
Il y a plusieurs causes d’irradiation :
Les signes d’irradiation ont été retrouvés chez 30 % des survivants blessés d'Hiroshima et Nagasaki, responsable peut-être de 5 à 15 % des décès, souvent par syndrome d'irradiation aiguë. Le nombre exact des décès liés au syndrome d'irradiation aiguë est difficile à déterminer car la plupart de ces victimes présentaient également des brûlures thermiques étendues, rapidement fatales avec une symptomatologie générale assez semblable. Aucun effet des radiations n'a été mis en évidence au-delà de de l’hypocentre.
Le nombre des morts dues aux effets à long terme des bombardements nucléaires est, d'après ces chiffres, dérisoire par rapport à celui des victimes des premiers mois. En mars 2007 au Japon, près de encore vivantes sont considérées « hibakusha » (survivants de la bombe). Mais, de ce nombre, moins de 1 % ( exactement) sont reconnues comme souffrant d'une maladie causée par les radiations.
Les résultats du suivi des descendants des victimes d'Hiroshima et Nagasaki ( de parents irradiés, ce qui représente une population statistiquement significative) n'a pas permis d'observer une augmentation des malformations ou des troubles génétiques.
Quelques heures après l'explosion, le nuage atomique ayant atteint un développement vertical important provoqua des chutes de pluie. Celle-ci contenait des poussières radioactives et des cendres qui lui donnaient une teinte proche du noir, et a été de ce fait désignée par le terme de « black rain » dans la littérature anglo-saxonne. Les gouttes de pluie étaient aussi grosses que des billes.
Les retombées de produits de fission entraînés par la pluie ont été relativement limitées, comparées à celles consécutives à une explosion au sol (voir le cas de Castle Bravo). Elles ont porté sur une zone de 30 × au nord-ouest du point d'explosion ; et on estime qu'elles ont entraîné une exposition externe cumulée de 1.8 à 44 rad, c'est-à-dire de 18 à 440 mGy (au plus de l'ordre de 0,5 Sievert). Ces chiffres correspondent à une exposition cumulée, c'est-à-dire que pour atteindre une telle exposition, il aurait fallu stationner dès l'heure suivant l'explosion et pendant six semaines d'affilée au point le plus radioactif détecté.
Ces niveaux d'exposition sont insuffisants pour entraîner les effets déterministes du syndrome d'irradiation aiguë, mais pour les personnes les plus fortement exposées (plus de ), ils peuvent peut être conduire à long terme à des effets stochastiques faibles (par exemple (maximum) pourrait correspondre en théorie à un risque de survenue de cancer de 2,5 %).
La majorité des victimes par irradiation l'a été par l'exposition directe aux rayonnements au moment de l'explosion (voir ci-après).
Sur les survivants, devinrent des sans abris.
Les bâtiments en béton armé au centre d'Hiroshima étaient conçus selon des normes antisismiques. Leur structure résista en général aux contraintes provoquées par l'explosion. La bombe ayant explosé en altitude, certes faible, et non au sol, le souffle avait une direction plus ou moins perpendiculaire par rapport au sol, ce qui limita peut-être les dégâts.
La résistance et la protection qu'offrirent ces structures sont mises en évidence par les chiffres suivants : les chances d'être encore en vie vingt jours plus tard étaient de 50 % pour les personnes qui se trouvaient au moment de l'explosion à:
Le « Dôme », centre de promotion de l'industrie d'Hiroshima dessiné par l'architecte tchèque Jan Letzel, était très proche de l'hypocentre. Ce bâtiment résista au souffle et fut renommé "Mémorial de la paix d'Hiroshima". Il fait partie des monuments de l'Unesco depuis 1996 malgré les protestations des États-Unis et de la Chine.
En règle générale, les constructions traditionnelles en bois furent complètement rasées par le souffle jusqu'à une distance de de l'hypocentre. Au-delà et jusqu'à les dommages étaient importants mais réparables, à la condition qu'elles aient survécu aux incendies qui suivirent.
Le bombardement nucléaire d'Hiroshima est annoncé par la Maison Blanche dans la journée du 6 août, seize heures après l'explosion, dans un long communiqué du président Truman. Le communiqué donne peu de détails quant à l'explosion : il évoque la puissance extraordinaire de la nouvelle arme mais se contente d'annoncer que 
Il contient une allusion à la course à la bombe en indiquant que fort heureusement, les Allemands qui avaient mis au point les missiles V1 et V2, ne disposaient pas également de l'arme nucléaire. Mais surtout, le texte insiste sur la collaboration entre Britanniques et Américains, et sur la nécessité à laquelle ils se sont trouvés confrontés de réaliser le programme sur le sol américain, et non au Royaume-Uni, trop exposé. Et enfin, le président cherche à rassurer l'opinion publique : il annonce les bienfaits de l'atome qui viendra constituer une nouvelle source d'énergie aux côtés du charbon, du pétrole et de l'eau, mais le public doit comprendre que le secret – et de nouvelles recherches – soient encore nécessaires ; néanmoins, un contrôle démocratique est annoncé, par le biais d'une commission que le Congrès des Etats-Unis sera chargé de mettre en place.
La presse américaine fait ses gros titres et ses premiers articles de ces quelques informations.
Le New York Times consacre un long article à l’évènement dans son édition du lendemain 7 août, qui fait largement mention du communiqué présidentiel, et de la conférence de presse du Secrétaire d'État à la Guerre qui a suivi, et indique que l'on Faute d'autres éléments, le journal mentionne les informations données par le Département de la Guerre sur l'essai du Nouveau Mexique : une immense tour métallique a été vaporisée, un nuage s'est formé jusqu'à (), et deux observateurs situés à 10000 yards (environ ) ont été jetés à terre. Il reprend également les passages du communiqué de Truman sur les conditions d'élaboration de l'arme, et insiste sur le ton de solennité et le sérieux avec lesquels les officiels se sont exprimés.
Le journal rapporte également la réaction de Churchill :
Il reprend aussi une information donnée par l'agence United Press : selon le ministre britannique chargé de la production d'aéronefs, la bombe pèse 400 livres (moins de ) et est capable de raser une ville.
Quant à l'utilité de la médiatisation du bombardement, le New York Times résume ainsi les deux positions antagonistes : le révéler, ou le garder secret.
Hiroshima fait les gros titres de la presse américaine : le San Francisco Chronicle titre par exemple : "Le Japon touché par une bombe atomique, l'arme la plus puissante de l'Histoire" ! L'article présente Hiroshima comme une base militaire, que la bombe a entièrement détruite. Le Washington Post écrit : 
La presse internationale reprend pour l'essentiel les informations diffusées par les agences de presse occidentales (Reuters, United).
En France, le journal Le Monde titre dans son édition du 8 août : "Une révolution scientifique, les Américains lancent leur première bombe atomique sur le Japon". L'article reprend les principaux éléments du communiqué présidentiel, et de l'intervention publique du Secrétaire d’État à la Guerre, Stimson, que Truman avait annoncée. Le Monde mentionne que Stimson prédit que le Japon sera incapable de riposter à l'arme nucléaire, et que celle-ci sera d'un précieux concours pour écourter la guerre.
Le quotidien argentin Critica du 8 août explique que et reprend une information de l'agence Reuters, selon laquelle il y a eu plus de 100000 morts, brûlés vifs ou tués par la chaleur et la pression. Le journal cite également une réaction japonaise diffusée sur Radio-Tokyo, captée en Argentine :
Radio-Tokyo est également citée pour évoquer les effets de la bombe :
Le journal reprend aussi une information de l'agence United selon laquelle Tokyo en appelle au droit international, les Japonais estimant que les États-Unis auraient violé l'article 22 de la Convention de La Haye. Les Japonais ont diffusé en français une émission vers l'Europe pour expliquer qu'Hiroshima ne pouvait être un objectif militaire, et se servent de l'expression française « ville démilitarisée ». United ne manque pas de relever que le Japon n'a pas ratifié la convention de La Haye, et qu'il ne fait aucune mention des bombardements qu'il a lui-même menés contre Manille et des villes chinoises. United indique enfin que le gouvernement américain a l'intention de procéder à l'invasion de l'archipel japonais, mais que le déroulement de cette opération dépendra de l'effet de la bombe sur la combativité des Japonais.
Le danger des radiations n'est pas évoqué par la presse : le syndrome d’irradiation aiguë était inconnu de la médecine début août 1945 et donc des autorités et des militaires. Ce sont les médecins japonais qui vont le découvrir quelques semaines plus tard.
Dans l'éditorial de Combat du 8 août 1945, Albert Camus présente en ces termes son analyse de la situation :
Le 7 août d'après l'USAF et le général Spatz, les avions de reconnaissance ont pu faire des photographies : carrés de surface urbaine sont anéantis, 60% de la ville sont détruits. Le New York Times rappelle que la population avant guerre était de habitants et indique que le général Spatz a expliqué que la zone citée a été entièrement détruite ainsi que cinq grandes installations industrielles, et qu'il y a des dommages au-delà de la zone de destruction totale. Il précise que l'éclair de l'explosion a été aperçu par un autre B29 à de la cible.
Les 7 août et 8 août 1945, aucun journal ne sera publié à Hiroshima. Trente-cinq ans plus tard, le 6 août 1980, une édition spéciale « Hiroshima Tokuho » (le journal fantôme) relata les faits comme si l'explosion venait de se produire et que ses trois reporters accompagnés d'un caméraman avançaient en direction de l'hypocentre.
Le bombardement de Nagasaki est à son tour annoncé dans la presse internationale, avec un autre événement survenu presqu'au même moment : la déclaration de guerre des Soviétiques, qui ont aussitôt envahi la Mandchourie.
Le New York Times du 9 août 1945 indique que Le journal cite en outre une émission de Radio Tokyo, qui proteste vigoureusement contre les bombardements :
Après le bombardement de Nagasaki et l'entrée en guerre de l'Union soviétique contre le Japon le 9 août, les négociations s'activèrent. La fin de la guerre semblait proche mais les États-Unis préparaient le lancement d'une troisième bombe au cas où les deux premières missions n'auraient pas été suffisantes. Le capitaine William Parsons ne fut pas autorisé à quitter l'île de Tinian avant la reddition. Il devait en effet assurer l'approvisionnement et l'assemblage des bombes supplémentaires si le Japon persistait dans le conflit. Les militaires américains voulaient faire croire aux Japonais qu'ils disposaient d'un nombre illimité d'armes nucléaires. Les théories sur la troisième bombe sont multiples mais les témoignages se recoupent sur un point : une bombe supplémentaire ne pouvait pas être prête avant quelques semaines.
On pense également que les militaires avaient eu une grande marge de manœuvre de la part de Truman. Stanley Goldberg fait remarquer que c'est probablement le général Groves qui eut le dernier mot pour le bombardement sur Nagasaki. Groves devait démontrer l'importance de cette bombe pour expliquer l'énorme investissement consenti pour le projet Manhattan.
Dans les archives du général Spaatz, il est mentionné que l'USAAF désirait larguer la troisième bombe sur Tokyo si les Japonais ne rendaient pas les armes assez vite. En réponse à cette requête, il était indiqué que la décision avait déjà été prise et que la cible serait Sapporo sur l'île d'Hokkaido.
Le major Charles Sweeney, pilote de "Bockscar", prit part au dernier raid contre le Japon le . Les B-29 les plus importants ("Enola Gay" et "Bockscar") restèrent à Tinian, de même que "The Great Artiste" qui contenait tout le matériel nécessaire à l'analyse d'une autre explosion atomique. Deux B-29 s'envolèrent pour les États-Unis afin de charger du matériel et des composants destinés à l'assemblage d'une bombe supplémentaire.
Richard Frank affirme que le général Marshall et le général Groves avaient retardé le transport de la troisième bombe et que celle-ci ne pouvait pas être disponible avant le . Selon Chuck Hansen, les États-Unis disposaient de deux bombes de type Fat Man à la fin de l'année 1945 mais on ne connaît pas la date exacte de leur assemblage. En tout cas, les sous-traitants avaient reçu pendant l'été 1945 des commandes pour une grande quantité de composants, qui furent annulées après la capitulation japonaise.
Quant aux scientifiques du Laboratoire national de Los Alamos, plusieurs témoignages concordent pour dire qu'un cœur de plutonium était en cours de fabrication et de livraison. Oppenheimer ordonna lui-même, sans un ordre explicite de Truman, de ne pas charger la matière radioactive qui devait prendre la route de San Francisco. Ce morceau de plutonium devait vraisemblablement arriver à Tinian aux alentours du 20 août.
L'invasion soviétique au Mandchoukouo précipita la décision de Hirohito. Le 9 août, il demanda à son garde des sceaux Kōichi Kido d'organiser une conférence impériale pour « contrôler la situation » car « l'Union soviétique a déclaré la guerre et lancé les hostilités contre nous ». Au cours de cette conférence tenue dans la nuit du 9 au 10, l'Empereur annonça sa décision de se rendre à l'ultimatum des alliés et demanda la préparation d'une déclaration impériale à la condition que cette déclaration « ne porte pas préjudice aux prérogatives de Sa Majesté à titre de Souverain ».
Le 12, Hirohito informa officiellement la famille impériale de sa décision. Le prince Yasuhiko Asaka, l'un des oncles de l'Empereur, lui demanda alors : « La guerre continuera-t-elle si l'institution impériale et la politique nationale (kokutai) ne peuvent être préservées ? » Ce à quoi Hirohito répondit laconiquement : « Bien sûr. »
Le 14, pendant qu'une tentative de mutinerie d'un petit groupe de militaires opposés à la reddition était matée, Hirohito approuva la déclaration impériale et, le lendemain, son allocution au peuple japonais, gravée sur disque, fut diffusée à la radio. La bombe atomique y est clairement mentionnée : . L'entrée en guerre de l'Union soviétique n'y est en revanche pas évoquée.
Le 17, il émit un « édit aux soldats et aux marins » leur ordonnant de déposer les armes et liant sa décision de procéder à la reddition à l'invasion soviétique du Manchukuo, passant sous silence les bombardements atomiques.
Le 28 août 1945, les Américains débarquent sur l'archipel sous les ordres du général George Marshall. Des groupes d'experts sont envoyés à Hiroshima et Nagasaki. Ils doivent faire un compte rendu de la situation tant au niveau humain que militaire avec la destruction des bâtiments. Les Japonais sont surpris par l'élégance de ces officiers qui se mettent à interviewer des centaines de personnes. Ces témoignages permettront de mieux estimer les effets des bombes sur la population.
Les envoyés spéciaux sont tous abasourdis par l'étendue des dégâts. Le 5 septembre, le journaliste Wilfred Burchett publie un compte-rendu dans le "Daily Express" :
Le docteur Katsube, qu'il interviewe, lui décrit les formes cutanée et hématopoïétique du syndrome d'irradiation aiguë, dont il a découvert et observé les premières manifestations connues :
Dès sa capitulation, le Japon est sous tutelle américaine. Le pays connaîtra un sort similaire à l'Allemagne avec l'arrestation des principaux dignitaires. À l'instar du tribunal de Nuremberg, le tribunal de Tokyo condamne les accusés pour leurs crimes de guerre, dont Hideki Tōjō qui sera pendu le 22 décembre 1948. L'empereur Hirohito ne sera pas menacé et restera sur le trône jusqu'à sa mort en 1989.
L'office de censure japonais compte environ en 1946. Ceux-ci sont chargés d'écouter les communications et de limiter le pouvoir de la presse. Les journalistes ne sont pas autorisés à enquêter sur les bombes atomiques et les effets constatés dans les deux villes détruites.
Le 3 novembre 1946, la nouvelle constitution, modelée selon les désirs des forces alliées, est adoptée puis définitivement validée le 7 mai 1947. Les États-Unis occupent le Japon jusqu'en avril 1952. Certaines îles ne seront restituées au Japon que dans les années 1970.
Des groupes d'experts de l'armée américaine, envoyés au Japon immédiatement après l'explosion atomique pour analyser les dégâts, ont estimé que la bombe sur Hiroshima était équivalente à un raid aérien de 220 B-29 transportant de bombes incendiaires, de bombes de forte puissance et de bombes à fragmentation.
À titre de comparaison, le bombardement de Dresde, l'un des plus gros bombardements de la Seconde Guerre mondiale qui dura 3 jours, nécessita 580 bombardiers (B-17 et Avro Lancaster). Au total, de bombes conventionnelles et de bombes incendiaires anéantirent la ville. Le nombre de morts varie selon les sources, se situant dans une fourchette comprise entre et .
Hambourg subira un sort similaire lors de l'opération Gomorrhe, mais sur une durée d'environ 10 jours avec et de bombes conventionnelles qui firent . Les historiens estiment que le nombre total d'Allemands tués dans des bombardements pendant la Seconde Guerre mondiale se situe dans un intervalle compris entre (rapport de l"'US Strategic Bombing" en 1945) et .
En septembre 1945, la société Nippon Eigasha envoie des équipes de cameramen filmer à Nagasaki et à Hiroshima. Mais le 24 octobre 1945, un policier militaire américain interdit à un cameraman japonais de continuer à filmer à Nagasaki. Les films de Nippon Eigasha sont alors confisqués par les Américains et classés secret défense. Par ailleurs des rush constituant un total de de pellicule sont filmés à cette époque par les équipes du lieutenant Daniel A. McGovern pour l'U.S. Strategic Bombing Survey, un organisme militaire américain chargé de l'évaluation des bombardements stratégiques. Progressivement réclamés par le gouvernement japonais, rendus publics et sauvés de l'oubli, les premiers films d'archive en noir et blanc ne sont montrés au public tant japonais qu'américain qu'à partir de la fin des années 1960 ou au début des années 1970. Il faudra attendre les années 1980 pour les premiers films en couleur. Le documentaire "Original Child Bomb" de Carey Schonegevel paru en 2004 révélait encore des images inédites. Par ailleurs d’après Jean-Marie Bouissou, directeur du programme Asie à Sciences Po Paris, des photos des victimes des deux bombardements pourraient être encore classées secrètes par les gouvernements japonais et américain.
La décision de lancer les bombes sur le Japon a été prise par le président américain Harry S. Truman pour plusieurs raisons que les historiens se sont efforcés d'analyser, pondérer ou écarter : satisfaire l'opinion publique en vengeant les soldats tués sur le front du Pacifique, réduire la durée de la guerre et éviter l'opération Downfall, un débarquement sur l'archipel, mais surtout contribuer à contrer stratégiquement l'Union soviétique en prenant position sur l'ensemble des îles japonaises et donc d'éviter une partition comme en Allemagne. À cela peut s'ajouter le fait d'avoir une force de frappe dissuasive ou encore de justifier un programme dont le coût avait été exorbitant. Que les bombardements atomiques aient été ou non nécessaires est encore de nos jours un sujet de controverse. En effet, des personnes comme la philosophe Hannah Arendt ou le procureur lors des procès de Nuremberg, Telford Taylor, considèrent ces bombardements comme des crimes de guerre selon les termes de l'article 6b des statuts du Tribunal militaire international, adoptés par les Alliés eux-mêmes lors des accords de Londres du 8 août 1945, le surlendemain de l'explosion de Hiroshima et la veille de celle de Nagasaki.
Malgré une voie diplomatique discrète qui s'engagea avec les autorités civiles nippones dès janvier 1945 (après l'invasion de Luçon aux Philippines), les partisans des bombardements mirent en avant les problèmes avec les militaires japonais qui refusaient toute négociation. Si certains membres du gouvernement civil firent des efforts en direction de la paix, ils n'avaient pas le pouvoir pour obtenir un cessez-le-feu et encore moins une reddition. En tant que monarchie, le « pays du Soleil-Levant » ne pouvait entamer le chemin de la paix qu'avec le support du cabinet japonais. Mais celui-ci était dominé par les militaires de l'armée impériale et de la marine, un noyau dur qui ne voulait céder sous aucun prétexte. Une scission se forma alors entre l'armée et le pouvoir civil.
L'historien Victor Davis Hanson met en évidence la résistance croissante des Japonais, détermination qui apparaît futile après coup puisque le conflit était voué à une issue inéluctable selon lui. La bataille d'Okinawa montra la capacité des Japonais à se battre à n'importe quel prix, les soldats nippons allant même jusqu'à se suicider pour ne pas tomber aux mains de l'ennemi, appliquant ainsi les codes traditionnels de "la voie du guerrier" (Bushido).
Plus de et furent tués lors de l'affrontement le plus sanglant de la guerre du Pacifique. Les « Marines » durent faire appel au lance-flammes et aux grenades pour éliminer les dernières poches de résistance. Les dernières forces des Japonais, les kamikazes, déferlèrent sur les navires américains et alliés en causant des pertes importantes. Cette bataille (d'avril à fin juin 1945) se termina seulement deux mois avant la capitulation du Japon.
Lorsque l'Union soviétique déclara la guerre au Japon le 8 août 1945 et lança l'opération Tempête d'août, envahissant le nord de la Chine et de la Corée, l'armée impériale ordonna à ses dernières forces en Mandchourie de se battre jusqu'à la mort. Le major général Masakazu Amanu, chef de la section des opérations au quartier général de l'armée, était confiant en ses structures défensives qu'il avait minutieusement préparées dès le début de 1944. Selon lui, les Alliés ne pouvaient pas envahir les îles de l'archipel. Avec la détermination de son armée, le Japon était convaincu de l'emporter.
Après la destruction d'Hiroshima, le pouvoir civil essaya de convaincre les militaires que la capitulation selon les conditions posées à la Conférence de Potsdam était la seule solution. Après l'anéantissement de Nagasaki, l'empereur Hirohito dut intervenir lui-même pour débloquer la situation politique dans le pays.
D'après certains historiens japonais, les dirigeants civils partisans de la capitulation virent une sorte de délivrance dans les bombardements atomiques. Les deux villes devenaient un argument de choc contre la poursuite du conflit. Kōichi Kido, un des proches conseillers de l'empereur, déclara "Nous, les partisans de la paix, fûmes aidés par la bombe atomique dans notre quête pour l'arrêt de la guerre". Hisatsune Sakomizu, le secrétaire en chef du cabinet en 1945, décrivit les bombardements comme "une occasion en or venue du ciel qui permet au Japon de cesser la guerre".
Plusieurs historiens s'accordent à dire que l'opposition civile avança des arguments qui furent suffisants pour convaincre les militaires de l'inutilité de la poursuite de la guerre : ni le courage sans limite des soldats, ni la détermination lors des combats ne pouvaient aider le Japon contre la destruction totale par les armes atomiques.
Les partisans du bombardement nucléaire affirmèrent qu'attendre la capitulation du Japon n'était pas une option sans conséquence.
Le juge philippin Delfin Jaranilla, membre du tribunal de Tokyo, chargé de juger certains criminels de guerre du régime shōwa, écrivit en "obiter dictum" dans son jugement:
Plusieurs fois par semaine des vagues de B-29 chargés d'engins incendiaires attaquaient les agglomérations grandes ou moyennes de l'archipel. L'ampleur des dommages était largement comparable en ordre de grandeur aux attaques nucléaires. Si ces raids étaient sur le coup moins meurtriers, leurs effets à long terme étaient aussi terribles, privant des centaines de milliers de personnes d'abris, de vêtements et de ressources, ce qui en ces temps de disette pouvait être synonyme de mort.
L'attaque d'Hiroshima détruisit , alors que celle de Nagasaki détruisit .
À l'été 1945, le blocus du Japon était presque complet. Les sous-marins et l'aviation américaine avaient le contrôle des eaux côtières. Complété par le minage à grande échelle (opération famine), les importations et le transport de marchandises entre les différentes îles de l'archipel s'interrompit presque complètement. La désorganisation de l'économie du pays devait devenir complète avec l'attaque par l'aviation des voies de communications intérieures (voies ferrées...), finissant par isoler les villes entre elles. Si cette opération permettait de réduire à néant la production industrielle nipponne, ses conséquences humaines n’étaient pas nulles. Le Japon étant importateur sur le plan alimentaire, la ration moyenne par tête était tombée de 2000 calories avant guerre à 1900 en 1944, avant de chuter à 1650 à l'été 1945. Cette situation de malnutrition se serait sans doute aggravée avec le prolongement des hostilités. La famine et les maladies auraient alors été responsables d'un bilan encore plus lourd que celui des bombes atomiques.
Les Américains prévoyaient à partir de la fin 1945 une invasion terrestre du Japon, l'opération Downfall. Sa durée et son coût humain dépendaient fortement de la résistance de l'armée impériale et de la population japonaise face à l'envahisseur.
Elle devait s'articuler en deux parties :
Le 18 juin 1945, lors d'une réunion avec le président Truman, le général Marshall estima que les pertes (tués, blessés, disparus) des 30 premiers jours de l'invasion de Kyūshū pourraient s'élever à . Mais l'amiral Leahy fit remarquer qu’elles pourraient aussi être proportionnelles à celles de la bataille d'Okinawa, rendant le bilan bien plus coûteux.
En effet, à Okinawa, affrontèrent pendant 3 mois : les pertes américaines s'élevèrent à (presque le tiers de l'effectif engagé). Avec l'opération Olympic, américains auraient dû affronter peut-être japonais.
Et l'opération Coronet aurait été encore plus meurtrière : 1,4 million d'Américains auraient affronté de 2 à 3 millions de Japonais jusqu'à peut-être la fin 1946.
Après la guerre, le président Truman parla de projection de pertes pour l'armée américaine de 0,5 à 1 million. Si l'origine de ces chiffres est inconnue, l'ordre de grandeur ne paraît pas invraisemblable comparé au bilan d'Okinawa.
Dans une autre perspective, il ne faut pas perdre de vue le coût humain d'une telle opération terrestre pour les Japonais. À Okinawa, les soldats de l'armée impériale s'étaient fait tuer presque jusqu'au dernier, et de nombreux civils étaient amenés à se suicider, généralement sous pression de l'armée qui organisait elle-même ces suicides collectifs. Et à cela se serait ajouté le bilan de une ou deux années supplémentaires de famine et de privation pour les populations.
Outre les arguments invoqués précédemment, les Américains pensaient que la bombe atomique serait une solution pour forcer le Japon à libérer les centaines de milliers de prisonniers de guerre et civils enfermés dans les camps de concentration japonais disséminés un peu partout en Asie.
La bombe serait également à même d'arrêter les atrocités japonaises en Chine et dans l'ensemble de la sphère de coprospérité de la grande Asie orientale, ainsi que le travail forcé pour les ressortissants de divers pays asiatiques. Le sort des prisonniers de guerre devint particulièrement préoccupant lorsque le ministre de la guerre ordonna le 1944 d'exécuter les prisonniers alliés si le Japon venait à être envahi. Il est également probable que le Japon eut mené de telles actions punitives en cas de famine prolongée.
En réponse à l'argument des pertes civiles et des crimes de guerre provoqués par l'utilisation de l'arme atomique, les partisans des bombardements mirent en avant le non-respect total du protocole de Genève par le Japon, que ce soit sur le plan militaire ou civil : 
L'attaque surprise contre Pearl Harbor restait profondément gravée dans les esprits et le Japon était considéré comme un ennemi fourbe qu'il ne fallait plus ménager. Le père John A. Siemes, professeur de philosophie à l'université catholique de Tokyo et témoin de l'explosion à Hiroshima, écrivit :
Sur les treize prisonniers de guerre américains présents à Hiroshima le jour de l'explosion, seuls deux survécurent. Le gouvernement américain pouvait se permettre ces quelques pertes collatérales. Elles auraient été probablement supérieures si la menace d'une attaque atomique eut été proférée à l'encontre du Japon avant de procéder au bombardement.
Les scientifiques qui travaillèrent sur le projet témoigneront plus tard des pressions exercées à un haut niveau pour terminer la bombe selon un calendrier bien précis. Ce dernier était étroitement lié aux agissements des Soviétiques et leur entrée en guerre prévue pour le 8 août. Certains historiens avancent ainsi la thèse de l'URSS qui prenait trop d'importance et qu'il fallait tenir à l'écart des territoires japonais. 
Pour eux, c'est l'imminence de la déclaration de guerre de l'URSS au Japon prévue lors des accords de Yalta trois mois après la capitulation de l'Allemagne (soit au ), qui est le facteur déterminant. En effet, si à Yalta en février 1945, les États-Unis avaient demandé l'aide de l'URSS pour les aider à finir une guerre coûteuse en vies humaines avec le Japon, six mois plus tard, avec leur nouvelle puissance nucléaire ils n'avaient plus besoin de composer avec cet allié encombrant pour terminer le conflit et en partager les profits (zones d'influence, bases militaires, etc.). Les États-Unis voulaient ainsi prouver à Staline qu'ils étaient présents aussi bien à Berlin qu'en Asie, et qu'ils s'opposaient au développement du communisme, du moins au Japon. C'est la thèse défendue par Frédéric F. Clairmont dans "Les véritables raisons de la destruction d'Hiroshima".
On peut ainsi considérer que ces bombardements atomiques étaient en quelque sorte le signe annonciateur de la guerre froide et une démonstration de force de la part des États-Unis à l'encontre de Staline. L'URSS s'impliquera par la suite dans divers conflits en Asie, en particulier la guerre d'Indochine, la guerre de Corée et la guerre du Viêt Nam. Le Japon évitera les effets de l'expansion de la domination soviétique dans la région grâce à cette tutelle américaine.
Les États-Unis étant une démocratie, ses dirigeants ne pouvaient ignorer l'opinion publique. Truman n'a pas été élu à la présidence, mais en tant que vice-président. C'est la mort de son prédécesseur, très populaire, qui lui avait permis d'accéder à ce poste en avril 1945. Dans cette situation, il pouvait être tenté de prendre une décision qui renforcerait rapidement sa popularité, surtout face à l'entourage de l'ancien président qui ne le tenait pas en haute estime.
En 1965, l’historien affirme que les dirigeants japonais étaient prêts à se rendre avant les bombardements d'Hiroshima et Nagasaki, à condition que la vie et la fonction de l'empereur japonais soient préservées, et que Staline déclare la guerre au Japon.
Le projet Manhattan était à l'origine destiné à contrecarrer le programme nucléaire de l'Allemagne nazie. À la suite de la défaite du Reich, plusieurs scientifiques qui travaillaient sur le projet eurent le sentiment que les États-Unis ne devaient pas être les premiers à utiliser de telles armes. Albert Einstein sera réticent face à la bombe et Leó Szilárd, qui était largement impliqué dans le développement de la bombe, dira après la guerre :
L'utilisation du nucléaire à des fins militaires a été qualifiée de « barbare », puisque plusieurs centaines de milliers de civils avaient péri et que les cibles étaient dans des villes fortement peuplées. Durant les préparatifs des bombardements, des scientifiques, dont Edward Teller, firent remarquer qu'il serait préférable d'employer la bombe sur une zone inhabitée ou en plein ciel pendant la nuit, afin d'avertir les Japonais.
L'inhumanité du bombardement aérien de civils avait été fermement dénoncée par Roosevelt le septembre 1939 lors d'un appel aux gouvernements européens :
Il est vrai que Roosevelt ne reçut aucune réponse sincère à cette demande et que les Allemands furent les premiers à utiliser le bombardement massif d'objectifs civils, dès 1939 avec le bombardement de Varsovie pendant l'invasion de ce pays, puis avec la destruction de Rotterdam et celle de Coventry en 1940.
Depuis 1945 la légalité des bombardements stratégiques et de l'usage des armes nucléaires reste un point discuté du droit international.
Il a été avancé que l'utilisation d'armes atomiques à grande échelle contre les populations civiles était un crime de guerre, voire un crime contre l'humanité.
Cependant, ces textes sont peut-être insuffisants pour qualifier le crime de guerre : d’une part, Hiroshima et Nagasaki, deux centres militaires d'importance, ne peuvent pas être considérées non défendues. D'autre part, les effets des radiations restent minimes par rapport aux effets de flash thermique et mécaniques de ces armes qui ne pourraient donc être considérés "stricto sensu" comme empoisonnées ("ces termes ont été entendus dans leur sens ordinaire comme couvrant des armes dont l'effet premier, ou même exclusif, est d'empoisonner ou d'asphyxier").
Cependant, cette convention n'entra jamais en vigueur.
Les avis divergent quant à la capacité du Japon à résister aux attaques. Pour les opposants à l'atomisation, le Japon était déjà profondément affaibli dès le début de 1945 et la capitulation inéluctable. Le général Dwight D. Eisenhower était de cet avis et en informa Henry Stimson en juillet 1945. L'officier le plus haut gradé dans le théâtre des opérations en Pacifique était le général Douglas MacArthur. Il ne fut pas consulté au sujet des bombardements mais dira après coup qu'il n'y avait pas de justification militaire pour cette attaque. La même opinion sera donnée par l'amiral William Leahy, le général Carl Spaatz (commandant de l'USSAF dans le Pacifique) et le général de brigade Carter Clarke (officier des renseignements). Le major général Curtis LeMay, l'amiral Ernest King (chef des opérations navales), l'amiral Chester Nimitz (commandant en chef de la marine dans le Pacifique) émettront également des doutes au sujet des bombardements atomiques.
Eisenhower écrira dans son mémoire "The White House Years" : 
Plus loin, il ajoute : 
Une étude, le "United States Strategic Bombing Survey", organisée par l'armée américaine après la capitulation, consista à interroger des centaines de dirigeants militaires et civils japonais au sujet des bombardements ; il en ressort que :
 affirment que le Japon avait essayé de se rendre au moins deux fois, mais les États-Unis refusèrent en insistant pour que la reddition se fasse sans conditions. En fait, alors que plusieurs diplomates favorisaient la capitulation, les chefs militaires japonais préparaient l'armée à livrer une bataille décisive. Les diplomates pensaient qu'ils pourraient mieux négocier les clauses de l'armistice de cette façon. Les Américains connaissaient parfaitement les plans japonais, le chiffrement utilisé par l'armée nippone, le code 97 (ou code Purple) avait été percé par les cryptanalystes.
Cependant, même après l'attaque sur Nagasaki, le Conseil suprême était toujours divisé, Korechika Anami, Yoshijiro Umezu et Soemu Toyoda désirant que soient faits par les autorités japonaises le désarmement des troupes et le jugement des criminels, et insistant sur l'absence de forces d'occupation en sol japonais et la préservation du régime impérial et de l'Empereur. Seule l'intervention directe de l'empereur Showa qui se rallia aux partisans de la dernière demande comme seule condition, mit un terme aux dissensions, sans éviter toutefois une tentative de coup d'État qui fut rapidement contrée.
Une autre critique à l'égard des bombardements concerne la rapidité avec laquelle les États-Unis ont estimé les effets de l'entrée en guerre de l'Union soviétique contre le Japon. Sans recul sur la situation générale, la décision de bombarder aurait été prise de manière hâtive. Les Américains savaient, contrairement aux Japonais, que l'URSS entrerait en guerre trois mois après la victoire en Europe. Comme l'URSS ne pouvait plus jouer le rôle de médiateur dans le conflit et que le monde entrait progressivement dans la guerre froide, il devenait évident pour certains Japonais que le meilleur moyen de conserver l'empereur sur le trône était d'accepter les conditions posées par la partie adverse.
L'invasion de l'archipel n'étant pas imminente, les États-Unis n'avaient rien à perdre à attendre quelques jours pour voir comment la situation évoluerait. La décision de capituler était antérieure aux attaques successives menées par l'URSS en Mandchourie, l'île de Sakhaline et les îles Kouriles. Hokkaidō aurait sûrement été envahie par l'URSS avant que les Alliés n'atteignent Kyūshū. Selon cette thèse, le but de la manœuvre était donc de faire comprendre aux Soviétiques de rester à l'écart.
D'autres sources japonaises indiquent que les bombardements atomiques n'étaient pas la principale cause de la capitulation. La véritable raison avait sa source dans les victoires massives des Soviétiques tout autour du Japon. Les Japonais craignaient plus une occupation soviétique que la présence des Américains sur l'île. Il est clair que les deux parties adverses avaient pesé de tout leur poids dans la décision mais les Japonais étaient persuadés que Staline remplacerait la monarchie par le communisme, chose inconcevable pour eux.
 pensent encore que des efforts supplémentaires auraient dû être consentis pour réduire le nombre de victimes. Outre ces considérations sur les pertes humaines, le but principal de l'attaque était d'avoir un effet de surprise optimal. La décision des stratèges américains était claire : il ne fallait pas donner d'avertissement avant le largage.
Après le bombardement sur Hiroshima, Truman annonça que « s'ils n'acceptent pas nos conditions maintenant, ils peuvent s'attendre à une pluie de ruines qui tombent du ciel ». Le , des tracts furent largués au-dessus du Japon et des avertissements transmis via Radio Saipan. La zone proche de Nagasaki ne reçut pas de tracts avant le 10 août, soit un jour après l'explosion. La propagande avec des informations imprimées sur de petits morceaux de papier avait pourtant été lancée durant les semaines qui précédaient l'attaque nucléaire.
Un autre sujet de discorde concerne le laps de temps entre la destruction d'Hiroshima et celle de Nagasaki. Certaines personnes avancent que les arguments favorables à l'utilisation de la bombe ne s'appliquaient pas à Nagasaki. Dans sa nouvelle semi-autobiographique "Timequake", Kurt Vonnegut écrit que si le bombardement d'Hiroshima a sauvé la vie de ses camarades de l'USAAF, Nagasaki a montré à quel point les États-Unis étaient capables d'une cruauté sans compassion.
Ce deuxième largage, d'une bombe de technologie différente, et la présence d'avions d'observation scientifiques, tend à souligner l'aspect expérimental plus que militaire de ces largages.
En 2014, un film de Lucy van Beek montre « l’habile désinformation occidentale, détourné le monde de la réalité des faits », avec des images d’archives inédites, des documents confidentiels, et de nombreux témoignages d'experts, d'agents secrets, et de survivants.
La destruction d'Hiroshima fait désormais l'objet d'une commémoration annuelle au Japon. Toutefois, les survivants des bombardements atomiques d'Hiroshima et de Nagasaki ont été longtemps maltraités par la société japonaise car ils symbolisaient la défaite du Japon. Au Japon, les débats sur l'utilité des bombes d'Hiroshima et Nagasaki restent ouverts et le sujet est d'autant plus sensible que le pacifisme constitutionnel du pays est remis en question.
Sous l'occupation militaire américaine et jusqu'à sa fin en 1952, une censure empêche toute description dans les médias des bombardements et tient le Japon éloigné des débats internationaux sur l'armée nucléaire. Selon l'historien John Dower, c'est seulement à partir de 1960 que les premières photos des bombardements parurent au Japon.
Claude Eatherly, un pilote qui a assisté au largage de la bombe sur Hiroshima, refusera d'être fêté comme un héros, et souffrira de diverses pathologies mentales. En 1959, il correspond avec le philosophe Günther Anders, ce qui lui permet de guérir progressivement de ses troubles psychologiques.
Les débuts de l'ère atomique ont été souvent abordés dans la littérature. Il est impossible de dresser une liste exhaustive sur un sujet aussi vaste, mais la lecture de quelques-uns de ces ouvrages est conseillée :