Justinien

Justinien ou Justinien le Grand (latin : "Imperator Caesar Flavius Petrus Justinianus Sabbatius Augustus", grec : ), né vers 482 à Tauresium, près de Justiniana Prima en Illyrie et mort le , est un empereur romain d'Orient ou empereur byzantinayant régné de 527 jusqu'à sa mort. Il est l'une des principales figures de l'Antiquité tardive. Que ce soit sur le plan du régime législatif, de l'expansion des frontières de l'Empire ou de la politique religieuse, il a laissé une œuvre considérable.
D’origine modeste, il parvient aux faîtes du pouvoir grâce à l’action de son oncle et empereur Justin dont il est l’un des principaux conseillers avant d’être son successeur. Si son arrivée au pouvoir n’est pas sans troubles, puisqu’il doit faire face à la sédition Nika, il impose progressivement son autorité sur un Empire qui, depuis sa fondation en 395, est constamment sur la défensive face aux assauts de nombreux adversaires et tente de faire perdurer l’héritage de Rome, au travers du projet de restauration de l'Empire. 
Justinien est souvent considéré comme le plus grand empereur de l’histoire byzantine ou encore comme le dernier grand empereur romain, avant que l'Empire romain d'Orient ne commence à se différencier de l’Empire romain dont il est le continuateur direct. Il est le dernier empereur à chercher à rétablir l’unité et l’universalité de l’Empire romain, ce qui l’amène à mener des guerres expansionnistes, principalement en Italie et en Afrique tout en défendant victorieusement les frontières contre les Perses ou les Slaves. Au-delà de ses succès militaires, il entreprend une œuvre de codification législative de grande ampleur qui influence profondément l’évolution du droit en Europe pour les siècles à venir. Très pieux, il intervient fortement dans les affaires religieuses. Son ambition de reconstituer un Empire romain universel se confond avec sa volonté d’une foi chrétienne unique et universelle. De ce fait, il est très actif dans la lutte contre les dissidences religieuses, usant parfois de l’oppression et parfois du dialogue, notamment avec les monophysites, mêmes si ses résultats en la matière sont contrastés. En outre, il contribue à l’épanouissement de l’art byzantin, représenté par la construction de la basilique Sainte-Sophie mais aussi de multiples autres édifices. Enfin, le règne de Justinien ne peut se concevoir sans le rôle des multiples personnages dont a su s'entourer l'empereur et qui lui ont permis de concrétiser ses ambitions, à l'image de sa femme, l'impératrice Théodora, de ses généraux, dont Bélisaire est le plus célèbre, du juriste Tribonien ou du préfet du prétoire Jean de Cappadoce.
Le règne de Justinien peut être décomposé en deux parties. De 527 à 540, les succès sont réels, souvent rapides et de grande ampleur. En revanche, la deuxième partie de son règne est plus contrastée. Les frontières de l’Empire sont assaillies et ses nouvelles conquêtes, notamment en Italie, sont compromises. Pour autant, si l’Empire vacille, la situation se rétablit sur l’ensemble des fronts et à sa mort, l’Empire romain d’Orient est à son apogée territorial. Sur le plan interne, la situation aussi se dégrade, parfois pour des raisons extérieures à l’empereur. La peste de Justinien et une série de catastrophes naturelles aboutissent à une profonde crise démographique dont les effets se font surtout ressentir après sa mort. En effet, sur bien des points, l’œuvre de Justinien apparaît inachevée. Ainsi, ses conquêtes territoriales ne lui survivent pas, de même que l'idée d'un Empire romain universel. Certains historiens ont pu critiquer les ambitions d’un empereur inconscient des forces réelles de son Empire et des enjeux les plus urgents auxquels il fait face. Pour autant, il reste encore aujourd’hui considéré comme un dirigeant de grande qualité, contribuant à faire rayonner l’héritage de la Rome antique. 
La connaissance du règne de Justinien repose sur un grand nombre de sources. Certaines proviennent de Justinien lui-même, notamment les nombreuses novelles qu’il a prises durant son règne et qui éclairent sa conception de la fonction impériale. Au-delà, plusieurs chroniqueurs ont écrit sur son règne. Procope de Césarée est de loin la principale source. Ses ouvrages portent principalement sur les guerres menées par Justinien, au sein de sa chronique "Les Guerres de Justinien" comprenant « La Guerre des Perses », « La Guerre des Vandales » et la « Guerre des Goths ». Il y livre des détails précieux sur le déroulement de ces conflits et présente généralement Justinien de manière positive, tournant parfois au panégyrique. De même, son ouvrage intitulé "Les Monuments" ou "Les Constructions" donne un aperçu intéressant de la politique architecturale de Justinien. Toutefois, l’originalité de cet auteur vient de son "Histoire secrète". Cet ouvrage, paru après sa mort, livre une version beaucoup plus négative de Justinien et de son entourage, que ce soit sa femme, qu’il présente comme étant à l’origine de nombre des décisions de Justinien ou Bélisaire dont il a pourtant été l’assistant. Par biais des aspects, cet ouvrage s'apparente à un pamphlet haineux, tout en conservant une qualité d'écriture réelle, comme souvent chez Procope. De ce fait, il est parfois difficile de démêler le vrai du faux ou, tout du moins, de savoir jusqu’où Procope va dans l’exagération, même si ces deux ouvrages doivent être appréhendés comme étant complémentaires et non opposés l’un à l’autre.
Dès lors, il est nécessaire d’accorder de l’importance aux autres chroniqueurs pour corriger les éventuels biais des récits de Procope. Jean le Lydien est aussi une source importante. Son ouvrage historique, intitulé "Sur les magistratures de l’État romain", est généralement favorable à l’empereur, probablement en partie par nécessité, pour éviter de mécontenter Justinien. Toutefois, il n’hésite pas à le critiquer à l’occasion. Il blâme par exemple la politique fiscale causée par les guerres coûteuses de Justinien, même s’il s’attaque surtout à Jean de Cappadoce et, plus généralement, à l’entourage de l’empereur. Agathias est la troisième source principale à propos de Justinien. Après la mort de ce dernier, il écrit après la mort de cinq ouvrages qui prétendent être la suite des "Guerres" de Procope et recueille des témoignages byzantins mais aussi perses. Toutefois, son style pâtit d’un manque de rigueur au profit d’envolées rhétoriques et poétiques, un trait par ailleurs souvent présent dans les chroniques de l’époque et qui rend parfois difficile leur exploitation. De son côté, Jean Malalas a rédigé une longue chronographie qui prétend raconter l'histoire du monde depuis sa création. L'un de ses livres est consacré à Justinien qu'il juge favorablement et ses informations reprennent souvent le discours officiel. D’autres historiens comme Évagre le Scolastique, Jean d'Éphèse ou Zacharie le Rhéteur apportent des informations complémentaires mais leurs œuvres ne subsistent parfois que partiellement. Certains événements du règne de Justinien sont aussi éclairés par des œuvres diverses, à l'image de la "Johannide", le récit épique de Corippe qui s'inspire grandement des grands auteurs de l'Antiquité comme Virgile. Il y narre les exploits de Jean Troglita en Afrique et, au-delà de l'aspect laudateur, fournit des informations précieuses sur le contexte historique dans la région.
A l’origine, rien ne destine Justinien à exercer la fonction impériale. En effet, il est originaire d’une famille de paysans vivant en Thrace, dans le village de Tauresium (Justiniana Prima). Il pourrait être d'ascendance illyrienne selon plusieurs chroniqueurs mais d'autres sources, comme Jean Malalas, indiquent une origine thraco-romaine. Quoi qu'il en soit, un de ses oncles, Justin, est alors présent à Constantinople. Lui-même a des origines modestes mais, à la suite de raids huns dans sa région natale, il décide de rejoindre Constantinople et s’engage dans le prestigieux corps des Excubites avant de grimper dans la hiérarchie. Par la suite, il invite son neveu à venir dans la capitale avant de l'adopter. Il lui fait donner, alors qu’il est lui-même sans grande culture, la meilleure éducation possible ; l’éducation d’alors se base sur le droit, la rhétorique et la théologie. Justinien dispose donc d'une éducation de qualité, même si Procope affirme qu'il reste un barbare dans son langage. Il entame ensuite une carrière militaire au sein de la Schole palatine. Il est alors l'un des gardes impériaux, ce qui lui permet d'être à proximité directe du pouvoir.
La carrière de Justinien profite directement de l’arrivée au pouvoir de Justin en 518. Celle-ci n’a rien d’évident mais Anastase est décédé sans laisser de consigne quant à sa succession. C’est alors au Sénat de décider de l’identité du nouvel empereur. Dans un premier temps, les sénateurs ne parviennent pas à se décider tandis que le peuple et l’armée commencent à mettre en avant leurs propres candidats, là encore sans arriver à un consensus. Finalement, Justin apparaît comme la solution de compromis. Il est acclamé par les différentes factions de la cité impériale et, après un temps d’hésitation, finit par accepter. Justinien lui-même a été proposé mais a décliné l’offre et pourrait avoir joué un rôle actif dans la nomination de son oncle. Quoi qu'il en soit, l'arrivée sur le trône impérial de Justin en 518 profite directement à Justinien, qui est d'abord nommé comte ("comes") puis Maître des milices des unités de cavalerie et d'infanterie positionnées aux alentours de Constantinople. De ce fait, il ne participe à aucune campagne militaire et ses connaissances dans ce domaine restent purement théoriques, expliquant qu'une fois assis sur le trône, il délègue à ses généraux l'action sur le terrain. Il continue à progresser rapidement dans la hiérarchie en étant nommé consul en 521, puis patrice, nobellissime et enfin César vers 525. À l'occasion de sa nomination au consulat et comme le veut la tradition, il organise des jeux du cirque particulièrement fastueux qui lui permettent de gagner les faveurs du peuple et du Sénat. Dès lors, il apparaît comme l'héritier naturel de Justin, dont le règne est parfois considéré comme l'antichambre de celui de Justinien. Ainsi, Procope de Césarée estime qu'il exerce la réalité du pouvoir lors de cette période. Pour autant, cette vision apparaît caricaturale car Justin, au-delà de gouverner de lui-même, montre parfois des réserves à l'encontre de Justinien. Ainsi, quand il lui est proposé de le nommer Auguste pour préparer sa succession, il aurait affirmé : . Comme l'indique Pierre Maraval, si Justinien estime déjà détenir une part du pouvoir impérial, le fait qu'un grand nombre des politiques menées par Justinien (conquêtes territoriales, codification législative etc.) ne sont mises en œuvre qu'après son arrivée au pouvoir démontre qu'il ne dispose pas d'une liberté d'action totale.
Pour autant, le règne de Justin préfigure par certains aspects celui de son neveu. Sur le plan religieux, l'Empire est divisé entre les partisans du concile de Chalcédoine et ses opposants, dont Anastase était un des représentants. Or, Justin revient à l'orthodoxie, acceptant de suivre les préceptes du concile, ce qui n'est pas sans provoquer des troubles au sein des monophysites, nombreux dans les régions périphériques de l'Empire comme la Syrie ou l'Égypte. Dans ce domaine, il est probable que l'influence de Justinien en faveur de la défense de l'orthodoxie se fasse ressentir. En matière de politique étrangère, il est confronté à la constante menace des Sassanides qui déclenchent la guerre d'Ibérie quelques mois avant sa mort, renouant avec l'antique rivalité qui oppose la Perse à l'Empire romain. Enfin, dans le domaine de la politique interne, Justin doit faire face aux agitations récurrentes provoquées par les Factions, des entités chargées normalement d'organiser des courses de chevaux mais qui sont en réalité le reflet de rivalités de pouvoirs entre différents groupes de la capitale. Ainsi, les Bleus et les Verts s'opposent souvent ouvertement dans les rues de la ville, parfois violemment.
Le avril 527, de vieilles blessures de guerre de Justin se réveillent et provoquent une lente agonie. Justinien est alors nommé Auguste et couronné par Justin lui-même. Constantin Porphyrogénète affirme que le patriarche couronne Justinien le 4 avril, le jour de la Pâque, une date hautement symbolique. Toutefois, cet élément est sûrement inventé pour renforcer la légende de Justinien. C’est bien le avril et des mains de son oncle qu’il reçoit la couronne. Il est alors coempereur, puis seul empereur quand Justin décède le juillet. Justinien est alors âgé de 45 ans. C’est donc un homme mûr, dont les chroniqueurs ont livré des descriptions physiques relativement précises. Jean Malalas en parle en ces termes : . S’il a été malade à plusieurs reprises, il décède à l’âge de 83 ans, ce qui en fait l’un des empereurs romains les plus âgés à avoir régné. Les chroniqueurs s’attardent aussi sur sa personnalité. Jean le Lydien loue sa bonté et sa bienveillance, ce que Procope confirme. Celui-ci met en avant son ardeur au travail, ce qui est confirmé par la réputation de l'empereur selon laquelle il dort peu. Jean le Lydien dit de lui qu'il est alors que l'église des Saints-Serge-et-Bacchus comprend une inscription indiquant qu'il ignore le sommeil. Cela conduit Charles Diehl à affirmer . Dans "Constructions", Procope crédite l'empereur de sa volonté à toujours améliorer la situation de l'Empire et d'impulser nombre de réalisations à Constantinople et ailleurs. En revanche, dans son "Histoire secrète", il dresse un tableau plus négatif, le comparant à Domitien, un empereur très mal perçu à l'époque, avant d'égrener ses défauts : . 
Une qualité fondamentale de Justinien est probablement sa capacité à s’entourer de personnages de grande qualité. S’il a l’ambition de reconquérir d’anciens territoires de l’Empire romain, encore qu’il n’existe aucune certitude quant à une stratégie prédéfinie de rénovation impériale, il peut se reposer sur des généraux compétents. Le plus illustre d’entre eux est Bélisaire qui intervient sur tous les fronts quand cela s’avère nécessaire. Si Justinien lui retire parfois sa confiance, il finit toujours par revenir vers lui quand il doit faire face à des situations périlleuses. De même, Narsès joue un rôle déterminant dans la conquête de l’Italie tandis que Jean Troglita participe activement à la pacification de l’Afrique. En matière de politique intérieure, Justinien est aussi assisté de conseillers de grande qualité, à l’image de Tribonien qui est le maître d’œuvre de la rédaction du Code justinien. De même, Jean de Cappadoce se montre un préfet du prétoire zélé et efficace. 
Enfin, la première partie du règne de Justinien est inséparable de sa relation avec sa femme Théodora, originaire du milieu du spectacle particulièrement méprisé par l’Église. De ce fait, il s’agit bien d’un mariage d’amour, sûrement contracté en 525 et il apparaît certain que l’empereur lui porte une grande affection, étant profondément affligé de sa mort en 548. En outre, elle a probablement une influence profonde sur certaines de ses décisions politiques, comme son refus de fuir lors de la sédition Nika. Dans son "Histoire secrète", Procope de Césarée lui prête même une forme d'emprise sur son mari, ce qui est certainement exagéré.
La politique extérieure de Justinien peut être décomposée en deux aspects. D'abord, la préservation des frontières existantes, en Orient face aux Sassanides, le rival naturel de l'Empire et dans les Balkans, face aux barbares venus du Nord. Dans les deux cas, non sans mal, il parvient à les protéger efficacement. Ensuite, la rénovation impériale, c'est-à-dire la volonté de reconstituer l'Empire romain dans ses anciennes frontières, notamment en Occident. Si cette politique expansionniste parvient effectivement à rétablir l'autorité impériale dans des régions comme l'Italie, l'Afrique du Nord et une partie de l'Espagne, elle ne semble pas pour autant découler d'une stratégie initiale clairement établie.
Sur le plan chronologique, il est aussi possible de séparer le règne de Justinien en deux périodes. Entre 527 et 540, après être parvenu à affermir sa position sur le trône, il se lance dans des guerres de conquêtes victorieuses tout en préservant la paix sur les fronts balkaniques et perses. En revanche, à partir de 540, l’Empire byzantin est confronté à plusieurs défis de natures diverses, qui menacent les acquis de la décennie précédente sans pour autant les remettre en cause.
Depuis la fondation de l'Empire romain d'Orient, l'Empire des Perses sassanides représente son principal rival à l'est. Si les conflits entre les deux entités sont nombreux (guerre d'Anastase), la frontière reste à peu près la même. Justinien n'échappe pas à cette logique de confrontation entre les deux principales puissances régionales, puisqu'en 526 éclate la guerre d'Ibérie. Pour autant, au début de son règne, il bénéficie des négociations de paix ayant eu lieu à la toute fin du règne de Justin en 527, avec l'empereur Kavadh. Néanmoins, ces tractations masquent mal la persistance de préparatifs de guerres entre les deux empires. Justinien cherche alors à renforcer sa frontière orientale, en poursuivant l'œuvre de remise en l'état des forteresses frontalières (Palmyre, Dara, Zénobie, Amida...) mais aussi en réorganisant l'organisation administrative de ses marges orientales. Ainsi, il crée des postes de "dux" au sein de plusieurs positions stratégiques, à Palmyre ou à Circesium. La province de Grande Arménie est aussi créée et séparée du maître des milices d'Orient. Elle passe alors sous le giron du nouveau maître des milices d'Arménie. Enfin, il mène une intense campagne diplomatique pour se concilier les faveurs des peuples barbares proches de la frontière avec la Perse, tout en essayant de les christianiser. C'est le cas, par exemple, des Abasges situés au nord du Caucase. Dans tous les cas, ces différentes manœuvres visent surtout à prévenir une grande offensive perse et Justinien ne mène aucune action offensive contre son grand rival oriental.
Dès 528, les hostilités reprennent avec des combats en Lazique et en Mésopotamie qui ne débouchent sur aucun changement territorial significatif. Plus au sud, la guerre se focalise sur l'établissement, par les Byzantins, d'une forteresse à Thannuris, au sud de Dara. Les Perses exigent l'abandon des travaux et s'en prennent aux ouvriers, ce qui provoque une réaction des Byzantins. C'est alors Bélisaire, "dux" de Mésopotamie, qui dirige les opérations et reçoit des renforts menés par Coutzès, qui sont vaincus par 30 000 Perses. Ces derniers en profitent pour raser la forteresse inachevée, avant qu'une trêve ne soit signée pour l'hiver. Durant cette période, les Byzantins font face à d'autres difficultés. Face à Al-Mundhir III ibn al-Nu'man, le chef des Lakhmides et allié des Perses, ils ont soutenu son rival Aréthas, finalement vaincu puis tué. Les Byzantins décident alors de mener une expédition punitive qui débouche sur la prise de forteresses perses et une réaction de Mundhir qui lance un raid en représailles, jusque vers Antioche. Avec les Sassanides, l'année 529 n'est marquée par aucune campagne militaire d'envergure, si ce n'est la révolte des Samaritains réprimée par les Ghassanides, un peuple arabe allié des Byzantins. Cependant, Kavadh réclame de Justinien le paiement d'un tribut, faute de quoi, il menace de reprendre des les hostilités. Face au refus des Byzantins, il s'apprête à repartir à l'offensive.
L'invasion perse se déroule en 530 et mobilise une armée de hommes. En face, les Byzantins sont menés par Bélisaire, nouveau maître des milices d'Orient avec hommes. En dépit de cette infériorité numérique, il défend victorieusement Dara où les Perses perdent hommes. Sur le théâtre arménien, les Byzantins sont aussi victorieux et parviennent à s'emparer de quelques forteresses. Justinien peut alors entamer des négociations en position de force mais Kavadh se montre de nouveau peu ouvert aux discussions, exigeant toujours des versements prévus par d'anciens traités. La paix n'est toujours pas à l'ordre du jour. En 531, les deux armées reprennent le combat mais aucune n'est en mesure de prendre le dessus sur l'autre. Cette fois-ci, Bélisaire, poussé au combat par ses officiers, est vaincu à la bataille de Callinicum et rappelé à Constantinople. Encore une fois, les Byzantins tentent de négocier mais Kavadh préfèrent profiter de son avantage militaire. Toutefois, la mort du souverain perse le 13 septembre 531 constitue un tournant dans le conflit. Son successeur, Chosroès Ier n'a pas les intentions bellicistes de son père. Tout juste arrivé sur le trône, il doit d'abord affirmer son pouvoir. Quant à Justinien, il désire mobiliser ses forces dans la reconquête d'anciennes terres romaines, notamment en Afrique du Nord. En septembre 532, les deux souverains concluent une « paix éternelle », débouchant sur un "statu quo ante bellum", tandis que les Byzantins consentent à payer leurs dettes aux Perses et que ces derniers garantissent une liberté de culte aux Chrétiens de Perse. Cette paix dure jusqu'en 540, régulièrement ponctuée d'incidents de frontières, souvent provoqués par Al Mundhir.
En 540, les hostilités reprennent sur le front oriental de l'Empire. Justinien est alors engagé dans la reconquête de l'Italie et dans la pacification de l'Afrique. Quant à Khosroès, il a eu le temps de consolider son emprise sur la Perse et peut dorénavant se consacrer à sa politique extérieure. Du côté byzantin, les provinces frontalières sont fragiles. En 536, l'Arménie se soulève quand Justinien passe un décret soumettant les Arméniens aux mêmes lois que le reste des Romains. Les rebelles ne tardent pas à requérir l'intervention des Perses qui s'inquiètent des progrès notables de Justinien en Occident. Au-delà de gains territoriaux qu'il sait difficile à acquérir, Khosroès espère surtout renflouer les caisses de son empire. Les rivalités entre les Ghassanides (pro-byzantins) et les Lakhmides (pro-Perses) lui servent de prétexte pour intervenir car il reproche à Justinien d'essayer d'acheter les seconds. Or, Justinien n'a aucun intérêt à la guerre qui risque de détourner des moyens précieux de ses entreprises expansionnistes en Occident mais ses efforts diplomatiques restent lettre morte. Khosroès mobilise une grande armée pour remonter l'Euphrate, s'emparant notamment de Sura qu'il démolit. Les défenses byzantines ne sont pas en mesure de résister à cette incursion. En juin 541, les Perses assiègent Antioche, une cité stratégique de la Syrie, que Germanus ne peut défendre. La ville est mise à sac et Khosroès peut rentrer victorieux à Ctésiphon. La destruction d'Antioche, ville phare de la chrétienté orientale, est un choc pour Justinien et pour tout l'Empire. Si l'empereur met en œuvre d'importants moyens pour reconstruire la ville, cet épisode est l'un de ses plus gros échecs en matière de politique extérieure.
Cette première campagne a d'autres conséquences. Le roi de Lazique Gubazès II décide de se tourner vers les Perses et leur demande de chasser les Byzantins. Justinien est alors obligé de réagir face à la dégradation de la situation. Comme souvent, il se tourne vers Bélisaire qu'il rappelle d'Italie. Pour autant, s'il tient tête aux Perses, il n'obtient aucun des résultats décisifs et le conflit tend à s'équilibrer alors qu'une épidémie de peste frappe la région frontalière, fragilisant les deux armées. Bélisaire tombe même en disgrâce auprès de Justinien. Cela n'empêche pas l'Empire de mobiliser une vaste armée de hommes mais, comme souvent, l'absence de général en chef crée la discorde entre les différents commandants, aboutissant à une campagne peu glorieuse, surtout ponctuée de raids. Face à l'enlisement de cette guerre, les deux puissances s'accordent sur une trêve en 545. Pour autant, la guerre se poursuit dans la Lazique, que les deux empires espèrent faire entrer dans leur sphère d'influence. Gubazès regrette rapidement de s'être tourné vers les Perses qui tentent d'imposer le culte mazdéen, tandis que l'interruption des liens commerciaux avec l'Empire byzantin a des répercussions négatives sur son royaume. Justinien répond alors à ses demandes de pardon et lui envoie une troupe de hommes conduite par Dagisthée. Là encore, les deux armées se neutralisent. Ni Bessas, qui remplace Dagisthée, ni Mihr-Mihroe pour les Perses ne sont capables de prendre le dessus. Finalement, c'est Khosroès qui requiert la paix, étant donné le coût exorbitant de cette campagne, lié à la difficulté plus grande pour les Perses d'y acheminer des renforts. La trêve entre les deux empires est étendue à la Lazique en 557. En 561, une nouvelle paix est conclue entre Justinien et Khosroès qui ne diffère guère de la « paix éternelle » de 532. La domination byzantine sur la Lazique est confirmée mais l'Empire byzantin doit verser pièces d'or par an à la Perse, tandis que cette dernière garantit la liberté religieuse pour les Chrétiens. La frontière, elle, reste la même, confirmant l'incapacité de l'une des deux puissances à imposer sa domination.
Durant le règne de Justinien, le front balkanique reste relativement calme même si l’Empire doit faire face aux tentatives renouvelées des divers peuples vivant plus au nord de franchir la frontière du Danube. Parmi ces derniers figurent notamment les Slaves, les Bulgares ou les Avars. Si des historiens de l’époque comme Procope traitent avec un certain dédain cette guerre secondaire, considérant d’ailleurs que Justinien n’y accorde qu’une importance limitée, l’empereur ne délaisse pas cette région. À l’instar de la politique qu’il mène en Orient, il tente avant tout de préserver la paix pour se consacrer à ses conquêtes en Occident. De ce fait, il conduit l’œuvre de fortifications de la frontière traditionnelle (le "limes") mais il va au-delà, fortifiant la péninsule dans la profondeur. Procope de Césarée met particulièrement en avant cet aspect de la politique balkanique de Justinien et il est parfois difficile de savoir si tous les travaux attribués à Justinien (six cents selon Procope) le sont de manière certaine. L'objectif de ces forteresses est de protéger des positions stratégiques de la péninsule balkanique et de fournir des lieux de refuge à la population en cas de raids. Dès lors, ces derniers aboutissent moins facilement à la constitution de butins importants et doivent se risquer à la prise de forteresses, ce qui conduit Charles Diehl à dire que Justinien . Toutefois, à terme, cette stratégie défensive est d'une efficacité réduite car ces nombreuses positions fortifiées ne disposent généralement pas de garnisons suffisantes pour qu'elles jouent pleinement leur rôle. Enfin, en parallèle de son entreprise de fortification des Balkans, il préfère négocier avec les barbares, concluant des accords avec les Gépides, les Lombards ou les Hérules, ces derniers se voyant confirmé leur statut de fédérés. 
Pour autant, cela ne suffit pas à prévenir les invasions et les raids, souvent de faible envergure mais qui obligent l’Empire à maintenir des forces dans la région. Ainsi, entre 527 et 530, Mundus, un ancien Gépide devenu Maître des milices d’Illyricum, repousse plusieurs raids. En 536, les Gépides s’emparent de cités abandonnées par les Goths, comme Sirmium, du fait de la guerre des Goths. Justinien met alors un terme à l’accord passé avec ce peuple, tente de les combattre sans grands résultats et revient à une politique de conciliation. Pour renforcer la sécurité de la péninsule balkanique, l’empereur en réorganise l’administration. Il remplace les vicaires du diocèse et des Longs Murs par un prêteur justinien de Thrace, aux fonctions civiles et militaires. De même, le poste de questeur justinien de l’armée est créé et a à sa charge la défense du Bas-Danube, avec pour ambition de parvenir à un approvisionnement régulier des forces présentes dans cette région stratégiquement importante. En 539-540, comme sur la plupart des autres fronts, la situation bascule dans un sens défavorable à l’Empire byzantin. Les Koutrigours mènent un raid de grande envergure dans l’Illyricum, poussant jusqu’à Thessalonique ou aux Dardanelles. Il ne s’agissait plus de petits raids frontaliers de pillage mais bien de forces organisées, susceptibles de perturber en profondeur la domination byzantine dans la région. Un autre raid s’avance jusqu’à l’isthme de Corinthe, seulement bloqué par les fortifications. Les Antes et les Sklavènes sont aussi de la partie, ces derniers atteignant Dyrrachium en 548. Justinien envoie alors une armée conduite par plusieurs généraux de renom, dont Narsès mais elle est vaincue. Finalement, c’est devant les Longs Murs, premier dispositif de la défense rapprochée de Constantinople que les Sklavènes sont vaincus. En Pannonie, ce sont les Francs de Théodebert qui représentent une menace pour la suprématie impériale mais Justinien s'allie avec les Lombards pour parer au danger. La même alliance est mise en œuvre pour éloigner la menace des Gépides, l'empereur jouant habilement des rivalités entre ces deux peuples qui, s'affaiblissant mutuellement, ne pouvaient s'en prendre à l'Empire byzantin. 
En mars 559 intervient le plus grand raid dans les Balkans du règne de Justinien. Les Koutrigours, alliés aux Bulgares et aux Sklavènes, s'avancent vers le sud. Si deux des trois groupes sont finalement repoussés, le troisième, conduit par Zabergan, s'avance jusqu'aux murailles de Constantinople, battant les Scholes et contraignant l'empereur à rappeler Bélisaire de sa retraite. Celui-ci chasse Zabergan des environs de la capitale impériale, ce qui ne l'empêche de piller la Thrace, tandis que Justinien décide de restaurer les Longs Murs en partie détruits par un séisme en 557. Enfin, comme souvent, il use de la diplomatie pour affaiblir les Koutrigours. Après avoir conclu un traité de paix, il parvient à susciter la rivalité entre ce peuple et les Outigours pour les détourner de l'Empire byzantin. En revanche, à la fin du règne de Justinien, les Avars commencent à apparaître au nord du Danube. Si l'empereur parvient à maintenir de bonnes relations avec eux, ils font peser une nouvelle menace sur la souveraineté byzantine dans les Balkans.
La grande œuvre de la politique extérieure de Justinien est le rétablissement des anciennes frontières de l’Empire romain. Pour cela, il conduit des campagnes militaires expansionnistes sur les anciennes terres romaines et l’Afrique du nord est sa première cible. La région de Carthage est tombée aux mains des Vandales au début du , qui se sont toujours montrés hostiles à l'Empire romain, rejetant la souveraineté impériale, même nominale et allant jusqu'à mettre Rome à sac en 455. Déjà, Basiliscus a conduit une expédition de très grande envergure ( navires) pour mater ce royaume mais elle tourne au désastre avec la destruction d’une grande partie de la flotte. En outre, le royaume vandale professe l’arianisme rejeté par Constantinople, accroissant les dissensions entre les deux camps. Si Hildéric, roi depuis 523, modifie la politique vandale dans un sens plus favorable aux Romains, il est renversé en 530 par Gélimer. Justinien se sert alors de cet événement pour s’immiscer dans la politique vandale. Il demande au nouveau roi de libérer Hildéric, sans résultats. Plus encore, Gélimer dénonce les immixtions de Justinien dans les affaires de son royaume. De ce fait, l’empereur décide de conduire une expédition militaire, officiellement pour rétablir Hildéric sur le trône. En outre, il est probablement motivé par la défense des catholiques persécutés. Une autre motivation pourrait être le désir de mettre fin à la piraterie des Vandales et rétablir le domination romaine en Méditerranée. Enfin, il sait que les Maures se soulèvent régulièrement, affaiblissant l'autorité vandale, ce qui le rend confiant quant à la possibilité d'une campagne victorieuse. 
Dans un premier temps, le Sénat s’oppose à ce qu’il juge être une aventure dispendieuse, rappelant le coût exorbitant de la campagne catastrophique de Basiliscus. Si la guerre est finie en Orient, les militaires aspirent au repos. Jean de Cappadoce, le puissant préfet du prétoire, est résolument opposé à ce projet en raison de son coût, alors que les autorités religieuses sont plutôt favorables à cette campagne contre les Vandales, partisans de l’arianisme. En dépit des oppositions nombreuses, Justinien impose son projet et la flotte quitte la cité impériale le 22 juin 533, sous le commandement de Bélisaire. L’expédition transporte hommes dont cavaliers sur cinq cents navires protégés par 92 dromons, comprenant eux-mêmes hommes. C’est donc une armée relativement réduite, d’autant que cinq cent hommes périssent en chemin mais cette fois-ci, aucune flotte vandale ne se dresse contre l’escadre romaine. En outre, cette dernière peut faire étape dans les ports ostrogoths de la Sicile car Amalasonthe, reine des Ostrogoths s’oppose à Gélimer. Ce dernier est alors occupé par une campagne contre les Maures et ne s’attend aucunement à l’attaque des Romains. Plus encore, il a envoyé une expédition en Sardaigne pour mater la révolte du gouverneur local ainsi qu’une armée réprimer le soulèvement de Prudentius, un noble romain de Tripolitaine.
Bélisaire débarque en Afrique à la fin du mois d’août 533 et établit son camp à Caput Vada, à cinq jours de marche au sud de Carthage. Or, Gélimer n'est toujours pas revenu dans sa capitale et c'est son frère, Ammatas qui, après avoir fait exécuter Hildéric, se voit confier la tâche de s'opposer frontalement à Bélisaire, tandis que Gélimer prévoit de l'attaquer par l'arrière et qu'une troisième force commandée par Gibamond doit le prendre de flanc. Toutefois, la coordination des différentes armées vandales est défaillante. La bataille de l'Ad Decimum consacre la supériorité de Bélisaire. Ammatas arrive trop tôt et est facilement vaincu par l'avant-garde romaine menée par Jean l'Arménien. La petite troupe de Gibamond est exterminée et Gélimer lui-même est incapable de renverser le cours des choses. S'il est d'abord victorieux, la découverte du cadavre de son frère détourne son attention et l'empêche de profiter de son avantage, permettant à Bélisaire de contre-attaquer avec succès. La route de Carthage est désormais libre, d'autant que ses habitants ouvrent les portes de la cité au général byzantin. Ce dernier entre dans la ville le 15 septembre, avec une armée disciplinée à qui il a défendu tout pillage. Tout en rendant aux catholiques la basilique de Saint-Cyprien, il se garde de toute discrimination envers les Ariens et les Vandales vaincus, toujours dans la perspective de ne pas se mettre à dos la population locale.
Pour autant, Gélimer n'a pas encore abandonné la partie. Il rassemble son armée, renforcée du contingent revenu de Sardaigne et se positionne à Tricamarum, à vingt-cinq kilomètres à l'ouest de Carthage. Finalement, durant le courant du mois de décembre, Bélisaire sort de la ville et vient à la rencontre des Vandales qu'il met en déroute, tandis que Gélimer doit fuir dans les montagnes. Le général byzantin complète sa victoire en envoyant des troupes prendre possession de la Sardaigne, de la Corse et des Baléares. Le royaume vandale avait définitivement cessé d'exister. La grande majorité de l'ancienne Afrique romaine est reconquise, à l'exception des portions les plus occidentales, notamment l'ancienne province de Maurétanie Tingitane. Au printemps 534, Bélisaire rentre à Constantinople où il jouit d'un triomphe romain pour récompenser ses succès, même si c'est surtout Justinien qui est mis en avant. En Afrique, Solomon le remplace à la tête de la nouvelle préfecture du prétoire d'Afrique, poste qu'il cumule avec celui de maître des milices d'Afrique.
Si la conquête du royaume vandale fut relativement aisée, elle ne met pas un terme à toute activité militaire en Afrique. Rapidement, le gouverneur Solomon est confronté aux mêmes problèmes que les Vandales, c'est-à-dire les soulèvements répétés des Maures, un ensemble disparate de tribus habitant aux marges de la nouvelle Afrique byzantine. Parmi ces peuples, trois principaux peuvent être distingués : les Frexes qui vivent au sud-est de la Byzacène, les peuples de l'Aurès en Numidie et un ensemble plus composite de tribus en Tripolitaine et en Cyrénaïque, dont les Levathes. Certains chefs se distinguent rapidement contre les Byzantins, à l'image d'Antalas à la tête des Frexes, Cutzinas ou encore Iaudas. Dans un premier temps, si ces peuples reconnaissent la suzeraineté byzantine et se réjouissent de la chute des Vandales, la remise en cause de leur autonomie par l'Empire byzantin crée des tensions. Dès 535, Solomon doit conduire une campagne pour mater la rébellion de Cutzinas, soutenue par Iaudas. 
En 536, Solomon est confronté à une révolte de sa propre armée. Les militaires, fatigués par les campagnes incessantes, se plaignent des retards dans le paiement de leurs soldes tandis que le durcissement des interdictions faites aux ariens de pratiquer leur religion déplaît profondément aux soldats de cette confession. Cette ambiance généralisée de déception conduit à un début de sédition. Les mutins se réunissent en-dehors de la capitale et choisissent Stotzas comme chef. Finalement, après un premier succès de Bélisaire, spécialement revenu d'Italie pour combattre les rebelles, c'est Germanus, le successeur de Solomon, qui écrase définitivement la révolte. Cela permet à Solomon, revenu en Afrique, de reprendre la lutte contre les Maures et Iaudas en particulier. Finalement, en 539, la province est enfin pacifiée, au moins provisoirement.
En effet, en 543, les Maures se soulèvent à nouveau. Cette fois-ci, les nombreuses tribus parviennent à s'unir, ce qui met en péril la position byzantine. Ils parviennent à obtenir de premières victoires et pillent les campagnes, notamment en Byzacène. Plus encore, ils s'allient avec Antalas, pourtant partisan de longue date de l'Empire. Seul Cutzinas se range aux côtés de ce dernier. La situation dégénère d'autant plus que Solomon, après un succès contre les Maures, est finalement tué par ses propres soldats, tandis que Stotzas rejoint les rebelles. Serge, le nouveau gouverneur est incapable de conduire une action efficace, d'autant qu'il se brouille avec son principal officier. Justinien tente de réagir une première fois en nommant Aréobindus à la tête de la province, comme préfet du prétoire mais sans démettre Serge. De nouveau, aucun résultat concret n'émerge. Le commandement byzantin, divisé et sans moyens humains suffisants en raison de la guerre en Italie est incapable de s'opposer efficacement aux Maures. En 546, Justinien envoie Jean Troglita, le héros de la "Johannide", récit épique de Corippe. Son arrivée renforce considérablement la position byzantine. Il parvient à la fois à s'assurer le soutien ou au moins la neutralité de certaines tribus maures tout en réorganisant l'armée sur place. Après un premier succès probant, il est vaincu et doit se replier. Finalement, au printemps 548, grâce au soutien de tribus maures dont celle de Iaudas, il écrase les rebelles à la bataille des champs de Caton. Cette victoire décisive permet aux Byzantins d'établir effectivement la paix dans la région, même si une nouvelle révolte éclate en 563 après l'assassinat de Cutzinas à l'instigation du nouveau préfet du prétoire. Quoi qu'il en soit, ces séries de guerres et de révoltes affaiblissent la réussite de la conquête rapide du royaume des Vandales. L'Afrique byzantine est en effet profondément désorganisée et appauvrie par des combats souvent accompagnés de pillages, obligeant les habitants à fuir. Toutefois, par la suite, la sécurité de la province parvient à être assurée relativement efficacement, au moins jusqu'aux premières invasions arabes au milieu du et l'Afrique byzantine peut rapidement jouir d'une prospérité économique renouvelée.
Si le royaume des Vandales avait toujours constitué une menace pour les intérêts byzantins, il en va différemment du royaume ostrogoth implanté en Italie. En effet, ce peuple a régulièrement reconnu la suprématie impériale, même si ce lien de sujétion reste purement formel. Ainsi, après la chute de Rome aux mains des Hérules, les Ostrogoths interviennent et battent Odoacre en 492. Théodoric le Grand se fait alors nommer roi d’Italie et est reconnu comme "rex gloriosissimus" et régent d’Italie par Anastase. En tant que maître des milices "praesentalis", il est formellement un fonctionnaire romain, ce qui facilite la coexistence entre les Ostrogoths et les citoyens romains, encore nombreux à vivre dans la péninsule. Toutefois, ces rapports cordiaux entre l’Empire et le royaume, reposant sur le maintien d’une fiction de suzeraineté du premier sur le second, se dégradent rapidement. L’une des causes est religieuse car les Ostrogoths sont des partisans de l’arianisme, ce qui les met en porte-à-faux avec la politique byzantine opposée aux doctrines hétérodoxes. Si Amalasonthe, qui assure la régence après la mort de Théodoric, tente de maintenir de bonnes relations avec Justinien, soutenant ce dernier dans sa lutte contre les Vandales, cette politique suscite des protestations parmi les Goths et, après son mariage avec Amalasonthe, Théodat ne tarde pas à l’emprisonner puis à l’exécuter. Il n’en faut pas plus pour que Justinien s’en serve comme prétexte pour entrer en guerre. Son objectif est bien de ramener l’Italie, terre emblématique de l’histoire romaine, dans le giron impérial en la libérant de l’emprise des Barbares et des hérétiques.
Pour autant, la guerre des Goths est plus ardue que la guerre des Vandales car la population locale ne se défie pas autant de l’occupation barbare qu’en Afrique. L'offensive byzantine débute en 535 et se fait sur deux fronts. Mundus doit attaquer les possessions ostrogothes en Dalmatie tandis que Bélisaire doit débarquer en Sicile avec hommes. En quelques mois, ces deux régions sont aux mains des Byzantins. Théodat ne tarde pas à s'inquiéter de cette progression fulgurante et, par l'entremise du pape Agapet et du Sénat de Rome sous son autorité, il fait des propositions de paix à Justinien. Pour autant, la situation byzantine se dégrade assez vite car Mundus est vaincu et tué alors que Bélisaire doit revenir en Afrique en raison d'une révolte. Justinien renouvelle ses efforts et envoie Constantianus reconquérir la Dalmatie en juin 536 pendant que Bélisaire débarque au sud de l'Italie et progresse aisément jusqu'à Naples, qui résiste vingt jours. Face à la passivité de Théodat, les Goths proclament Vitigès comme leur nouveau roi, qui décide de se porter au secours de la Dalmatie. Cependant, la menace principale vient bien du sud où Bélisaire continue d'avancer jusqu'à pénétrer dans Rome le 9 décembre 536 sans résistance. C'est un succès d'ampleur, notamment sur le plan symbolique, qui permet à Justinien de rétablir la souveraineté impériale sur la cité impériale par excellence. De ce fait, Vitigès doit quitter la Dalmatie avec le gros de son armée pour assiéger Rome, défendue par soldats. Ce siège s'étale de février 537 à mars 538 et donne lieu à de nombreuses oppositions, plus ou moins importantes, entre les deux camps. À l'intérieur de la ville, la population soutient peu Bélisaire mais ce dernier parvient à tenir, en dépit du manque croissant de ravitaillement au fur et à mesure du durcissement du siège par les Ostrogoths. Du côté de ces derniers, la durée de plus en plus longue du siège atteint le moral des troupes et Vitigès en vient à parlementer. Une ambassade est envoyée à Constantinople sans résultats et il doit consentir à lever le siège pour faire face à une autre offensive byzantine qui vient de prendre Rimini et menace Ravenne.
Bélisaire sort donc vainqueur du siège de Rome et peut désormais s'attaquer au nord de l'Italie, prenant plusieurs places-fortes sur son chemin, dont Milan. Bientôt, ses forces font leur jonction avec celles commandées par Narsès ( hommes) à Fermo. En dépit de fortes tensions entre les deux généraux, Bélisaire accepte de venir au secours des troupes byzantines assiégées à Rimini et chasse l'armée de Vitigès. En dépit de quelques revers, comme la perte de Milan, les Byzantins se rendent maîtres de l'Italie centrale en 539 et Bélisaire peut désormais tourner son attention vers la grande ville de Ravenne, qu'il prend au terme d'un long siège, en mai 540. Vitigès est aussi fait prisonnier, affaiblissant fortement la capacité de résistance des Ostrogoths. Toutefois, face à la reprise des combats en Orient, Justinien est rapidement contraint de rappeler Bélisaire pour qu'il combatte les Perses, puisqu'il est toujours maître des milices d'Orient. En outre, l'empereur le soupçonne de volontés séditieuses, bien qu'il ait refusé le titre de roi d'Italie que lui proposent les Ostrogoths.
Si les succès de Bélisaire ont permis d'affermir la domination byzantine en Italie, toute résistance des Ostrogoths n'est pas annihilée car ils conservent d'importantes positions au nord. Hildebad continue la lutte. Après sa mort en 541, Totila finit par arriver au pouvoir et conduit rapidement des campagnes victorieuses contre l'Empire byzantin, dont le commandement militaire régional est dispersé entre plusieurs généraux. De surcroît, Justinien doit mobiliser le gros de ses forces face aux Perses et les effectifs dans la région ne sont guère suffisants pour tenir toute la péninsule. Enfin, la reconquête byzantine s'accompagne d'une pression fiscale accrue qui entraîne une défiance de la population locale. En 542, l'armée byzantine est vaincue à Vérone ainsi qu'à Faenza où Totila fait la démonstration de ses talents militaires. Bientôt, les Byzantins sont contraints de se replier dans les villes, laissant la campagne être reprise par les Ostrogoths, qui mettent le siège devant Naples. Justinien réagit en nommant Maximin comme préfet du prétoire mais celui-ci s'avère incapable de mener une quelconque action efficace et Naples se rend au printemps 543. L'empereur décide alors de faire de nouveau confiance à Bélisaire qui n'a pourtant plus les faveurs impériales. Toutefois, il ne dispose pas des forces suffisantes pour vaincre Totila qui, à la fin de l'année 545, assiège Rome. La cité impériale, épuisée par un an de siège et de famine, finit par être prise par la traîtrise le 17 décembre 546 et pillée par les soldats ostrogoths. Toutefois, Totila s'abstient de la repeupler et repart rapidement en campagne, ce qui permet à Bélisaire de réoccuper la cité impériale dès avril 547. C'est le dernier grand succès de Bélisaire qui revient à Constantinople au début de 549, sans qu'un successeur à sa hauteur ne soit trouvé immédiatement. Dès lors, les Ostrogoths sont libres de poursuivre leur tentative d'expulser les Byzantins de la péninsule, allant jusqu'à piller la Sicile. Finalement, à la fin de l'année 550, Justinien envoie Narsès à la tête des troupes byzantines en Italie. S'il est peu expérimenté, ce général jouit des grâces de l'empereur qui, face à la situation délétère dans la région, accepte de faire droit à ses demandes d'effectifs et de moyens financiers pour mobiliser une armée susceptible de vaincre définitivement les Ostrogoths. Narsès arrive sur place au printemps 552 avec une force de hommes. En juin 552, il rencontre pour la première fois l'armée ennemie composée de hommes qu'il met en déroute à la bataille de Taginae, tandis que Totila lui-même périt sur le champ de bataille.
Ce succès marque un tournant dans le conflit. Les Byzantins ont définitivement repris l'initiative et progressent rapidement, s'emparant de Narni, Spolète ou encore Pérouse. Privés de chef, les Ostrogoths nomment un nouveau roi en la personne de Téias. Ce dernier tente d'abord de briser le siège de Cumes où est entassé une partie du trésor de son royaume. Le terrain d'affrontement se situe alors aux pieds du Vésuve et les deux armées se tiennent face à face durant près de deux mois. Finalement, la bataille décisive se déroule le 30 octobre 552 au niveau du mont Lactarius où Téias s'est réfugié mais les Ostrogoths sont de nouveau vaincus et Téias tué. Narsès peut alors se consacrer à l'achèvement de la reconquête de l'Italie. Délaissant Cumes toujours assiégée, il s'empare des villes d'Italie centrale encore détenues par l'ennemi, comme Florence, Pise ou Lucques, avant que Cumes ne se rende au début de l'année 554. Dans le même temps, le roi des Francs Théodebald décide d'intervenir dans la région, officiellement pour soutenir les Goths mais surtout pour son propre compte, espérant profiter du chaos régnant dans la péninsule. Toutefois, cette entreprise de pillage se termine avec la défaite des Francs à la bataille du Volturno. Les dernières poches de résistance des Goths se rendent progressivement, jusqu'à la prise de Vérone et de Brescia en 561 et l'Italie est à nouveau sous l'autorité d'un Empire romain.
Néanmoins, la péninsule a profondément souffert de cette guerre prolongée, à l'image de Rome dont la population chute probablement à habitants, contre après le sac de Rome en 410 et plus de à son apogée. Par comparaison, Constantinople comprend alors autour de habitants. Les campagnes aussi ont durement souffert et nombre d'aristocrates et sénateurs romains ont fui la région, parfois pour Constantinople. Dès lors, si la "Pragmatique Sanction" de 554 à propos de l'Italie rend ses privilèges à la classe sénatoriale romaine, cela n'a que peu de conséquences pratiques car les structures sociales et politiques dans la région ont profondément évolué. Parmi les principales cités italiennes, seule Ravenne conserve son importance. Elle ne tarde pas à devenir le centre du pouvoir byzantin dans la région. De ce fait, l'Italie ne peut en aucun cas être considérée comme le centre retrouvé de l'Empire romain. Elle est un territoire périphérique, difficile à contrôler sur le long terme même si une région comme la Sicile s'avère florissante et stratégiquement déterminante pour le contrôle de la mer Méditerranée. En effet, cette dernière reprenait l'aspect d'une Mare Nostrum, sous le contrôle de l'Empire.
L'expédition la plus occidentale menée sous le règne de Justinien est l'envoi de troupes en Espagne. Cette ancienne province romaine est alors le lieu d'implantation du royaume wisigoth, dirigé par Theudis au début du règne de Justinien. Dans le cadre de la guerre des Vandales, il refuse de soutenir Gélimer mais il s'empare de la forteresse de Septem (Ceuta), sur la côte africaine du détroit de Gibraltar. Toutefois, dès 534, Bélisaire la récupère et les Byzantins la conservent en dépit du siège des Wisigoths en 547. Justinien profite ensuite de troubles internes au royaume pour intervenir. Le nouveau roi, Agila, est alors confronté à la révolte d'Athanagild qui demande le soutien de l'Empire byzantin. L'empereur envoie alors le patrice Libérius vers 552, pourtant âgé de plus de quatre-vingt ans, ce qui semble indiquer que Justinien n'espère pas reconquérir l'ensemble de la péninsule ibérique. Grâce à cette aide, Athanagild parvient à vaincre son adversaire et à s'installer sur le trône, tandis que les Byzantins en profitent pour s'emparer d'une région correspondant peu ou prou à l'Andalousie, comprenant les villes de Carthagène, Malaga ou Cordoue, le tout au prix d'un faible investissement en hommes et en argent. Toutefois, après l'arrivée au pouvoir d'Athanagild, les Byzantins ne parviennent pas à poursuivre leur progression. Avec la mort de Justinien, cette tentative partielle de constituer une tête de pont en Espagne s'évanouit progressivement. Les dernières possessions impériales dans la région semblent disparaître vers 624, non sans avoir influencé, à un degré limité, certaines pratiques du royaume wisigoth, comme la proximité entre l'Église et l'État, ainsi que la vie culturelle locale (Martin de Braga maîtrise ainsi très bien le grec).
Le principal événement intérieur du règne de Justinien est la sédition Nika en 532, qui met en cause directement l'autorité impériale. Les causes directes de ce soulèvement sont incertaines mais la sédition met en lumière l'état de mécontentement d'une partie de l'opinion publique. La pression fiscale croissante, la politique religieuse inflexible de Justinien à l'égard de ceux considérés comme des hérétiques mais aussi l'opposition de l'aristocratie envers un empereur d'origine modeste sont les raisons les plus souvent citées. L'origine de cette révolte provient des rivalités entre les factions de la capitale, notamment les Bleus et les Verts. Ces couleurs désignent pas seulement les équipes des courses de char. Elles sont surtout le reflet des rivalités socio-économiques entre les différentes catégories de la population de la capitale, accoutumés à s'opposer, parfois violemment. Il est difficile de dater exactement l'événement qui cause la révolte mais il intervient dans le courant du mois de janvier 532, lors de courses de char au sein de l'hippodrome de Constantinople. Comme souvent, des rixes violentes éclatent entre les Bleus, plutôt soutenus par l'empereur et les Verts. En réaction, certains des fauteurs de troubles sont condamnés à mort. Les deux camps s'unissent alors pour réclamer la clémence de l'empereur ainsi que la démission de trois hauts fonctionnaires : le questeur Tribonien, le préfet de Constantinople Eudémon ou le préfet du prétoire Jean de Cappadoce, particulièrement impopulaire car tenu pour responsable de la forte pression fiscale. D'abord inflexible, Justinien finit par céder partiellement dès lors que la situation dégénère mais cette réaction est trop tardive. Le 15 janvier, les émeutiers s'en prennent à des lieux symboliques comme l'église Sainte-Sophie ou le Palais impérial tandis que l'empereur envoie la troupe contre eux, attisant le sentiment contestataire. Alors que des incendies ont ravagé ou ravagent encore des quartiers entiers de la ville, la révolte prend un caractère politique quand, le 18 janvier, les Bleus et les Verts proclament Hypatios, un neveu du défunt Anastase , empereur. La situation est alors critique. Justinien fait barricader le Grand Palais et se réfugie dans le triclinium, envisageant peut-être de fuir la capitale. Selon Procope de Césarée, c'est l'impératrice Théodora qui l'incite à rester. De leur côté, les généraux Bélisaire et Narsès reprennent peu à peu les choses en main. De l'argent est distribué aux Bleus pour les ramener dans le camp impérial tandis que les troupes de Bélisaire pénètrent dans l'Hippodrome où sont massés la plupart des rebelles, dont Hypatios. L'intervention tourne rapidement au massacre. Les sources divergent quant au nombre de victimes mais il excède probablement les morts. Hypatios est arrêté et exécuté dès le lendemain, ainsi que les principaux meneurs de la sédition. En dépit de la violence de la répression, Justinien sort renforcé de cette épreuve qui consolide son autorité de manière décisive. De ce fait, des historiens comme Mischa Meier ont estimé que cette sédition pouvait, au moins partiellement, avoir été provoquée par l'empereur lui-même.
En 541, une pandémie de grande ampleur contribue aux difficultés naissantes de l'Empire après des premières années de règne florissantes. Elle semble avoir pénétré l'Empire par l'Égypte, pour ensuite remonter par le nord par la Palestine et d'atteindre Constantinople vers le milieu de l'année 542. Il est difficile de connaître le nombre exact de victimes, les chroniqueurs de l'époque tendant à grossir les chiffres mais il est possible que la moitié de la population soit touchée. Justinien lui-même pourrait avoir contracté la maladie car il tombe gravement malade lors de l'épidémie. Des débats ont eu lieu pour connaître la nature exacte de la maladie mais il semble bien que la peste bubonique soit à retenir. Face à l'afflux massif de cadavres, des fosses communes sont creusées devant les murailles pour les y ensevelir, avant de les entasser dans des tours. L'ensemble des provinces de l'Empire sont aussi durement touchées puisque les terres africaines nouvelles conquises sont frappées en 543. Si la maladie disparaît au bout de trois ou quatre ans, une nouvelle épidémie apparaît en 553-554 qui tue surtout le bétail, puis en 555-556, en 558 à Constantinople puis en 560-561 dans les provinces orientales. L'ampleur des conséquences démographiques de la peste justinienne est débattue mais elle pourrait avoir touché d'un quart à un tiers de la population, avec des effets variables selon les régions. D'autant qu'aux effets de la peste proprement dite, il faut ajouter ses conséquences comme les famines qui sont plus fréquentes dès lors que le bétail est aussi touché et que l'organisation économique de l'Empire est perturbée. En outre, cette peste a contribué au dépeuplement des villes que les habitants fuient car elles sont propices aux contagions à grande échelle, l'épidémie progressant le long des routes commerciales. 
Toutefois, la peste ne suffit pas à expliquer l'ensemble du déclin démographique de la période. En 535-536, un refroidissement du climat prononcé provoque des récoltes médiocres et pourrait avoir jouer un rôle dans les difficultés de l'Empire romain d'Orient à partir du milieu du , notamment sur le plan démographique. Au cours du règne de Justinien, l'Empire byzantin est aussi frappé à plusieurs reprises par des séismes d'importance. C'est le cas d'Antioche, plusieurs fois en partie détruite puis reconstruite. La capitale elle-même est touchée plusieurs fois, notamment en 540-541, en 551 (de nombreuses autres villes sont alors touchées) mais surtout le 14 décembre 557 où la terre semble avoir tremblé le plus violemment. De nombreux édifices sont abîmés, parmi lesquels les fortifications de la cité ainsi que les Longs Murs d'Anastase, qui ne peuvent bloquer le raid des Koutrigoures deux années plus tard. La basilique Sainte-Sophie est aussi fragilisée et une partie de la coupole centrale s'effondre quelques mois plus tard. D'autres catastrophes naturelles comme des inondations ou des sécheresses (notamment dans les années 560 à Constantinople) sont mentionnées par les chroniqueurs. Ceux-ci ne s'accordent pas toujours, ni sur la nature, ni sur la chronologie de ces événements mais il apparaît avec certitude que leur nombre est important. En plus de la peste, l'Empire connaît un réel déclin démographique au cours de la deuxième moitié du règne de Justinien, matérialisé par la baisse des rentrées fiscales. Ainsi, entre 540 et 565, la partie orientale de l'Empire passe de 26 millions d'habitants à moins de 20 millions. L'ensemble de ces événements contribue aussi au déclin de nombre de cités et de leurs institutions, comme à Beyrouth frappé par un tremblement de terre. Cependant, cette baisse démographique est très variable en fonction des régions, tandis qu'apparaît un nouveau type d'unité urbaine, intermédiaire entre le village et les grandes cités urbaines. 
Ces catastrophes naturelles affaiblissent l'autorité de Justinien. Comme souvent à l'époque, ces événements sont considérés comme des châtiments divins, contribuant à la perte de légitimité de l'empereur. Dans son "Histoire secrète", Procope de Césarée le tient directement pour responsable des malheurs de l'Empire, allant jusqu'à le dépeindre comme un démon. Au-delà de l'aspect pamphlétaire de ce texte, il est le reflet d'une opinion existante dans l'Empire. En réaction, Justinien renforce sa politique religieuse. Plus encore, il essaie d'accroître l'aspect divin de sa légitimité. De plus en plus, ses représentations picturales le montrent sous des traits similaires à ceux du Christ. L'édification de bâtiments religieux s'intègre dans ce désir d'affermir la religiosité de son règne, à l'image de la reconstruction de la coupole de la basilique Sainte-Sophie, détruite par un tremblement de terre. Il en profite pour organiser une procession religieuse dans les rues de la capitale qui s'apparente à un triomphe. Jusque dans son comportement, Justinien manifeste sa piété. Connu pour ses pratiques ascétiques, il jeûne de plus en plus. En 563, alors qu'il a autour de quatre-vingt ans, il se rend en pèlerinage en Galatie pour vénérer une tunique de la Vierge Marie.
Les difficultés auxquelles fait face l'Empire à partir des années 540 contribuent à entretenir un climat de contestation, non entièrement éteint par la répression de la sédition Nika. Certaines mesures prises par l'empereur et certains hauts fonctionnaires comme Jean de Cappadoce puis Pierre Barsymès sont vivement contestées. C'est le cas de l’"épibolè", une mesure fiscale qui permet de taxer le village pour des terres abandonnées par son propriétaire et dont Justinien n'hésite pas à user, notamment pour lutter contre le dépeuplement de certaines régions. De même, en 541, Pierre Barsymès instaure un monopole du commerce de la soie, entraînant un enrichissement du fisc et des fonctionnaires et un appauvrissement des commerçants engagés dans ce commerce. Pierre Barsymès est un temps congédié à la suite de protestations de soldats se plaignant de retards dans le paiement de leurs soldes avant de revenir comme comte des largesses sacrées puis préfet du prétoire. À Constantinople, les troubles causés par les Factions perdurent tout au long du règne de Justinien tandis que d'autres manifestations sporadiques ont lieu. Certains se plaignent de la dépréciation de la monnaie tandis que d'autres s'opposent à la politique des emprunts forcés mise en œuvre par Justinien pour financer ses guerres. L'année 561 est marquée par une recrudescence des troubles causés par les Verts et les Bleus, nécessitant des autorités qu'elles usent de la violence pour y mettre fin. Plus grave encore, en 562, une conspiration est mise au jour au sein même du Palais impérial. Quatre personnages en sont les instigateurs : Sergius, curateur d'un des palais impériaux, Macellus, un banquier habitant à proximité de Sainte-Sophie, Eusèbe, lui aussi banquier et enfin Ablabios dont le métier n'est pas connu avec certitude. Toutefois, le complot est démasqué et l'un des conspirateurs dénonce sous la torture le rôle joué par Bélisaire. Celui-ci tombe un temps en disgrâce et est mis en résidence surveillée avant de retrouver les faveurs impériales mais cet événement contribue à la légende dépeignant Bélisaire comme réduit à la mendicité à la fin de sa vie. L'une des causes de ce complot, auquel sont liés deux banquiers, pourrait être la situation financière difficile de l'Empire. Ce dernier doit en effet verser un paiement annuel de "nomismata" à la Perse, poussant Justinien à des réquisitions et des emprunts impopulaires auprès des banquiers. Plus fondamentalement, cette politique de Justinien d'acheter la paix, soit auprès des Barbares, soit auprès des Perses, est parfois remise en cause en raison de son coût difficilement soutenable, à long terme, pour l'Empire.
Selon Georges Ostrogorski, l’œuvre la plus imposante et la plus durable de Justinien est la codification du droit romain. Tout au long de son règne, Justinien fait preuve d’une intense activité législative. Dès son accession au trône, il se fixe comme objectif d’unifier le droit romain, dispersé en une multitude de textes. Ainsi, le droit ancien est regroupé dans la Loi des Douze Tables, tandis que de nombreuses constitutions impériales coexistent. Au-delà de l’aspect pratique d’une unification des lois, Justinien espère renforcer le respect de l’ordre public, une notion cardinale dans son ambition d’un Empire chrétien. Ce travail de codification doit aussi permettre de sélectionner les lois à maintenir ou celles à compléter. En 528, Justinien convoque une commission dirigée par Jean, dont le travail débouche sur le Code Justinien en 529 puis en 534 à l’occasion d’une deuxième édition incorporant des Novelles. Il s’agit d’une compilation et d’une simplification de trois codes plus anciens : le code Grégorien, le code Hermogénien et le code théodosien. Au total, ce nouveau code comprend douze livres et 4 600 à 4 700 lois, certaines remontant à Hadrien.
Le Code Justinien ne constitue que la première partie du "Corpus Iuris Civilis". Dès 530, Justinien charge les plus grands juristes de l’Empire sous la direction du questeur Tribonien de travailler sur les ouvrages des nombreux juristes de l’Empire romain, toujours dans la perspective d’unifier la doctrine. En 533, le "Digeste" (ou "Pandectes") est publié, qui simplifie, adapte et rationalise le droit antique et sa jurisprudence. L’objet de ce texte, particulièrement volumineux (432 sections pour 150 000 lignes) est notamment de servir aux étudiants de droit, afin qu’il puisse « y puiser dans une eau pure ». 
Toujours en 532, un véritable manuel de droit est aussi écrit. Ce sont les "Institutes", à destination des étudiants dont la caractéristique principale est d’être beaucoup plus court. Il s’appuie surtout sur les travaux de jurisconsultes comme Gaius et Ulpien. Dans le même temps, les études de droit sont réformées et sont concentrées à Constantinople, Rome et Beyrouth, tandis que des écoles jugées de mauvaise qualité sont fermées, comme à Alexandrie. Les études durent cinq années et se basent sur les grands textes du Corpus Iuris Civilis. Les Institutes et une partie du Digeste sont étudiés dès la première année, dont les étudiants sont désormais appelés « nouveaux Justiniens » ("Iustiniani novi") et le Code justinien lors de la dernière année. 
Cette grande œuvre juridique est d’une ampleur d’autant plus exceptionnelle qu’elle a été réalisée en cinq ans (neuf ans pour l’élaboration du Code théodosien). Elle modernise autant qu’elle rationalise le droit romain. Elle transmet ce dernier à la postérité et devient rapidement une base pour la mise en place du droit en-dehors des frontières de l’Empire romain, notamment à partir du , date de sa redécouverte en Italie. 
Même si le "Corpus Iuris Civilis" est achevé en 534, Justinien continue de légiférer jusqu’à sa mort. Ainsi, son Code incorpore régulièrement de nouveaux textes, les Novelles, pour l’adapter aux évolutions contemporaines. En outre, celles-ci sont désormais rédigées en grec et non plus en latin, comme l'a été le "Corpus Iuris Civilis", pour les rendre facilement compréhensibles aux citoyens de l'Empire byzantin, consacrant la prédominance du grec sur le latin comme langue impériale
Justinien entreprend aussi de nombreuses réformes administratives, contenues surtout dans les grandes "Novelles" de la période -. Leur objectif est essentiellement de renforcer le pouvoir de l’empereur en démembrant les grands offices, de lutter contre l’inquiétant développement de la grande propriété foncière ainsi que contre la corruption endémique des fonctionnaires impériaux. Aussi, souvent pour des raisons fiscales, Justinien regroupe diverses provinces, considérées de taille insuffisante et, afin de simplifier l’administration locale, supprime un certain nombre de diocèses et regroupe parfois, comme en Égypte agitée par des troubles réguliers, les pouvoirs civils et militaires entre les mains de commandants militaires.
Les réformes administratives de Justinien, tout en cherchant à s'adapter à des situations particulières, sont guidées par des préoccupations communes : . Ainsi, Justinien et ses fonctionnaires, notamment Jean de Cappadoce, sont particulièrement attentifs à améliorer l'efficacité de l'administration et de nombreuses "Novelles" prises au cours du règne témoignent de cette volonté. En premier lieu, il désire mettre fin aux abus au sein de l'administration, surtout la corruption, qui ont parfois pour conséquence d’aggraver l’instabilité de certaines cités ou de certaines régions. C’est notamment le cas en Syrie, en Palestine et en Égypte, des régions souvent peuplées par des partisans du monophysisme, parfois persécutés par le pouvoir impérial. À l'époque, l'organisation administrative de l'Empire romain d'Orient repose sur trois échelons. D'abord, la préfecture du prétoire, au nombre de deux quand Justinien arrive au pouvoir : la préfecture d'Illyricum et la puissante préfecture d'Orient, longtemps détenue par Jean de Cappadoce. Grâce à ses conquêtes, Justinien crée une préfecture d'Afrique et une autre d'Italie. En outre, le rôle du préfet du prétoire d’Orient est renforcé. Désormais, il doit approuver les ordonnances fiscales des différents gouverneurs sous son autorité. En-dessous des préfectures du prétoire, on trouve les diocèses, dirigés par des vicaires et les provinces dirigés par des gouverneurs. En 535 et 536, Justinien engage une profonde réforme du gouvernement des régions orientales. Il cherche, entre autres, à renforcer les pouvoirs des gouverneurs de provinces mais aussi à prohiber certaines pratiques comme la vente de leurs charges qui contribuent à un climat endémique de corruption. Les gouverneurs sont aussi soumis à la surveillance des évêques qui peuvent réclamer l’application des lois. De même, une "novelle" énumère les nombreux devoirs qui sont à leur charge (veiller à l’entretien des infrastructures par exemple) et ils doivent dorénavant prêter serment sur l'Évangile. Si ces dispositions sont générales, d’autres sont adaptées aux situations locales. La conséquence de la montée en puissance des gouverneurs de province est la disparition progressive des vicaires, même s'ils subsistent dans certaines régions comme le Pont. Dans les Balkans, le poste de prêteur justinien de Thrace est créé, cumulant des fonctions civiles et militaires. Dans l’ensemble, on note une progression des cas de cumuls entre ces deux fonctions pour renforcer les pouvoirs de l'administration et éviter les conflits entre les deux autorités, même si certaines provinces conservent la distinction traditionnelle entre le civil et le militaire. C'est le cas de l'Afrique. Après sa reconquête, une préfecture du prétoire civile y est établie, comprenant sept provinces, tandis qu'un "magister militum" pour l'Afrique gère les affaires militaires, ayant autorité sur cinq duchés. Toutefois, cette dualité disparaît parfois, comme quand Solomon est à la fois préfet du prétoire et "magister militum" entre 534 et 536. En Italie aussi, la séparation entre le civil et le militaire est consacrée par la "Pragmatique Sanction" de 554, créant la préfecture du prétoire d'Italie, même si Narsès exerce en réalité l'ensemble des pouvoirs. Globalement, les frontières des provinces évoluent régulièrement puisqu’après la création de la Grande Arménie, celle-ci est divisée en quatre provinces arméniennes. D’autres sont fusionnées voire créées comme la Théodoriade, ainsi nommée en l’honneur de l’impératrice, autour de Laodicée.
L'un des exemples de la volonté de Justinien d'améliorer le fonctionnement de son administration est l'Édit XIII de 539 à propos de l'Égypte. Ce territoire, grenier à blé de l'Empire, est d'une importance stratégique. Cependant, l'administration y est défaillante, confrontée à la difficulté à faire rentrer l'impôt, tandis que l'autorité impériale y est souvent contestée. Sur le plan administratif, l'Égypte comprend un préfet augustal à Alexandrie, agissant comme vicaire mais aussi des provinces dirigées par des gouverneurs civils ("praesides"), tandis que les attributions militaires sont aux mains de "dux" (ducs). La réforme de Justinien met fin au diocèse d'Égypte tandis que les huit provinces sont réduites à cinq duchés, dont les gouverneurs cumulent les attributions civiles et militaires, même si des fonctionnaires civils qui leur sont subordonnés subsistent. Ce cumul a notamment pour objet de faciliter le recouvrement de l'impôt car les ducs peuvent dorénavant utiliser l'armée pour mater les oppositions, tandis que disparaissent les oppositions entre les administrations civiles et militaires.
À Constantinople, le choc de la sédition Nika conduit à des réformes importantes. Le poste de préfet des vigiles est supprimé au profit du préteur du peuple, dans la perspective d’améliorer le fonctionnement de la police et de la justice. Ce nouveau poste est directement sous l’autorité de l’empereur alors que le préfet des vigiles dépendait du préfet de la ville. Il doit poursuivre toute personne s’étant rendue coupable de troubles à l’ordre public. De même, la vente et la possession d’armes dans l’enceinte d’une cité sont prohibées. Le poste de "quaesitor" est créé pour recenser les provinciaux présents à Constantinople, de manière à mieux les surveiller. Ils peuvent être renvoyés si la raison de leur venue n’est pas jugée valable.
Au niveau provincial, Justinien doit faire face au déclin de l'administration municipale, parfois lié au déclin de certaines cités. Il tente de revaloriser la fonction de curiale (celui chargé de l'administration municipale). Il essaie aussi de limiter le départ des fonctionnaires municipaux vers d'autres fonctions jugées plus prestigieuses. Ainsi, il interdit aux curiales la possibilité d'entrer dans le clergé. Il tente de revivifier le poste de défenseur de la cité ("defensor civitatis", chargé de protéger les habitants des excès de l'administration), devenu complètement dépendant de la volonté des gouverneurs. Pour cela, il en fait une charge de deux ans dont la nomination est de la compétence du préfet du prétoire, tandis que les gouverneurs ne peuvent les congédier. En outre, ses compétences sont élargis dans le domaine judiciaire, fiscal et du maintien de l'ordre. Toutefois, ses efforts sont vains et l’administration municipale poursuit son déclin, entraînant une intervention croissante de l’État.
En plus de procéder à une œuvre de modernisation du droit romain, Justinien réforme aussi le fonctionnement de la justice. Il s’intéresse notamment à la question des appels à l’empereur, ce qui désigne la possibilité de faire appel des décisions des gouverneurs auprès de l’autorité impériale. Il réduit le délai d’appel de six mois à trois mois pour les provinces les plus proches de Constantinople. En outre, l’appel est désormais traité par une cour de douze juges sacrés, siégeant de manière permanente. Cette volonté d’améliorer la justice est régulièrement présente dans ses "Novelles", où il ne manque pas de rappeler les obligations qui pèsent sur les juges, de même que la nécessité de délais raisonnables de jugement. Ainsi, pour éviter la multiplication des appels, il les autorise à statuer de manière définitive pour les affaires concernant des sommes inférieures à 500 "nomismata". Il assouplit certaines des modalités de fonctionnement de la justice, réitérant l’interdiction des prisons privées, mettant fin à la confiscation des biens d’un condamné à mort au profit de l’État (sauf en cas de haute trahison) et favorise la réduction de la peine capitale, souvent commuée en mutilations, comme l’amputation d’un membre. Enfin, la gratuité du procès est instaurée pour les plus pauvres, de manière à ce qu’ils aient accès à la justice.
Dans le domaine social, Justinien prend des mesures pour améliorer la situation des esclaves en facilitant les procédures d’affranchissement. Ainsi, il n’y a plus de limitation au nombre d’esclaves qu’un maître peut affranchir. Le statut des affranchis n’est plus distinct de celui des hommes libres. D’autres mesures de protection sont prises comme l’affranchissement automatique d’une esclave que son maître veut contraindre à la prostitution ou l’impossibilité pour un maître de récupérer un ancien esclave malade qu’il a abandonné. Si ces législations poursuivent le travail des empereurs précédents, leur portée reste limitée. Les maîtres conservent d’importantes prérogatives et l’esclavage reste une réalité concrète, le nombre d’esclaves diminuant peu. 
En ce qui concerne les plus pauvres, leur condition sociale évolue peu, ni dans un sens favorable, ni dans un sens défavorable. Globalement, Justinien est attentif à améliorer leur situation, à l’image d’un accès facilité à la justice par le droit à la gratuité des procès. Cette préoccupation sociale n’est pas sans lien avec la piété de l’empereur, soucieux de garantir un statut aux plus pauvres. Des hospices sont fondées, tant par Justinien que par Théodora, l’inhumation est gratuite pour tous les citoyens de Constantinople. Enfin, l’administration continue d’offrir de réelles possibilités d’ascension sociale. Dans le cadre de sa politique sociale, la piété de Justinien se retrouve dans le principe de charité chrétienne, qu’il entend développer. Il estime que nul ne doit s’enrichir aux dépens d’autrui. Cela se traduit par une politique favorable à la réduction des inégalités sociales. Il empêche les grands aristocrates, dont les sénateurs, de se constituer des richesses trop importantes, y compris des fonctionnaires comme Tribonien ou Jean de Cappadoce qui ont contribué à son gouvernement. Cela peut passer par la confiscation d’une partie de l’héritage. Procope a vivement critiqué Justinien, estimant qu’il pille les grands propriétaires et une partie de la classe sénatoriale. En 528, une loi interdit aux banquiers de fixer des taux d’intérêt supérieurs à 8 % pour les prêts qu’ils accordent. 
En matière de droit familial, Justinien adoucit le paternalisme qui règne dans la société byzantine, sans remettre en cause le cadre général du droit familial byzantin. Les droits des enfants sont mieux garantis, les procédures d’émancipation sont simplifiées et le père n’a plus que l’usufruit des biens acquis par ces enfants non émancipés. De même, les droits des femmes connaissent une amélioration. Nombre de droits leur sont toujours inaccessibles, notamment en ce qui concerne la vie publique. Elles restent subordonnées à leur mari mais elles sont considérées, dans le domaine religieux et du droit de la famille, à égalité avec l’homme. Leurs biens sont protégés, elles peuvent être propriétaires et peuvent hériter, une possibilité étendue à certaines régions de l’Empire comme l’Arménie, ce qui n’est pas sans susciter des résistances locales. L’extension des droits des femmes se fait aussi dans le domaine de la moralité. Sans être interdit, le proxénétisme est de plus en plus condamné moralement et le viol est sévèrement sanctionné. Le concubinage est mieux protégé juridiquement. En revanche, en ce qui concerne le mariage, Justinien limite les possibilités de divorce et de remariage. Si les conditions sont normalement les mêmes entre les deux sexes, moralement, la femme est plus condamnée quand elle est à l’initiative de ces procédures. Enfin, Justinien favorise les possibilités d’ascension sociale des femmes par le mariage, en permettant par exemple aux dignitaires d’épouser des femmes de condition inférieure. Finalement, Joëlle Beaucamp estime que « Justinien est le seul empereur à exprimer des jugements élogieux sur des femmes, à l’opposé de ceux de Constantin ».
Le règne de Justinien se caractérise par l'ampleur des dépenses consenties. Tant la politique étrangère, faites de conquêtes, la diplomatie, usant largement du paiement de tributs pour acheter la paix ou encore la politique architecturale à Constantinople ainsi que la reconstruction de cités frappées par des séismes (Antioche en 526 et 528) sont très coûteuses. Dès lors, la nécessité de faire rentrer l'impôt est particulièrement forte. C'est Jean de Cappadoce qui est chargé de cette mission délicate et sa rigueur lui attire rapidement l'hostilité de la population. La principale critique à son encontre ne vient pas tant des mesures fiscales nouvelles qu'il a pu promouvoir, que de la manière dont il applique les mesures en vigueur, parfois avec brutalité. Procope de Césarée et Jean le Lydien expriment cette impopularité en blâmant fortement Jean de Cappadoce. Ainsi, Jean le Lydien dénonce , soit les membres de l'administration fiscale qui appliquent avec zèle les prescriptions de leur chef. En outre, Jean de Cappadoce est attentif à réduire les dépenses publiques, ce qui l'amène par exemple à s'opposer à guerre contre les Vandales. Toujours dans le domaine militaire, il envoie des fonctionnaires vérifier que les soldats impropres au service soient retirés des registres de l'armée, limitant de ce fait le coût des soldes. Agathias rapporte qu'après cet effort, l'armée impériale compte hommes, même si ce chiffre est probablement sous-estimé. De même, pour réduire le coût du service postal, Jean de Cappadoce met fin à la poste expresse (""), sauf pour la principale route stratégique allant de Constantinople à la frontière orientale, contribuant au déclin de l'efficacité de la poste impériale.
Le règne de Justinien est caractérisé par le grand nombre de campagnes militaires. Dans le même temps, les structures de l’armée évoluent. Le vieux système de défense des frontières, qui repose sur le "limes", est en déliquescence. Les troupes chargées d’occuper les garnisons frontalières, les "limitanei", ne sont pas des soldats professionnels et ils se montrent de moins en moins capables de former une force armée performante, notamment sur la frontière perse. Procope de Césarée décrit ainsi l'état des troupes frontalières quand Bélisaire revient en Orient en 541 : il ne découvre sur place . De ce fait, Justinien décide de mettre fin au paiement de leurs soldes. De même, la tentative de reconstituer les "limitanei" en Afrique est un échec. De plus en plus, la défense des frontières repose sur une armée de campagne professionnelle et plus mobile, les "comitatenses". C'est dans cette perspective que Justinien détache l'Arménie de l'orbite du "magister militum" d'Orient, au profit de la création d'un "magister militum" propre à l'Arménie. Dans les Balkans, la situation n’est pas aussi radicale mais le nouveau système de fortifications mis en place par Justinien repose moins sur la défense de la frontière en tant que tel que sur un réseau de forteresses dans toute la péninsule. En revanche, l'usage des Fédérés, c'est-à-dire l'incorporation de Barbares dans l'armée romaine, est toujours en cours, Bélisaire n'hésitant pas à recruter de nombreux Ostrogoths tout au long de sa conquête de l'Italie. Tout au long de son règne, Justinien utilise ces nouvelles recrues pour les envoyer sur d'autres fronts que leur territoire d'origine. Louis Bréhier affirme ainsi que . En outre, les "buccelaires", soit les armées privées au service de généraux, tendent à se développer. Ces unités compensent le déclin des forces régulières. Ainsi, les "buccelaires" de Bélisaire atteignent le nombre record de hommes. 
En ce qui concerne les effectifs, le règne de Justinien se caractérise par la poursuite de leur baisse. Cela est lié pour partie à la fin des garnisons en Orient. Quoi qu’il en soit, alors que l’armée compte probablement de à hommes au début de son règne, ce nombre baisse notablement, sans qu’il soit possible de savoir dans quelle proportion. En outre, l’armée est composée de plus en plus par de la cavalerie, une unité plus chère à entretenir. Par conséquent, Justin II se plaint lors de son règne du manque de moyens alloués par Justinien à l'armée et du manque de troupes pour défendre les frontières de l’Empire, d’autant que ce dernier est confronté à des difficultés démographiques.
La conscience religieuse de Justinien est très élevée. Pour légitimer son autorité impériale, il rappelle dans ses différentes lois qu'il est le représentant du pouvoir divin sur terre. Cette origine divine du pouvoir terrestre est alors une idée de plus en plus courante, mise en avant dès le par Eusèbe de Césarée sous le règne de Constantin le Grand. En plus d’un empereur romain, il se conçoit comme un empereur chrétien, messager de Dieu, chargé de faire de son empire terrestre l’équivalent du royaume céleste. Sa politique de rénovation impériale est à bien des égard empreinte d'œcuménisme. Comme l'exprime G. Ostrogorski : . De ce fait, Justinien est particulièrement engagé dans la lutte contre les doctrines dites hétérodoxes et ses conquêtes extérieures doivent aussi se comprendre comme un moyen de propager la foi chrétienne orthodoxe, notamment à l’encontre des partisans de l’arianisme que sont les Vandales et les Goths. Cette foi découle des grands conciles des dernières décennies (Premier concile de Nicée, Premier concile de Constantinople, Concile d’Éphèse, Concile de Chalcédoine), elle doit être imposée à l’intérieur des frontières de l’Empire et, si possible, à l’extérieur. Par conséquent, Justinien n’hésite pas à s’immiscer dans les affaires internes de l’Église, un trait de caractère repris par un grand nombre de ses successeurs. La reconquête de Rome lui donne l’occasion d’imposer son autorité au pape, comme en témoigne la déposition de Silvère en 537. Plus généralement, Justinien s’intéresse de près à la vie de l’Église, n’hésitant pas à légiférer sur ce sujet. Il justifie explicitement cet interventionnisme dans une de ses "novelles", dans laquelle il déclare : . En raison de ce soutien financier, l’État est donc directement intéressé par le fonctionnement de l’Église. Par bien des aspects, la manière dont Justinien s'ingère dans les affaires ecclésiastiques est empreinte de césaropapisme. En 528, des lois statuent sur les règles des élections épiscopales et, en 529, c’est au tour de la discipline des moines d’être réglementée. Justinien va jusqu’à s'intéresser à la vie monastique, privilégiant le mode de vie cénobitique. Il influence aussi le calendrier liturgique, ordonnant aux habitants de Jérusalem le déplacement de la fête de l'Hypapante du 14 au 2 février. Or, cette fête devant se dérouler quarante jours après Noël, il affirme par-là la légitimité supérieure de la date du 25 décembre par rapport au 6 janvier, jour de la fête de Noël à Jérusalem. C’est lui qui légalise le contrôle des évêques sur les autorités civiles locales, démontrant par-là son emprise sur le clergé, dont les membres sont considérés comme des fonctionnaires de l'empereur.
Cette tendance à s'immiscer dans les affaires religieuses prend des proportions croissantes au fur et à mesure de sa vie. À partir des années 540, les multiples difficultés auxquelles fait face l'Empire, tant à l'extérieur avec des armées impériales contraintes à la défensive et sur le plan intérieure (peste justinienne), conduisent l'empereur à se focaliser sur les seules questions religieuses. La mort de sa femme Théodora en 548 contribue aussi à cette évolution, que Corippe juge sévèrement : . En outre, Justinien estime de plus en plus que le destin de l'Empire et la pérennité de son œuvre, notamment ses conquêtes extérieures, dépendent de plus en plus de la solidité de l'unité religieuse, qui seule peut assurer l'unité impériale.
La principale tâche religieuse que s’assigne Justinien est la propagation de la foi orthodoxe. Tout d’abord, il contribue à lutter contre la subsistance du paganisme. Le Code Justinien reprend les vieilles lois en vigueur et les renforce, obligeant notamment les païens à être baptisés. Les païens sont privés de toute vie civile et sont punis de mort s’ils s’adonnent à des pratiques païennes après avoir été baptisés. Cette politique frappe aussi la philosophie puisqu’elle conduit à la fermeture de l’école néoplatonicienne d'Athènes en 529, sans pour autant empêcher la persistance de l’enseignement de la philosophie grecque dans certaines régions de l’Empire, comme à Alexandrie. De même, le temple dédié à Isis sur l'île de Philæ est fermé quelques années plus tard, contribuant à l'extinction définitive de la religion de l'Égypte antique. Justinien n’est pas moins sévère à l’encontre des doctrines chrétiennes hétérodoxes. Le juin 527, alors que Justin est encore empereur, une loi condamne durement les hérétiques, soit « quiconque n’appartient pas à l’Église catholique et à notre foi orthodoxe et sainte ». Ils ne peuvent détenir des fonctions civiles et militaires, ni hériter, ni témoigner en justice. Là encore, Justinien reprend d’anciennes dispositions, présentes parfois dans le code théodosien et s’applique à leur mise en œuvre et à leur durcissement. Certaines de ces doctrines sont particulièrement visées, comme le manichéisme, puisque la mort est requise contre leurs partisans. De même, les ariens sont souvent opprimés par l’empereur, notamment dans les provinces nouvellement acquises en Afrique et en Italie, au profit des catholiques. Cela passe notamment par la fermeture de leurs lieux de culte. Enfin, des missionnaires chrétiens, bien que de confession monophysite, sont envoyés dans des régions comme l'Éthiopie ou l'Arabie.
En ce qui concerne le monophysisme, Justinien fait preuve de plus de souplesse. Après un premier temps de répression, il espère les convaincre de rallier la foi orthodoxe que les monophysites rejettent depuis le concile de Chalcédoine. L'importante représentation des monophysites dans des provinces stratégiques de l'Empire, comme la Syrie ou l'Égypte, contribue à la prudence de l'empereur pour éviter tout soulèvement. Ce revirement s’explique aussi par l’origine monophysite de sa femme Théodora, qui le convainc de faire preuve de tolérance. Ainsi, Sévère d'Antioche, grand théologien monophysite, est autorisé à revenir à Constantinople en 535. Ce retour se fait dans un climat de dialogue entre les monophysites et les chalcédoniens, sans pour autant qu’un accord ne soit trouvé. D’autant qu’en 536, le pape Agapet se rend à Constantinople. Il fait alors part de ses inquiétudes quant à la résistance du monophysisme et le patriarche Anthime, partisan de cette doctrine, est déposé. La même année, un concile entérine la fin de la période de tolérance pour les monophysites dont la doctrine est de nouveau condamnée et qui sont expulsés de Constantinople. Le patriarche d’Alexandrie Théodose est lui aussi déposé, tandis que la persécution des monophysites s’étend à l’Égypte, non sans résistances locales. 
Toutefois, cette répression ne remet pas définitivement en cause la volonté de concilier les monophysites avec les orthodoxes. Progressivement, Justinien revient à son désir initial de parvenir à un compromis. C’est autour de trois évêques, les Trois Chapitres, que la question se cristallise. En effet, le concile de Chalcédoine a reconnu l’orthodoxie de Théodore de Mopsueste, Théodoret de Cyr et d’Ibas d'Edesse, dont les écrits sont rejetés par les monophysites. Justinien espère alors les faire condamner pour réconcilier le monophysisme avec la foi impériale. Dans ce sens, il publie un décret en 544 condamnant les auteurs sans remettre en cause la doctrine de Chalcédoine, ce que les monophysites estiment insuffisant. Dans le même temps le pape émet des réserves à l’encontre d’attaques contre les Trois Chapitres et Justinien, qui n’apprécie guère cet acte de défiance, enlève Vigile pour l'amener à Constantinople. Quoi qu'il en soit, l’empereur prend alors conscience de la nécessité d’aller plus loin. En 553, il convoque un concile œcuménique dans lequel les représentants occidentaux sont fortement sous-représentés et qui doit lui permettre de revenir sur les conclusions du concile de Chalcédoine. Le 2 juin, le document final adopté par le concile reprend fortement la "Confession de Foi" publiée par Justinien en 551, jetant l’anathème contre les Trois Chapitres et d’autres auteurs comme Origène. Néanmoins, le résultat escompté n’intervient pas. Les monophysites sont divisés et ceux d'Égypte refusent de rejoindre l'orthodoxie. Surtout les conclusions du concile de Constantinople suscitent de vives réactions dans les rangs des partisans des Trois Chapitres, notamment en en Afrique et en Illyrie. À Rome, le nouveau pape Pélage fait face à une vive opposition auprès du clergé italien. L'Église de l'Italie du Nord va jusqu'à provoquer un schisme autour du patriarcat d'Aquilée, jusqu'au début du .
Néanmoins, il ne semble pas que Justinien ait abandonné toute perspective de ralliement des monophysites. À la fin de son règne, il tente de se rapprocher d'une de leurs branches, celle professée par Julien d'Halicarnasse, autrement appelée aphthartodocétisme. En effet, il défend cette vision, défendant l'incorruptibilité du corps du Christ, dans un édit de 564. Ce texte provoque des réactions souvent hostiles au sein du clergé de l'Empire. Le patriarche de Constantinople Eutychius refuse de signer l'édit et est déposé. La question de l'adhésion de l'empereur à cette doctrine reste incertaine. Elle représenterait une évolution fondamentale sur le plan théologique car Justinien n'a jamais démontré d'attrait pour le monophysisme. Toutefois, l'aphthartodocétisme est aussi défendu par des Chalcédoniens, il n'est donc pas impossible que Justinien ait pu y accorder du crédit. En outre, son édit s'inscrit dans son œuvre de rapprochement des monophysites avec l'orthodoxie. Finalement, la mort de Justinien met un terme à cette nouvelle polémique théologique.
En ce qui concerne le judaïsme, Justinien ne revient pas, dans un premier temps, sur la tolérance limitée dont les Juifs font l’objet sur le territoire impérial. Pour autant, progressivement, il durcit sa législation et tend à les considérer de la même manière que les hérétiques. Sans perdre leur liberté de culte, elle est sérieusement réduite et une partie de la communauté juive n’hésite pas à s’opposer à l’empereur, participant à la révolte des Samaritains en 529. Ces derniers sont plus visés encore par la politique religieuse de Justinien, ce qui explique leur soulèvement. En effet, une loi de 528 prescrit la destruction de leurs synagogues. Cependant, la révolte est réprimée dans le sang (près de morts). Un autre soulèvement en 555 est lui aussi écrasé.
La destruction du royaume vandale, et la baisse de la piraterie qui en découle, augmentent le dynamisme de l'économie. Les marchands d’Égypte et de Syrie entretiennent un commerce assez dynamique avec l’Occident, dont la Gaule mérovingienne, où ils vendent de l’huile, des fruits secs, des vins réputés, des verreries de Syrie et du papyrus. L’empire est ravitaillé en esclaves par la Mer Noire. Il entretient des relations commerciales avec Ceylan par l’intermédiaire du royaume éthiopien d’Axoum, avec la Chine par la route de la soie. La nécessité d’approvisionner les ateliers byzantins en soie, et la volonté de contourner la Perse des Sassanides, explique en partie la politique entreprise par Justinien pour faire entrer les peuples caucasiens dans la sphère d’influence de l'empire. À partir de -, grâce à l'importation clandestine de vers à soie de Chine, Byzance commence elle-même à produire de la soie. Il faut noter cependant que l'empire et ses relations économiques sont profondément perturbés par une grande épidémie, la peste de Justinien.
La vie culturelle est intense sous Justinien et profondément marquée par la personnalité et les préoccupations de l’empereur. On retrouve chez l’historien Procope de Césarée, qui écrit l’histoire du règne de Justinien, cette recherche de la grandeur romaine qui anime le couple impérial (dont pourtant il médit beaucoup). Les hymnes (poésies religieuses) de Romanos le Mélode (Romain le Mélode) sont un écho fidèle de la foi chrétienne profonde, quoiqu’intolérante, de Justinien et Théodora. Il fait reconstruire Antioche, sous le nom de "Théopolis", après sa destruction par un terrible tremblement de terre en , et son pillage par les Perses en .
 
Justinien se donne lui-même comme surnom d'empereur "philoktistès" (qui aime construire), symbolisant sa propension à développer des édifices de toute sorte, que ce soit sur le plan militaire au travers de son œuvre de fortification du territoire de l'Empire, sur le plan religieux comme reflet de sa foi ou pour embellir Constantinople.
Justinien marque de son empreinte la capitale de Constantinople, qu'il ne quitte par ailleurs presque jamais au cours de son règne. La cité, construite par Constantin le Grand sur les lieux de l'antique Byzance, est déjà de grande taille. Toutefois, elle souffre durement de la sédition Nika, dont les incendies détruisent des portions entières de certains quartiers. Jean le Lydien, non sans exagération, décrit ainsi l'état de la capitale au sortir de la révolte : . Seulement quarante-cinq jours après la répression de la sédition Nika, Justinien entame la grande œuvre architecturale de son règne, celle de la basilique Sainte-Sophie. Elle est bâtie à l'emplacement de la précédente église du même nom, incendié par les émeutiers. Cet édifice doit être à la gloire de Dieu et incarner la magnificence impériale. Pour cela, elle doit dépasser par son ampleur tous les autres édifices contemporains du christianisme. Dans l'esprit de Justinien, elle doit aussi expier les péchés de l'Empire après la sédition. Pour la bâtir, il fait appel à deux architectes : Anthémius de Tralles, qui meut un an plus tard et Isidore de Milet. Sainte-Sophie s'inscrit dans un rectangle de 77 sur et comporte, comme toutes les basiliques, trois nefs séparées par des colonnades. Ce qui frappe, c'est l'ampleur inégalée, en surface et en volume, de l'espace intérieur. La première coupole s’étant effondrée en , une seconde fut reconstruite en . La grande coupole, dont le diamètre atteint , s'élève au centre de la nef centrale à au-dessus du sol. Elle est achevée en cinq ans et officiellement consacrée le . 
L'édification de Sainte-Sophie n'est que l'aspect, certes le plus ambitieux, de l'entreprise de reconstruction de nombreux bâtiments au sein de la capitale. Il fait reconstruire l'église des Saints-Apôtres qui sert de nécropole aux empereurs byzantins mais aussi l'église Sainte-Irène, brûlée lors de la révolte et qui devient le deuxième édifice religieux de la ville. Il rebâtit les édifices de la place de l'Augustaion avec ses portiques, ainsi ceux de la Mésé jusqu'au forum de Constantin sont reconstruits, de même que les propylées du palais, les portes en bronze, les bains de Zeuxippe. Sur la place de l'Augustaion est érigée la colonne de Justinien, en haut de laquelle culmine une statue équestre de l'empereur, commémorant les victoires de celui-ci contre les Barbares. La restauration de la muraille de Théodose II, qui assure la sauvegarde de la ville jusqu'à sa prise par les croisés en 1204, chef-d'œuvre d'architecture militaire dont les vestiges inspirent, aujourd'hui encore, une impression de puissance et de grandeur. Elle n'est que l'élément principal d'un ensemble comprenant un fossé de 15 à de large, un glacis, un avant-mur pourvu de 96 tours puis la muraille elle-même qui s'élève jusqu'à de hauteur et est renforcée de 86 tours. Justinien fait construire, à proximité de Sainte-Sophie, une immense citerne nommée « citerne basilique ». D'une longueur de sur 65 de largeur, elle contient 28 rangées de 12 colonnes, soit 336 en tout, sur lesquelles reposent des voûtes d'arête en brique qui s'élèvent à au-dessus du sol. Elle alimente Constantinople en eau jusqu'à l'époque ottomane. 
Enfin, dans tout l'Empire, Justinien est à l'origine de constructions ou de reconstructions, notamment de villes détruites par des séismes comme à Antioche, sans pour autant toujours parvenir à lutter contre le déclin de certaines de ces cités. L’œuvre de Procope sur "Les Constructions" offre un large panorama des nombreuses réalisations architecturales attribuées à Justinien. Il serait intervenu dans la création de 398 sites et dans la restauration de 397 Ainsi, il est à l'instigation de la construction du barrage de Dara, pour protéger cette position stratégique sur la frontière orientale des inondations, mais aussi le pont de Sangarius en Bithynie, pour améliorer les communications entre Constantinople et les provinces orientales. Sa piété le conduit à favoriser le développement d'édifices religieux comme le monastère Sainte-Catherine du Sinaï, qui sert à la fois de lieu spirituel mais aussi de forteresse. De même, c'est sous son règne qu'est érigée la basilique Saint-Vital de Ravenne, chef d'œuvre de l'art byzantin, comprenant de nombreuses mosaïques représentant l'empereur. Il fait aussi reconstruire la basilique de la Nativité de Bethléem. Il contribue au développement du culte autour de la Vierge Marie en développant des lieux de culte en son honneur, comme l'Église Sainte-Marie-la-Neuve de Jérusalem ou l'église Sainte-Marie de la Source à Constantinople. Enfin, il fait bâtir la cité de Justiniana Prima dans sa région d'origine, qu'il élève au rang d'évêché.
L'un des nombreux traits marquants de Justinien est sa longévité puisqu'il meurt à près de 83 ans, dans la nuit du 14 au 1 novembre 565, apparemment dans son sommeil. À l'instar de sa femme Théodora, il est inhumé dans l'église des Saints-Apôtres qu'il a rebâti, nécropole traditionnelle des empereurs byzantins. Son corps est recouvert d'un drap funéraire brodé par sa nièce Sophie, figurant les grandes réalisations de son règne. Selon Corippe, la foule pleure le long du passage du cortège funéraire et Averil Cameron indique que . 
Toutefois, en dépit de son âge avancé, Justinien n'a pas prévu sa succession et n'a pas de descendance. Deux de ses neveux, homonymes, sont les principaux candidats à la succession. D'abord Justin, le fils de sa sœur Vigilantia, détient le titre prestigieux de curopalate mais ni celui de nobelissime, ni celui de César, souvent conférés aux héritiers putatifs. Ensuite, Justin, le fils de son cousin Germanus, maître des milices. Finalement, la succession est organisée rapidement. Le comte des Excubites Tibère, partisan du curopalate Justin, fait en sorte de circonscrire la nouvelle de la mort de Justinien tandis que Justin est informé par un groupe de sénateurs et le grand chambellan Callinicos. Ceux-ci lui affirment que Justinien l'a désigné comme son successeur et, après un premier refus de rigueur, le désormais Justin II accepte et est couronné par le patriarche Jean III le Scholastique, avant d'être accompagné par la foule le matin du 15 novembre. Selon Évagre le Scholastique, les deux Justin se sont entendus pour éviter tout conflit, celui qui est couronné doit nommer l'autre comme son second et Justin II fait rapidement venir son homonyme dans la capitale, le reçoit chaleureusement mais ne tarde pas à émettre des accusations de complot contre lui et finit par le faire assassiner.
De par l’étendue de ses réalisations, le règne de Justinien a donné lieu à de nombreux commentaires. Les avis sont relativement contrastés. Les premiers auteurs à s'être intéressés à l'Empire romain et à son déclin, à l'image de Montesquieu ou Edouard Gibbon, jugent souvent négativement la période justinienne. Ils sont encore influencés par l'idée d'un long déclin de l'Empire romain que Justinien ne peut arrêter. Ainsi, Montesquieu, dans ses "Considérations sur les causes de la grandeur des Romains et de leur décadence" est sévère à l'encontre de l’action de Justinien dont il estime qu’il a profité de circonstances favorables pour étendre l’Empire tout en oubliant de défendre les frontières du Danube et de l’Orient, sans jamais être en mesure de contrecarrer la décadence romaine : « Mais la mauvaise conduite de Justinien, ses profusions, ses vexations, ses rapines, sa fureur de bâtir, de changer, de réformer, son inconstance dans ses desseins, un règne dur et faible, devenu plus incommode par une longue vieillesse, furent des malheurs réels, mêlés à des succès inutiles et une gloire vaine. Ces conquêtes, qui avaient pour cause, non la force de l’Empire, mais de certaines circonstances particulières, perdirent tout : pendant qu’on y occupait les armées, de nouveaux peuples passèrent le Danube, désolèrent l’Illyrie, la Macédoine et la Grèce, et les Perses, dans quatre invasions, firent à l’Orient des plaies incurables ». Edouard Gibbon n'a pas un avis très différent dans son "Histoire de la décadence et de la chute de l'Empire romain". Là encore, il blâme la vanité d'un empereur inconscient de la faiblesse de son Empire, contribuant même à accroître son déclin par une politique trop ambitieuse : . Sans remettre en cause certaines des qualités, autant que les réussites de l'empereur, il met surtout l'accent sur les mérites de ses généraux, notamment Bélisaire et Narsès, tout en accréditant l'idée d'une emprise de l'impératrice Théodora sur le gouvernement de l'empire.
Dans la période moderne, beaucoup d’historiens reconnaissent la permanence de certaines réalisations de Justinien, que ce soit sur le plan juridique ou architectural. Toutefois, d’autres remettent en question le projet de rénovation d’un Empire universel, concept dépassé depuis de nombreuses décennies déjà. Paul Lemerle qualifie ainsi le siècle de Justinien d’ « erreur aux proportions grandioses », ce qui dénote l’ambivalence de cette période. Selon lui, cette erreur, c’est d’avoir méconnu le fait que l’Empire romain était désormais irréductiblement cantonné à sa partie orientale et qu’en livrant des guerres de conquêtes en occident, « il a épuisé la partie vivante ». En outre, l’œuvre de Justinien est inachevée. Seule une partie des anciennes terres de l’Empire romain d’Occident ont été reconquises, même s’il n’a jamais exprimé le vœu de s’attaquer à l’ancienne Gaule par exemple. Plus encore, son œuvre ne lui survit pas. Il lègue à ses successeurs un Empire trop grand pour les ressources qu’il lui reste. Dès le règne de Justin II, l’Italie subit les assauts des Lombards tandis que les Slaves accentuent leur pression sur les Balkans. En un peu plus d’un siècle, la quasi-totalité des conquêtes de Justinien ont été perdues. En effet, c’est en Orient que l’Empire doit rediriger ses forces face aux assauts renouvelés des Sassanides et, bientôt, des Arabes. Ainsi, Louis Bréhier affirme : . Malgré tout, l'ampleur des conquêtes justiniennes fait aussi l'objet d'analyses plus positives. Jean-Claude Cheynet estime qu'il . 
G. Ostrogorski, tout en reconnaissant les limites du Justinien, en dresse un portrait très positif, louant « la puissance de son génie universel », mettant en avant l’envergure mondiale de son ambition, reflet d’une nostalgie de l’Empire romain qui habite son temps et continue d’habiter ses successeurs. Ainsi, « à cette nostalgie la politique de restauration de Justinien a donné sa plus grandiose expression. Elle demeura pour la postérité un grand exemple, bien que l’œuvre de restauration n’ait pas duré et que sa faillite ait eu pour l’Empire les plus lourdes conséquences ». Cécile Morrisson synthétise l'avis généralement admis à propos du règne de Justinien. Ainsi, elle affirme qu'en dépit des limites de la politique de Justinien, . .
Dans sa biographie consacrée à Justinien, Pierre Maraval constate lui aussi la coexistence de succès réels et de résultats plus mitigés, certains n'étant pas liés directement à l'action de l'empereur. En revanche, il rejette l'idée d'un , parfois mis en avant, par exemple par Paul Lemerle. Justinien intervient à une époque de profonds changements, au moment où le monde occidental passe de l'Antiquité au Moyen-Âge. En outre, il remet en cause le qualificatif de « dernier empereur romain » qui sous-entend qu'il est le dernier à tenter de faire vivre un Empire romain depuis longtemps moribond, dans le cadre d'une vision de lent déclin qui se poursuit avec l'Empire d'orient. Il lui préfère celui de « premier empereur byzantin », toujours pénétré de l'héritage romain mais complété par des tendances nouvelles, à l'image du caractère éminemment chrétien du règne de Justinien, soit une première étape vers l'affirmation d'un monde byzantin spécifique.
Figure centrale de l'Antiquité tardive, Justinien apparaît dans plusieurs œuvres tout au long des siècles. Ainsi, au cinéma, alors que l'histoire byzantine a fait l'objet d'un nombre limité de films, le règne de Justinien est une exception notable. En littérature, il est l'un des personnages présents dans le Paradis de la "Divine Comédie" de Dante Alighieri. Il y est dépeint comme un défenseur de la foi et le restaurateur de la grandeur romaine. Toutefois, il n'apparaît que dans le deuxième ciel du Paradis, celui de Mercure pour les esprits actifs et bienveillants, car y est fustigé son désir de gloire personnel et terrestre, qui l'empêche de travailler à la seule gloire de Dieu. Ainsi, quand il s'adresse à Dante, il le fait en ses termes : . Son titre de césar, symbolisant sa gloire temporelle est mis au passé et seul dure son nom, reflet de son âme immortelle car ayant contribué à la gloire divine.
Plus que le personnage de Justinien, ce sont souvent les événements et les personnages qui l'entourent qui sont l'objet de créations artistiques. C'est le cas de se femme, Théodora, qui a nourri de nombreuses créations à propos de son ascension sociale et de son influence supposée sur son mari. Ainsi, plusieurs films s'appuient sur le destin de l'impératrice, comme "Théodora" d'Henri Pouctal, qui est l'adaptation au cinéma d'une pièce de théâtre de 1884 de Victorien Sardou intitulée "Théodora". Dans le film muet italien "Théodora" (1921), de Leopoldo Carlucci, l'empereur est incarné par l'acteur Ferruccio Biancini. Le réalisateur italien Riccardo Freda consacre également un film en 1952 : "Théodora, impératrice de Byzance" avec Gianna Maria Canale dans le rôle de Théodora et Georges Marchal dans celui de Justinien. Toutes ces œuvres romancent la relation existant entre Théodora et Justinien, s'appuyant souvent sur les dires de Procope de Césarée dans son "Histoire secrète" pour nourrir le scénario d'une ascension sociale fulgurante et fascinante. Le rôle de Justinien y est alors plus secondaire, sujet des ambitions et du charme de sa femme. Ainsi, dans le film de R. Freda, Justinien la rencontre dans une taverne où il s'éprend d'elle, lui offrant un pendentif avant de présider le tribunal qui la juge pour s'être enfuie avec ce bijou. Finalement, les deux personnages se marient et Théodora joue un rôle central dans le gouvernement de l'Empire. Dans le domaine artistique, le personnage de Bélisaire est aussi très présent. Plus encore, il a nourri une véritable légende dans laquelle le général souffre de l'ingratitude d'un empereur qui lui doit la plupart de ses succès mais finit par le congédier, le privant de sa richesse et de ses titres et le condamnant de fait à mourir dans le dénuement le plus total. Le tableau de Jacques-Louis David "Bélisaire demandant l'aumône" (1780) est le plus emblématique de ce mythe créé autour de Bélisaire. Justinien devient alors le symbole d'un pouvoir méprisant, y compris envers ceux à qui il doit le plus, participant d'une critique croissante de la monarchie d'Ancien régime.
Les réalisations de Justinien inspirent aussi certaines créations, notamment à propos de la reconquête de Rome. L'ouvrage uchronique de Lyon Sprague de Camp "De peur que les ténèbres" suit les aventures d'un historien américain des années 1940 projeté dans l'Italie avant l'invasion de Bélisaire qu'il parvient à prévenir en aidant les Ostrogoths. De même, le film "Pour la conquête de Rome I" de Robert Siodmak, où Justinien est interprété par Orson Welles prend pour point de départ l'invasion de l'Italie par Bélisaire et, là encore, elle n'est pas menée à son terme. La série de fantasy historique "La Mosaïque de Sarance" de Guy Gavriel Kay s'inspire largement des événements du et en particulier de ceux règne de Justinien. De même, le héros du roman "Les Temps parallèles" de Robert Silverberg qui voyage dans le temps assiste aux événements de la sédition Nika en 532.